IF: 50.5! NanoTemper 解密 Nature 顶刊蛋白质与核酸互作发文思路
当蛋白质形成复合物后,进一步的功能探究,如蛋白复合物与核酸的相互作用,通过Monolith系列仪器进行的实验设计更为简便,能够直观地展示相互作用的结果,从而凸显您研究的分子功能。Monolith分子互作检测仪
AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?
AlphaFold3不仅仅能够预测蛋白质的三维结构,也能预测更广泛的生物分子复合物的结构(包括蛋白质、核酸、配体等),以及生物分子之间的相互作用。有趣的是,尽管AlphaFold3对于预测精度和广度都有提升,它自身的模型架构相比AlphaFold2却更加简化而且通用了。AlphaFold2虽然使用了Transformer这种通用的模型,但...
多尺度深度生成模型NeuralPLexer:预测蛋白质-配体复合物结构
近日,科学家们在《NatureMachineIntelligence》杂志上发布了关于蛋白质-配体复合物结构预测的研究。新方法NeuralPLexer利用深度生成模型,仅需蛋白质序列和配体分子图输入即可直接预测结构。该方法具有重要的应用前景,可在药物发现领域发挥重要作用。通过这项研究,对蛋白质-配体复合物结构预测迈出了重要一步,为未来的医药...
Science最新封面 | 用突破性技术建模蛋白复合物
RFAA表明,可以训练单个神经网络来精确建模包含多种非蛋白质成分的各种通用生物分子组装体;可以对蛋白质-小分子复合物进行高精度预测;它还可以为具有两个或多个非蛋白质分子的蛋白质复合物生成准确的模型。预测和设计结果表明,RFAA已经了解了蛋白质-小分子复合物的详细特征,应该可以用于蛋白质-小分子复合物的建模,特别...
更高准确性,覆盖蛋白等更多分子,DeepMind发布AlphaFold新版本
AlphaFold是单链蛋白预测的根本性突破。AlphaFold-Multimer随后扩展到具有多个蛋白质链的复合物,随后是AlphaFold2.3,它提高了性能并将覆盖范围扩大到更大的复合物。2022年,AlphaFold与EMBL的欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)合作,通过AlphaFold蛋白质结构数据库免费提供了几乎所有科学界已知的已编目蛋白质的结...
追问|蛋白质结构预测模型再升级,解锁新功能直接作用药物设计
常珊:最直接的应用是相互作用复合物结构预测(www.e993.com)2024年7月10日。药物需要通过与体内的靶标,也就是蛋白质等生物大分子相互作用,因此,准确预测相互作用是药物研发的基础。首先,传统的药物筛选需要有明确的靶标,并确定靶标表面与药物小分子或配体小分子结合的部位,而新模型可以直接预测合适的靶标结合位置,即不需要事先指定结合配体的口...
线粒体前蛋白输入的分子途径,PCR Clean??高效清除核酸污染
TOM复合体是线粒体蛋白的主要入口。核心通道形成亚基是一个完整的膜β桶蛋白Tom40。蛋白质底物通过β桶的中心在外膜上移位。Tom40与Tom22、Tom20、Tom70和Tom5、Tom6、Tom7等TOM小亚基形成二聚体和高聚物。酵母和人类TOM复合物的电子冷冻显微镜(cro-em)结构揭示了这些亚基之间广泛的相互作用。在二聚体TOM配合...
Nature Methods | 提高生物大分子成像分辨率:电喷雾技术在cryo-EM...
生物大分子复合物Cryo-EM特别适合研究多个蛋白质或核酸以及其它分子组成的大型复合物。这些大分子机器往往在细胞中承担关键功能,如核糖体、膜蛋白复合体、分子马达等。动态结构分析除了静态结构外,cryo-EM还能够捕捉生物分子在不同功能状态下的结构变化。这对于理解生物分子如何通过其结构变化来执行生物功能具有重要...
Science丨虽看不懂,但大受震撼——徐彦辉团队揭示转录起始连续...
视频1.PolII转录起始过程。三个不同的方式展示同一个动态过程。其中左侧为完整复合物,右上为隐去覆盖核酸的部分蛋白质以显示催化中心和核酸相互作用关系,右下为核酸(黄色的为模板链)。转录开始时,PIC中的TFIIH利用ATP水解产生的能量,使下游启动子移位(translocation),DNA双链打开,模板链进入PolII的催化中心,...
新AlphaFold预测准确率暴涨近10%!DNA和RNA的AlphaFold时刻来了
「AlphaFold-latest」是在2022年底的AlphaFold2.3版本的基础上搭建的,对于蛋白质结构的预测,特别是结合了抗体结构的类别,有着更好的性能。对于构成核糖体等重要细胞组件的蛋白质-核酸复合物结构的预测,AlphaFold-latest的性能明显强于其他模型。对于RNA结构的预测,也比其他模型表现好,不过相较于人类专家参与的预测...