测序仪笔记分享(万字长文,建议收藏)
·DNA测序:基于Sanger法的原理,利用DNA聚合酶在体外DNA复制过程中随机掺入带有荧光标记和终止子的双脱氧核苷酸(ddNTPs),从而得到不同长度的DNA片段。这些片段经过电泳分离后,通过激光激发和CCD检测,得到每个碱基发出的荧光信号,从而确定DNA的碱基序列。·片段分析:基于荧光检测的原理,利用不同颜色的荧光染料标记不同...
基因测序 20 年后,终于搞清了垃圾 DNA 是干啥的!
断裂基因理论认为,真核生物的基因组中,基因的序列是不连续的,在基因的编码区域之间含有大量的不编码序列,从而打断了对应的蛋白质的氨基酸序列。内含子,一般指的是真核生物基因中不编码蛋白质,是在mRNA加工过程中被剪切掉的DNA序列。这个剪切反应由“剪接体(spliceosome)”完成;剪接体的结构十分复杂,由100多...
若人类基因组测序达成100%,这究竟意味着什么?潘多拉魔盒打开了
基因组测序方法多种多样,但它们的基本原理相似,都依靠DNA的复制和碱基的互补配对规则来制造和探测DNA的新链。最初的用来进行这一研究的方法是Sanger测序,这一方法由英国生物化学家桑格于1977年发明,也是人类基因组计划所采用的主要技术。Sanger测序的关键点在于利用一种特殊的核苷酸——双脱氧核苷酸,这种核苷酸能够终止DN...
scNanoCOOL-seq: 单细胞多组学测序技术的新里程
scNanoCOOL-seq利用长度长测序,可以检测全长CpG岛(CGIs)和基因启动子的表观遗传特征,以及具有结构变异(SVs)的基因组区域。此外,它还提供了在单个细胞内分析等位基因特异性表观遗传状态的机会,例如印迹控制区域的等位基因特异性DNA甲基化和染色质可及性状态,该方法已成功应用于分析小鼠的早期和晚期囊泡,揭示了囊胚发...
常用PCR技术及原理
巢式PCR的实验原理为根据DNA模板序列设计两对引物,利用第一对引物(称为外引物)对靶DNA进行15-30个循环的标准扩增;第一轮扩增结束后将一小部分起始扩增产物稀释100-1000倍加入到第二轮扩增体系中作为模板,利用第二对引物(称为内引物或巢式引物,结合在第一轮PCR产物的内部,进行15-30个循环的扩增,第二轮PCR的扩增...
从基因组学到多组学,纳米孔测序还可以做更多?
在基因测序的过程中,纳米孔测序利用核酸带有电荷的物理属性,在接通电源的溶液中,引导被测序物质穿过薄膜上纳米尺度的孔洞,造成孔内离子电流变化(www.e993.com)2024年7月28日。由于ATCG碱基结构不同,穿过孔洞时产生的离子电流变化会存在细微差异,通过记录这些细微差异,即可呈现过孔核酸的碱基序列。商用的纳米孔测序主要采用链测序法,能够实现单...
成本降低让基因测序惠及大众
“DNA是由4种不同的碱基——‘A、T、C、G’根据不同的序列组成的双螺旋结构。如同‘0、1’作为信息的基本单元一样,‘A、T、C、G’作为生命的‘密码’,为人类认识生命打开了一扇大门。”华大智造产品市场中心总监汪婧婧给出了形象的解释。第一代DNA测序技术出现后,还陆续出现了高通量合成法测序技术、单...
干货| 酶切实验切开 or 切不开,真的是玄学吗?
??模板DNA、酶、反应所用组分被其它限制性内切酶、DNA和核酸酶污染。-模板DNA突变-??底物DNA在扩增过程中引入了突变,突变可能破坏已知的识别位点或创造出新的酶切识别位点,从而产生错切条带。可对模板DNA测序判断是否突变。-酶与模板DNA结合-??部分限制性内切酶(如FokⅠ,TauⅠ)可能会与DNA结合...
NGS Q40是终点吗?SBB测序数据作了“回答”
SBB测序是一种Q40+短读长测序技术,其工作原理是测量荧光标记的核苷酸与DNA链上的聚合酶结合(但未掺入)时发出的荧光信号。然后计算机将这些光信号与相应的核苷酸碱基识别相匹配。与其他短读长技术不同,SBB将测序过程中的结合步骤和后续延伸步骤分开,从而消除了分子疤痕引入的错误。
生命是怎样涌现的:系统生物学入门全路径
是对选定的某一生物系统的所有组分进行了解和确定,描绘出该系统的结构,包括基因相互作用网络和代谢途径,以及细胞内和细胞间的作用机理,以此构造出一个初步的系统模型。2.观测实验:是系统地改变被研究对象的内部组成成分(如基因突变)或外部生长条件,然后观测在这些情况下系统组分或结构所发生的相应变化,包括基因表达...