蛋白质分子结构技术解析

1.样品准备蛋白质在液体乙烷中迅速冷冻,形成玻璃化冰层,捕获蛋白质的快照。2.数据收集利用电子束扫描样品,记录下蛋白质不同角度的二维投影图像。3.结构解析通过计算重构,这些图像被合成为一个三维模型。高质量数据可以得到接近原子分辨率的结构。4.优点不需要蛋白质晶体,特别适合大分子复合物和膜蛋白。能...

专访| 复旦大学复杂体系多尺度研究院首任院长马剑鹏:AI for...

蛋白质三维结构由主链和侧链搭建而成,Alphafold2的主链预测总体做得不错,但侧链预测的质量不够好,至少离药物设计要求的精度还有很大的差距。OPUS-Fold3是我们团队自主研发的蛋白质折叠平台,对标戴维??贝克的蛋白质结构预测软件Rosetta,达到同等折叠精确度并在侧链建模超越20%。该平台在指导蛋白质设计场景中引入物理...

谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...

2、结构生物学预测:通过对结构生物学数据进行深度学习,可以预测蛋白质结构、功能和互动。3、生物信息学数据集预处理:通过对生物信息学数据集进行深度学习,可以提高数据质量、减少噪声和缺失值,从而提高预测模型的准确性。八大最火课程01、深度学习蛋白质设计02、CADD计算机辅助药物设计03、AIDD人工智能药物发现与...

抗病小体,探索植物免疫新途径

进一步通过实验表明,仅仅通过替换抗病小体LRR结构域就可以改变其效应蛋白的识别特性,进而扩展这些NLR蛋白的抗病谱,这为粮食作物的抗病育种和作物保护提供了一种简单易行的新策略。今年,我们又发表了一项与茄科植物有关的发现。在包括番茄、烟草的茄科植物中,有一类特别的NLR蛋白叫作NRC,它是植物细胞死亡所需要的一类...

Nature | 不止蛋白质结构!AlphaFold3可高精确度预测生物分子结构...

对于蛋白质-核酸复合物和RNA结构,AF3预测准确性也高于RoseTTAFold2NA(目前最好的预测方法),AF3能够预测具有数千个残基的蛋白质-核酸结构。此外,AF3还可以准确预测共价修饰,包括对任何聚合物残基(蛋白质、RNA或DNA)的修饰。在扩展建模能力的同时,相对于AlphaFold-Multimerv2.3,AF3也提高了对蛋白质复合物的预测...

CO-IP和Pull Down比较解析蛋白结构

3.结果解读:CO-IP可以保留蛋白质的天然结构和相互作用,有助于鉴定蛋白质的结构;而PullDown可能会引入亲和标记对蛋白质的结构和功能产生影响,需要谨慎解读结果(www.e993.com)2024年11月5日。CO-IP和PullDown是两种常用的方法,用于解析蛋白质的结构。CO-IP可以保留蛋白质的天然结构和相互作用,适用于鉴定蛋白质的结构;而PullDown操作相对简单...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴

通过实验方法确定的蛋白质结构也被认为是标准答案。不过这些实验方法非常耗时耗力,据估计,用实验方法确定一个蛋白质结构需要10万美元和长达数月的时间[2]。因此,如果能设计一个计算机算法来预测蛋白质三维结构,那将会大大地加速蛋白质结构的分析。并且计算机科学和算力的飞速发展也给生物学家们敞开了一扇新的大门,...

清华大学杨雪瑞团队系统总结空间转录组数据解析方法

空间转录组分析有不同的技术路线,当前的主流技术主要基于高通量测序或高分辨成像。总的来说,空间转录组数据的分析包括不同技术路线的数据预处理、生物学信息的挖掘和空间解析度下的知识重建(图1)。本综述详细总结了针对这一流程中各分析任务的生物信息方法,包括空间反卷积(图1A)、基因插补(图1B)、图像对齐和细胞分...

追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?

酪蛋白激酶1δ的自我调节机制揭示人体生物钟调节新路径AI手机应用或将成为抑郁症非侵入性检测新工具█神经技术电子舌结合AI技术精准识别食品质量差异新算法助力神经网络克服“灾难性遗忘”基于神经连接图谱预测果蝇视觉系统功能的新突破新型非线性动态模型揭示神经活动与行为的复杂关系...

深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...

解决同源序列不足的蛋白质结构预测的两种方法是:用新解析的基因组或宏基因组数据更新序列数据库,并提高同源搜索的灵敏度。这可能对某些蛋白质有效,但不能解决那些缺乏天然同源序列的蛋白质的问题。另外一种方法是,通过学习数据库中的其他进化序列,使用隐含进化信息的蛋白质语言模型。