他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

有些蛋白质是结构性的,有些蛋白质是功能性的。结构性的蛋白质组成生物的身体——头发和指甲里的角蛋白,皮肤里的胶原蛋白,肌肉纤维里的肌球蛋白,血管里的弹性蛋白。功能性的蛋白质推动生物体内的机能与反应——帮助消化吸收的淀粉酶、脂肪酶,控制血糖的胰岛素,运输氧气的血红蛋白,存储铁的铁蛋白,传递信号的神经递质...

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

预测对了结构,但不等于明白了蛋白质折叠过程和原理。生物实验科学家也有不少看法:算出结构只是生物学规律发现的第一步;计算的多个models中,有时打分排序不准;开放AlphaFold2的server之后,使用效果不一定那么好;只是在已有蛋白质结构数据集上训练得到的模型,尚不能计算其它构象或其它类别的分子结构。还有关心这...

2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项

首先是建模系统,利用神经网络和强大运算能力基于能量最低原理预测蛋白质内各氨基酸残基之间的空间距离,产生一系列结构片段(类似二级结构),初步组装出三维结构;其次是优化系统,对建模结构进行再计算的重复操作以提升精确度;最后是输出系统,产生最终三维结构。2018年,AlphaFold参与了第13届CASP竞赛,牛刀初试...

诺奖得主David Baker学生沈浩署名文章:蛋白质设计究竟是什么?

通过漫长的进化,自然界筛选出一系列蛋白质序列,这些序列通过合理排列疏水性和亲水性氨基酸,在水中自发折叠形成蛋白质的结构。然而,从物理上计算这一过程的复杂性极大,能量状态难以精确描述,这一直是科学上的未解之谜,被誉为真正的“生命密码”。贝克本科就读于美国哈佛大学,主修哲学、辅修生物学。大学毕业后,他休学...

从计算机跨界生物学,坐了10年冷板凳后,他开创蛋白质预测新范式

而在氨基酸序列折叠的过程中，遵循着物理学的“最小能量原理”，即在没有外部干扰的情况下，一个系统会自然趋向于能量最低的状态，这也是系统最稳定的状态。因此，找到氨基酸序列折叠后形成的能量最低的构象，就可以预测蛋白质结构。然而，许锦波曾向媒体解释，这种方法存在两个弊端：“第一，一个蛋白质是一个非常大...

分子生物学考研初试考什么科目

遗传学是分子生物学考研初试中的重点内容之一,主要涉及基因的结构、表达和遗传变异等方面的知识(www.e993.com)2024年11月8日。备考时,可以重点关注以下几个方面:基因结构与功能:了解基因的组成、结构和功能,包括编码蛋白质和调控基因表达等。基因表达调控:掌握基因的转录和翻译过程,以及基因表达调控的机制。

Nature:蛋白质测序技术突破:PASTOR单分子水平精准解读蛋白质突变...

滑动序列的工作模型:图a展示了滑动序列的工作原理。PASTOR蛋白中加入了富含脯氨酸的滑动序列((EPPPP)??),这使得ClpX解折酶在拉动蛋白质时可能会失去抓握,导致蛋白质重新被电场驱动通过纳米孔。ClpX解折酶随后可以再次抓住蛋白质并继续拉动蛋白质从孔中出来,实现多次重读。

2024 年诺贝尔化学奖:又又又双叒叕是 AI?

冷冻电镜的基本原理|图源:Wikipedia那大家猜猜这么些方法,测量了几十年了,我们分析出来多少个蛋白质结构?其实已经不少了,根据数据库记载,现在实验已经解析了18万种蛋白质。但是相对的,我们刚刚说到蛋白质是氨基酸组成的,只要测序技术测得到DNA序列,就能推导出蛋白质序列。查找数据库可以发现,现在已知的有十...

单细胞蛋白质组测序原理

单细胞蛋白质组测序是一种基于质谱分析的方法,用于分析单一细胞中的蛋白质组成。它旨在揭示单细胞水平上的蛋白质异质性,并提供关于生物过程、疾病状态和药物响应的更深入理解。一、细胞分离首先,需要获得单一细胞。这通常通过流式细胞仪或微流控设备完成,这两种设备都可以对单一细胞进行排序并分离出来。

2024诺奖 | 他们创造了一个全新的宇宙!

原理2024年10月9日18:55浙江原理官方账号关注2024年诺贝尔化学奖的一半授予了DavidBaker,以表彰他在计算蛋白质设计方面做出的贡献;另一半授予了DemisHassabis和JohnM.Jumper,以表彰他们在蛋白质结构预测方面所做的杰出工作。通过发挥想象力和才能,他们创造了一个全新的蛋白质“宇宙”。DavidBaker,Demis...