16S全长测序揭示运动性脑震荡肠道微生物菌群变化
在接触性运动中,单次和反复的脑震荡都会引起运动员大脑和身体的改变。最近的一项研究对大学足球运动员进行了五个赛季的跟踪调查,结果显示,运动员头部撞击的中位数为415次,我们迫切需要了解脑震荡的机制和预防措施以及反复震荡可能造成的影响。在运动相关的脑震荡或重复的脑震荡影响后,脑肠连接的作用和微生物群的变化尚...
科研丨西农: 血清代谢组学结合16S rRNA测序揭示枸杞多糖对宿主...
因此,我们测试了LBP干预对粪便微生物群组成的影响。通过16SrRNA基因测序对粪便样品中的细菌群落进行表征。通过QIME2(版本v.2019.4)和R软件包计算α多样性指数。选择细菌多样性(Shannon和Simpson)、丰富度(Chao1和观察到的物种)、均匀度(Pielou)、测序深度(Good’sCoverage)和Faith’sPD指标进行评估。如图4A所示,...
pmoA+16S测序+qPCR,揭秘溶洞甲烷氧化菌的分布
本研究通过对桂林市三个溶洞风化岩样进行pmoA和16SrRNA基因的高通量测序,并结合环境因子的测定和qPCR技术分析得出以下结论:MOB群落在地下溶洞中具有广泛分布,且溶洞为USCγ提供了比USCα更适合的生境;USCγ是atmMOB和总体细菌群落网络中的关键类群,且两种网络对环境因素的干扰具有一致响应。本研究极大地拓展了对USC在...
微生物测序该怎么选,16S or 宏基因组?
首先就是研究经费得够,目前来说16S一个只要几百块钱,但是宏基因组测序一个样本需要3、4千,如果经费不够那就选择16S啦。其次和我们的研究目标是密切相关的,假设我们研究的是疾病与对照组间菌群直接的差异,那么16S测序完全够用,而且目前来说除了种水平外,其它的多个水平同样的样本16s注释的物种会更加丰富。当然如果需...
天使科普 肠道菌群16S rDNA高通量测序检测 每一项检查都有目的
当然有必要,基于新一代基因检测技术,结合大数据自动分析,肠道菌群16s检测,可检测出粪便中多种肠道菌的分布及比例,同时评估多种疾病和营养指标。操作过程无创,简便,数据获得量大,可作为精准化肠道健康管理参考指标。广州天使儿童医院健康一个孩子,幸福一个家庭!
做好16S测序,小成本也能收获高分文章 | 课程回顾
16S测序可以对微生物核糖体RNA的特定区域或全长序列进行扩增子测序,获得群落的物种组成结构,掌握群落多样性变化规律,并揭示其中的优势物种,还可以基于功能预测软件进行群落功能预测(www.e993.com)2024年9月17日。此外,目前越来越多的16S研究会关注环境因子与微生物在群落间的关系,如环境样本的采集地点、气压、温度、环境酸碱度、重金属等因素对微生物...
高分文章炼成记---16s测序联合转录组研究新思路
该研究主要是选用不同比例非纤维碳水化合物摄入(15-30%)的山羊模型,通过转录组测序和16srRNA测序联合研究瘤胃上皮细胞和瘤胃微生物协同的响应机制。通过研究发现,瘤胃中微生物来源的SCFAs对上皮细胞的生长和代谢受到GPR和HDAC调节网络的影响,通过对这些调控机制和饮食组成的相互关系的理解,可更深入的了解瘤胃的新陈代谢...
如何能看懂三代测序数据
在这里,大家可能会有疑问,环绕测序岂不是产生了很多冗余的信息?其实,这里的polymerasereads是需要进行一定的处理才能获得用于后续分析的。这个过程首先是去除低质量序列和接头序列:打开网易新闻查看精彩图片Polymerasereads经处理后得到的序列称为subreads,根据不同插入片段长度的文库,subreads的类型也有所不同...
iMeta|中国农大杨栋组揭示膳食纤维化学结构对肠道微生物的调控
16SrRNA基因测序与分析对秀丽隐杆线虫菌群进行测序。根据生产商说明,用MOBIOPowerSoilDNA提取试剂盒(No.12888;MOBIOLaboratories,Inc.,Carlsbad,CA,USA)提取线虫肠道微生物群DNA。用带有条形码的引物(F:5'-GTACTCCTACGGGAGGCAGCA-3'和R:5'-GTGGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')扩增细菌16SrRNA基因V3-...
10文一览近期进展:菌群分析的生信工具/方法/资源|热心肠日报
测序数据的生信分析对于准确和完整表征微生物群落至关重要。为促进宏基因组分析的高效性和可重复性,近日发表在NatureProtocols的研究,作者开发了Krakensuite(含Bowtie2、Kraken2、Bracken、Pavian等软件)用于宏基因组数据分类、量化和可视化的流程。该流程可很好应用于对给定的宏基因组数据中物种的定量分析,也可对人类...