开发从空间组学数据解析肿瘤微环境的异质图学习方法——stKeep
stKeep(图1)首先构建一个包含三种不同节点(细胞/spot、基因和肿瘤区域)及八种复杂连接关系的异构图模型,用于刻画肿瘤微环境。随后,(1)基于注意力机制的多层关系图嵌入和对比学习算法,整合相关基因、肿瘤区域以及语义相连细胞的信息,计算细胞模块以检测更精细的细胞状态;(2)类似地,通过整合相关细胞、细胞状态以及基因-...
肿瘤微环境外周血指标包括哪些
肿瘤微环境外周血指标包括哪些核心提示:通常情况下,用丰富一点的写法,也可以表明肿瘤患者外周血中性粒细胞、淋巴细胞、嗜酸性粒细胞等指标出现异常。1、中性粒细胞中性粒细胞是白细胞的一种,主要功能是防卫作用,其数量和活性升高,可能意味着感染性疾病、组织损伤、急性失血、恶性肿瘤等疾病的发生。2、淋巴细胞淋巴细胞...
...协和药物所贺玖明研究员共探空间多组学解码肿瘤微环境研究策略
肿瘤微环境(TME)包括多种免疫细胞类型、癌相关成纤维细胞、内皮细胞、周细胞和各种其他组织驻留细胞类型,它们共同构成了一个动态变化的生态系统。肿瘤微环境的定义与组成揭示了其复杂性和动态性。这个微环境不仅为肿瘤细胞的生长和扩散提供了必要的条件,还与其恶性程度、治疗反应和预后密切相关。空间多组学技术是一种...
Cell重磅 | Stereo-seq助力杜鹏课题组解析妊娠早期子宫微环境的...
杜鹏研究员表示该项研究首次建立了胚胎着床后的子宫微环境图谱,包括各功能中心特化过程、微环境建立和稳态维持过程,也是首次使用空间转录组技术发现细胞异常的空间定位与疾病发生发展之间的关系。同时也相信,随着新技术的不断涌现,我们在疾病和肿瘤等领域的研究也会迎来更多新的思路和观点。作者简介杜鹏研究员杜鹏博士...
肿瘤微环境的组成和功能
肿瘤微环境的组成和功能主要包括微环境调节剂、代谢调节剂、抗肿瘤抗生素等。1、微环境调节剂微环境调节剂是指在微环境中,微生物群落与宿主之间的相互作用,从而达到调节微生物群落的目的。例如,乳酸菌、双歧杆菌等可以通过改变构成肿瘤微环境的菌群组成,抑制有害细菌的
...对成功妊娠至关重要!杜鹏课题组解析胚胎着床后的子宫微环境
研究者接下来对着床位点微环境中的6个子宫内膜蜕膜基质细胞亚型,依据其差异基因和富集的生物学功能通路进行命名,主要包括:未分化的基质细胞(D1)、MET转变过程的中间态细胞(D2)、成熟的功能性细胞(D3-D6)和成熟后的蜕膜基质细胞(D7)(www.e993.com)2024年7月6日。同时作者基于拟时间分析和体外蜕膜诱导实验结果,详细描述了胚胎着床初期子宫内...
...免疫特性的蜕膜基质细胞介导妊娠早期子宫微环境的建立和稳态维持
研究者接下来对着床位点微环境中的6个子宫内膜蜕膜基质细胞亚型,依据其差异基因和富集的生物学功能通路进行命名,主要包括:未分化的基质细胞(D1)、MET转变过程的中间态细胞(D2)、成熟的功能性细胞(D3-D6)和成熟后的蜕膜基质细胞(D7)。同时作者基于拟时间分析和体外蜕膜诱导实验结果,详细描述了胚胎着床初期子宫内...
对鼻咽癌肿瘤免疫微环境的新认识
免疫抑制细胞包括MDSC、肥大细胞、调节性T细胞(TCFs)和巨噬细胞(特别是M2极化的肿瘤相关巨噬细胞)。TIME中免疫刺激和免疫抑制细胞的平衡通常对肿瘤类型具有特异性,并且可以影响肿瘤进展,例如通过抑制免疫应答以促进癌细胞的不受阻碍的生长。图1.肿瘤微环境与肿瘤免疫微环境。肿瘤免疫微环境是更大的肿瘤微环境的重要...
西南大学研究者们综述了新出现的肿瘤微生物微环境
微生物群是指微生物(如细菌、病毒、真菌、古细菌、真细菌和原生生物)的集合,主要存在于个体的多个粘膜表面,包括胃肠道(GI)、唾液、口腔、生殖器粘膜和皮肤。从理论上讲,共生菌群对宿主的健康有有益的影响,但微生物群失调和黏膜环境破坏可驱动病理贡献,甚至导致致癌。
癌症细胞“改造”的免疫抑制微环境
CSC和免疫抑制微环境CSC是难治性癌症的关键细胞群,是肿瘤再生的主要驱动因素。CSC与其相关生态位之间的直接相互作用是治疗耐药的重要因素,包括免疫抑制微环境的形成。NatRevCancer.2021癌症干细胞(CSCs)和髓系细胞之间通过可溶性介质或并列信号通路的相互通信促进了免疫抑制和干细胞性。