...CUT&Tag技术,可精准检测单细胞基因组复杂区域的染色质修饰

对于常染色质相关的修饰,由于染色质结构松散且可及性高,Tn5转座酶能够在染色质修饰区域两侧高效切割DNA,确保测序接头的有效连接。然而,异染色质相关的修饰通常位于染色质高度浓缩的区域,这些浓缩的染色质结构限制了Tn5转座酶与DNA的接触,降低了Tn5转座酶的切割效率,导致异染色质区域短DNA片段的富集度较低,影响了异染色...

专家点评Nature | 何川/徐明江团队揭示TET2通过氧化染色质相关RNA...

Mbd6敲低可以导致m5C修饰的caRNA附近的染色质H2AK119ub水平提高,染色质可及性降低,和caRNA表达量降低。而这些染色质上的变化和Tet2KO导致的结果有着很好的负相关。因此,MBD6通过结合caRNA上的m5C来促进组蛋白H2AK119ub去泛素化并且打开染色质。而这个RNAm5C-MBD6-H2AK119ub调控通路是对TET2缺失进行响应的主要...

...高信噪比CH-ATAC-seq技术并绘制跨物种单细胞染色质可及性图谱

单细胞染色质可及性测序(singlecellATAC-seq,scATAC-seq)可以提供与转录组互补的表观调控信息,有助于我们更为深刻地理解跨物种的保守调控机制。人、小鼠的全身多组织染色质可及性景观已经相继问世,但其它模式生物如斑马鱼、果蝇和蚯蚓仍缺乏全身染色质可及性景观。2024年2月8日,浙江大学基础医学院/良渚实验室...

研究实现单细胞中基因型与染色质可及性图谱的映射

这种高通量平台可在一次检测中将数千个细胞的基因型与单细胞分辨率染色质可及性联系起来。研究人员将GoT-ChA应用于骨髓增殖性肿瘤患者的CD34+细胞,这些细胞具有JAK2V617F突变的造血功能。对野生型和JAK2V617F突变型祖细胞的可及性差异分析表明,突变型造血前体中存在细胞内在和细胞状态特异性转变,包括造血干细胞中的细胞...

【??科技日报】细胞有丝分裂期转录调控动态机制揭示

研究团队绘制了来自有丝分裂不同时期的6538个L02胎肝细胞的高质量染色质可及性图谱,并通过假时间轨迹、多组学整合、原位成像、转录因子扰动等干湿结合的分析策略系统性探究了有丝分裂期染色质状态和转录调控的动态变化。研究人员首先通过假时间轨迹分析构建了有丝分裂时间轴,发现染色质可及性在细胞进入有丝分裂期后...

赵蔚/李杰团队揭示磷酸化HDAC6的相分离导致三阴性乳腺癌染色质...

三阴性乳腺癌(TNBC)是一种高度异质性的疾病,展现出极高的侵袭性,常规的内分泌治疗或化疗对此类癌症通常无效(www.e993.com)2024年11月25日。之前的研究表明TNBC缺乏有效的生物标志物来指导治疗决策和预测治疗反应,因此从新的角度理解TNBC病理生物学特性尤为重要。三维染色质结构指的是染色质在细胞核中的空间排列,包括染色质区域如何折叠、聚集以及...

...| 南京大学郭子建院士团队:口服铂类ACLY抑制剂通过压实染色质...

近日,南京大学郭子建院士团队报道了两个铂类ATP柠檬酸裂解酶(ACLY)抑制剂(PSN和PDN),它们能够通过诱导染色质压缩来对抗顺铂耐药性。研究表明,PDN对顺铂耐药的癌细胞具有显著高于顺铂的杀伤能力,并在口服给药后展现出显著的抑癌活性且系统毒性较低。作为一种口服的金属ACLY抑制剂,PDN代表了一种通过染色质重塑来克服化...

Science | 染色质可塑性预先决定神经元是否具备形成特定记忆的资格

图1.染色质可塑性对于神经元的信息编码至关重要(Credit:Science)综上,这项工作表明表观遗传机制除了在发育过程中定义神经元身份外,对于预先确定高阶神经元功能至关重要。未来的研究需要进一步确定这种表观遗传又如何受到其他表观遗传标记、代谢率或昼夜节律的影响。

...高通量、低成本SPATAC-seq技术并绘制斑马鱼早期胚胎发育染色…

scATAC-seq是一种用于分析全基因组染色质可及性区域和研究细胞类型特异性转录调控的工具,可以提供与转录组互补的表观调控信息,有助于我们更为深刻地理解胚胎发育过程中决定不同细胞谱系命运决定的分子调控机制。然而目前在斑马鱼胚胎发生过程中,决定细胞命运和功能的染色质可及性动态变化特征的研究尚不完善。通过在单...

人早期胚胎发育的表观遗传调控(染色质组蛋白修饰+DNA甲基化

同一胚胎细胞在Pre-EGA和Post-EGA期的染色质可及性在管家基因中的变化,这些基因在Pre-EGA均匀可及,在Post-EGA表现出高表达;在发育基因中,这些基因在Pre-EGA不可及,在Post-EGA表现出不同水平的可及性和表达。EGA的主要染色质可及性重塑早期人类胚胎中染色质可及性的最大差异,特别是在启动子上,区分了4C和...