诺禾致源2023年年度董事会经营评述
(1)服务内容:三类服务均提供基因测序服务,但测序对象不同,生命科学基础科研服务的测序对象为动物、植物、微生物等与人体无关的样本,医学研究与技术服务的测序对象为与人体有关的样本;(2)服务流程与交付成果:生命科学基础科研服务、医学研究与技术服务的流程包括样本检测、核酸提取、文库构建、上机测序、数据分析,交付...
科学家研发低DNA输入量建库方法,全部流程在单个试管内进行,能最大...
因此,当针对测序样品使用不同处理方法的时候,也会根据不同的测序目标而发生分化。再加上基于Tn5转座酶的二代测序技术,已被广泛用于基因组测序研究和表观基因组测序研究,所以LILAP可以无缝衔接已有的、基于Tn5的表观遗传二代测序技术(比如ATAC-seq和CUT&Tag等)。这样一来,就能实现从二代测序技术...
表观遗传研究如何「精准避坑」,后悔没早点知道(有奖答题)
看不懂ATAC-Seq数据分析结果怎么办?对于ATAC-seq测序结果的fastq文件,经过fastqc进行序列质量分析,去除adapter,mapping,随后demultiplex,进而去除duplicates之后得到bam文件。ATAC-seq测序结果能够检测全基因组范围内染色质开放程度,筛选目的蛋白。其中,数据分析中插入片段的大小一般呈现为周期性的小峰凸...
21篇论文齐发!《科学》重磅专题:迄今最全面的人类脑细胞图谱
根据对70多万单细胞测序的结果,研究区分出了神经发生中多种细胞的亚型,包括神经干细胞,兴奋性和抑制性神经元、胶质细胞以及非神经细胞。▲端脑发育图谱(图片来源:参考资料[8])此外,研究者还确定了端脑中心发育早期的祖细胞,并以此预测出了协调该细胞模式功能的基因调控网络。这些资源可以使科学家更好地研究灵长类...
【Cell Research】北大汤富酬团队:一种长读单细胞ATAC测序方法...
为了将scNanoATAC-seq数据的峰值呼叫质量与10×scATAC-seq数据的峰值呼叫质量进行比较,还对PBMC进行了基于cCREs的基准测试。测试结果表明,scNanoATAC-seq在鉴定不同的细胞群和揭示每个细胞群染色质可及性的关键调节特征方面表现良好。一种基于纳米孔测序平台的转座酶可及性染色质单细胞测定方法(scNanoATAC...
...| 基于噬菌体展示技术的单细胞多模态测序技术:PHAGE-ATAC
首先,作者评估了PHAGE-ATAC在单细胞测序中的效果(www.e993.com)2024年9月30日。作者将小鼠NIH3T3,HEK293EGFP-和HEK293TEGFP+细胞(HEK293T-EGFP-GPI)以2:1:1进行混合,随后进行anti-EGFPpNb标记、文库准备和分析。作者恢复了1212个小鼠细胞barcodes和1158个人细胞barcodes,其数据质量与之前单组学检测质量相当6-7。通过分析EGFPPDTcou...
解析表观遗传学的工具——ATAC-seq(二)
这些结果表明,1-MCP的处理显著改变了染色质的可及性(图2C)。图2(A)基于ATAC-seqreads数的Pearson相关性聚类热图;(B)1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs,蓝色圆圈表示下调的DARs;(C)不同处理的木瓜果实样品之间...
上新| 触手可及!表观研究利器ATAC-Seq你get了吗?
将参照Vazyme#TD711实验流程得到的文库进行测序,下机后各样本截取10G数据量进行生信分析,结果表明:TSS富集图显示在基因的转录起始位点周围富集明显;IGV视图显示ATAC在关键位点上的富集情况与CUT&Tag和CUT&RUN一致,且在mRNA-seq中可以找到相应基因位点,实验结果真实可靠。图4.不同细胞投入量下的TSS富集图注:CU...
【学术前沿】Cell Research | 汤富酬课题组开发基于单分子测序...
(BIOPIC)汤富酬课题组在CellResearch发表了题为scNanoATAC-seq:along-readsingle-cellATACsequencingmethodtodetectchromatinaccessibilityandgeneticvariantssimultaneouslywithinanindividualcell的论文,首次报道了名为scNanoATAC-seq的基于三代测序平台(单分子测序平台)的单细胞染色质可及性测序...
单细胞转录组测序助力解析肾透明细胞癌的发病机制
运用欧易生物技术:10XGenomics高通量单细胞转录组测序和单细胞ATAC测序研究结果1、ccRCC中的单细胞转录组和染色质可及性分析为了系统地解析ccRCC的异质性,研究对三名患者进行了配对的scRNA-seq和scATAC-seq,并对另外一名患者进行了单独的scRNA-seq(图1A)。经过质量控制过滤后,总共保留了来自scRNA-seq的38097个...