微管蛋白密码清除器CCP5通过底物变形结合支链谷氨酸

通过写入器和擦除的平衡实现的谷氨酸稳态,对正常细胞功能至关重要,而CCP的突变会导致人类疾病。研究人员报告了谷氨酰化擦除酶CCP5与微管复合物的冷冻电镜结构,以及与过渡态模拟物复合的X射线结构。结合核磁共振(NMR)分析表明,CCP5将微管蛋白的主链变形为一个独特的转弯,使其能够在CCP家族蛋白特有的阳离子口袋中识...

作为丝氨酸蛋白酶中的一个家族,颗粒酶具有哪些特性?

其他特征包括一个氧阴离子孔来稳定酶间底物复合物的过渡态和一个底物结合袋,其形状决定了蛋白酶的特异性。大鼠颗粒酶B的晶体结构最近被测定,它的晶体结构几乎没有什么惊喜。结果表明,颗粒酶B的底物裂隙容量相当大,可容纳多达8个底物残基。与P1底物残基接触的关键残基(即切割键的氨基末端,通常是天冬氨酸)是Arg226...

青岛大学付钦瑞ACS Nano:过渡金属基纳米酶:合成、治疗作用机制...

过渡金属具有空的d或f轨道,这些轨道很容易与底物分子形成配位键,从而在反应过程中形成过渡态时降低能垒。这一特性使基于过渡金属的纳米酶在整个化学反应中高效地降低活化能,同时显著加速反应进程,具有极高的催化治疗价值。近年来,大量的研究报道了各种基于过渡金属的纳米酶在癌症治疗中的应用,证明基于纳米酶的催化治疗...

干货分享:蛋白质融合表达的标签及切割研究汇总

该系统的基础是15个氨基酸残基的S-tag与103氨基酸残基的S-蛋白质之间的强烈相互作用,这两个都来自RNaseA.S-蛋白质/S-标签复合物的Kd接近0.1μM,这取决于pH,温度和离子强度.标签由4个带正电荷残基,3个负电荷残基,3个不带电的极性残基和5个非极性残基组成。这使S-标签保持可溶,S-标签的快速分析是基于核酸降...

南京大学俞寿云/天津大学党延峰课题组JACS:光激发铜催化非环状...

L4/Cu(III)复合物通过六元环类型的还原消除(TS2a)形成C??O键,因为其环张力较小,该路径比通过η??-烯丙基-Cu(III)/L4物种和(η??-苯甲酸盐)(η??-烯丙基)Cu/L4过渡态的路径更有利。最后,底物-产物交换生成烯丙酯(R)-3b,并再生L4/Cu(I)复合物IM1。由于C(sp3)–H键的活化(TS1)相较于C...

硕士生一作!南方科技大学,最新Nature Chemistry!

产物对映体选择性与配体纯度之间的非线性效应表明,真正的催化物种可能不是简单的单核Pd(II)-L6复合物,而是一种结构更为复杂的物质(www.e993.com)2024年11月7日。DFT研究支持了这一假设,表明氧化加成步骤是决定对映体选择性的关键。产生R-3a产物的过渡态比产生S对映体的过渡态有利5.6kcal/mol。

Science | 中国农业科学院/北京大学合作破解紫杉醇生物合成难题

以这样一个构象进行密度泛函理论(DFT)计算,作者发现底物1先被[Fe=O]IV氧化形成自由基中间体int0,随后发生邻位乙酰基参与的氧化环化形成中间体int1。中间体int1可以经历两种不同的过渡态TS2和TS3分别形成环氧产物3和四元环产物2(图5)。通过以上计算作者发现,四元环产物2的形成不管在热力学还是动力学上都是...

??投稿到接收仅4个月,中国青年学者一作,最新Nature!

机理实验和密度泛函理论计算揭示了由底物衍生的环酸复合物32生成产物的可能路径(图3a)。通过钯-烯烃络合物的反应路径,碳钯化步骤(路径A,红色)较核钯化(路径B,蓝色)更为有利,且具有更低的能量势垒。碳钯化途径的计算结果与实验的13C动力学同位素效应吻合(图3b),进一步支持了碳钯化机制的合理性。对映体选择性与...

Nature一周论文导读|2024年7月25日

微管蛋白代码清除酶CCP5通过底物变形结合分支链谷氨酸(导读阿金)微管功能由微管蛋白编码调节,不同的翻译后修饰通过写入酶与清除酶显著改变其功能。本研究报告了谷氨酸酰化清除酶CCP5与微管结合形成复合物的冷冻电镜结构,与过渡态同类物结合形成复合物的X射线结构。再结合NMR分析表明CCP5弯曲微管主链形成...

他,中国科大校友,师从诺奖得主,时隔一年再发Science!

作者通过靶向诱变关键酪氨酸残基验证了酶-底物结合的计算结果,活性下降(图4B),证明这些残基在介导底物-酶相互作用中的关键作用。氘标记实验表明,新立体中心的氢原子主要来自FMNhq(图4C)。进一步探测亲核攻击步骤和HAT步骤,生成最终产品(图4D)。HAT过渡态的计算表明,最稳定的是自旋单线态,TSHATS-spin-I能垒最低,...