善事利器:10文一览菌群研究的新方法和新工具
可以进行更精细的分析;②系统型生成方法与特定的放置引擎和进化树无关,可用于协调不同研究的微生物组数据,可在各种模拟16SrRNA扩增和测序方法以及真实世界数据中推广使用;③使用基于系统型的方法进行预测建模的稳健性,表明其在精准医疗和荟萃分析中的应用潜力;④在微生物组数据中使用系统型预测体重指数和早产风险...
【图文实录】陈宁:我们把IBD研究锁定在口-肠轴
所以我们再进一步去研究口腔菌的时候,就把目光锁定到跟牙周炎和龋齿特别息息相关的一种菌,就是口腔变异链球菌。其实前期的研究当中,我们就已经发现IBD患者的唾液当中,口腔变异链球菌的丰度和功能跟健康人群之间是有很大差异的。我们进一步从59名IBD患者的唾液当中进行分离,最终分离出来了有30株变异链球菌的菌株。经过...
专访谷海瀛教授:揭示幽门螺杆菌混合感染高流行率背后的科学奥秘
谷教授:我们首次证实单个患者幽门螺杆菌混合感染菌株不相关模式(菌株无进化相关性)流行率为18.5%(5/27),也可以理解为宁波地区幽门螺杆菌重复感染率为18.5%,国外研究这种情况都是1例或2例的个案报告。记者:前面提到幽门螺杆菌地理分群是怎么回事?谷教授:利用幽门螺杆菌MLST测序,根据生物信息学方法绘制进化树...
福建农林大学林河通教授等:基于Illumina MiSeq测序技术探究
以1.70%琼脂糖凝胶电泳检测菌落纯度,如图7所示,各菌株均出现了单一条带,显示PCR扩增较成功,可以用于后期测序。所得序列进行BLAST分析,选取同源性超过99%的菌株序列构建系统进化树。图8所示即为最高相似度菌种名称及其登录号,10株菌株分别是波罗的海希瓦氏菌(1.05×10S.baltica)、哈夫尼希瓦氏菌(S.hafniensis)...
Nature子刊:钟超/谭验/周佳海团队搭建新型“活材料”设计的“IT+...
研究团队以“共价交联型菌毛”作为示例,对自然界中合成此类蛋白质纤维的菌株进行筛选和分类后,挖掘出102株工业菌株中具有合成共价交联行菌毛的基因簇;通过对挖掘到的工业菌株进行进化树分析后,生成相对于参考菌株(研究共价交联型菌毛中的模式菌株,致病菌白喉杆菌)的亲缘关系距离打分文件;根据距离打分文件,BBSniffer生...
快报| 基于全基因组测序的四川彝族人群结核分枝杆菌耐药情况研究
本研究获得的全基因组数据经处理后与现有结核分枝杆菌药物数据库进行比较,预测各菌株对12种抗结核药物的耐药谱(www.e993.com)2024年7月29日。通过最大似然法建立系统进化树,并使用iTOL(httpsitol.embl.de/)进行可视化。使用SPSS20.0统计软件进行统计学分析,分类资料采用χ2或Fisher’s精确检验,耐药结核病的危险因素分析采用相关分析,以P值...
《食品科学》:中国水产科学研究院陈胜军研究员等:不同碳源对K...
5、不同碳源对菌株孔雀石绿还原酶活力的影响如图5所示,盐培养基中孔雀石绿还原酶活力较高,达到54.93U/mL。与孔雀石绿脱色效果变化相似,添加葡萄糖、半乳糖、蔗糖等碳源后孔雀石绿还原酶活力显著增加,其中,添加蔗糖的酶活力最大,达到159.64U/mL。研究表明,Ochrobactrumsp.主要通过细胞外分泌的孔雀石绿还原酶使孔雀...
细菌完成图+比较基因组学助力沙门氏菌毒力因子研究
研究人员还在SE211基因组中发现了一个完整的CRISPR-Cas系统,这可能也有助于提高其毒性。此外,进化树和MST显示出这些基因组之间明显的距离。分析肠炎沙门氏菌的遗传和表型特征,有助于我们进一步了解肠炎沙门氏菌的致病机制和系统发育,从而为防治肠炎沙门氏菌感染制定新的策略。
俄罗斯卡尔梅克共和国发酵蔬菜中细菌多样性研究
摘要通过纯培养的方法结合16SrRNA测序技术对采集自俄罗斯卡尔梅克共和国埃利斯塔市郊的2份发酵蔬菜样品中的乳酸菌进行了分离、鉴定,并构建了系统发育树。经过鉴定,共从2份样品中获得了19株乳酸菌,分属于Lactobacillus(14株)、Pediococcus(3株)和Leuconostoc(2株),其中包括7株Lactobacillusplantarum;1株Lactobacillusbr...
多国科研机构公布研究结果:中国没有操纵疫情数字
研究发现,正在法国蔓延的新型冠状病毒并非起源于中国。在全球疫情暴发之前,法国菌株可能已经在当地传播。研究人员对97份法国病毒样本和3份来自阿尔及利亚病毒样本进行了基因测序与比对和溯源分析,并建立病毒进化树图谱。对比研究表明,法国流行的新冠病毒和1月发现的中国输入感染病毒并非来自同一毒株,虽然来自同一个“...