分析蛋白质功能结构域的策略和步骤
1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...
...篇顶刊,阿尔茨海默病治疗新突破!剑桥团队新策略精确清除毒性蛋白
在发表于《科学》的论文中,研究人员展示的方法是用靶向tau蛋白的纳米抗体(一种微型抗体)与Trim21的RING结构域融合,这样一来当相邻的tau蛋白形成病理性聚集体时,上面的RING也会被激活,从而给tau蛋白聚集体打上降解标签,但健康的tau蛋白几乎不受影响。▲以tau蛋白为“诱饵”激活Trim21的RING结构域(图片来源:参考资...
洪亮团队基于图扩散概率模型生成活性高、体积大、结构复杂蛋白质
结构和功能之间的隐含映射规则,生成多样化的蛋白质序列,并以极高的成功率通过湿实验验证,最终在两款超长的多结构域复杂功能蛋白(KurthiamassiliensisAgo和PyrococcusfuriosusAgo,简称为KmAgo和PfAgo)得到超过10倍的DNA剪切活性提升,显著高于现有任何已发现的常温野生型蛋白活性。
道尔生物取得多结构域融合蛋白及其应用专利,用于治疗肿瘤
金融界2024年8月28日消息,天眼查知识产权信息显示,浙江道尔生物科技有限公司取得一项名为“多结构域融合蛋白及其应用“,授权公告号CN116761814B,申请日期为2022年2月。专利摘要显示,本发明提供一种融合蛋白,所述融合蛋白包括抗PD??L1单域抗体片段、拮抗VEGF片段、TGF??β结合片段。本发明所...
.../林明焰/郭雪江/谭跃球团队系统绘制精子发生中的RNA结合蛋白景观
研究聚焦RNA结合蛋白NONO(含非POU结构域的八聚体结合蛋白)中的ER基序,利用动物模型、并在单细胞转录组水平上证明其调节生精细胞从有丝分裂期到减数分裂期的转变。研究团队还整合了非梗阻性无精子症或少精子症患者的男性不育队列的全外显子组测序图谱,以此在系统层面上揭示RNA结合蛋白对男性不育的突出作用及ER...
《食品科学》:宁夏大学李亚蕾教授等:牛HSPA6蛋白特性分析及蛋白...
打开网易新闻查看精彩图片牛HSPA6蛋白的N-糖基化位点预测结果如图7所示(www.e993.com)2024年10月17日。结果显示,该蛋白存在4个可能的N-糖基化位点,最有可能发生N-糖基化的位点位于第33位残基上,概率为0.6172。蛋白质N-糖基化修饰在蛋白质翻译后修饰中具有关键作用。基于对保守结构域、可能磷酸化位点及N-糖基化预测的综合分析,发现发挥生...
独家专访:AlphaFold并非唯一出路 | 新加坡国立大学张阳教授对谈...
例如,蛋白质折叠时会形成不同的构象,而深度学习只能提供单一末态构象。通过D-I-TASSER的模拟,我们可以生成多个构象,并通过聚类分析这些构象的自由能分布。同时,D-I-TASSER的蒙特卡罗方法可以生成连续的构象链,帮助我们理解蛋白质的折叠过程。而且,我们也在多域蛋白质和蛋白质复合体结构预测上做了一些尝试。多域蛋白...
灵魂追问:胶原蛋白究竟有没有未来?
通俗的说,蛋白是模块化的,它是一个个功能模块拼在一起的。比如我们需要抗衰的作用,某蛋白可能是A、B、C、D四个结构域或者说四个模块构成的,如果我们想要抗衰的效果,只需要模块A就够了,那我们就只需要重组合成A,而B、C、D都可以舍弃,这样成本可以降低,而且效率还能提高,这就是从大往小做。
突破AlphaFold3预测局限,超算安腾让科学家看到动起来的蛋白质
对于药物研发而言,预测分子如何相互作用是一件非常重要的事情,因为大多数药物的作用原理是与目标蛋白质结合。通过AlphaFold的结构预测研究蛋白质与蛋白质(或其它分子)之间的相互作用,进而确认功能单位或者结构域,可以为遗传操作提供目标,为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据,同时为新的药物分子设计提供合理的靶...
诺奖得主近年重磅研究!他们的发现正在继续改变世界
原理上,LYTAC分子可以同时结合胞外蛋白或膜蛋白的胞外结构域,以及细胞表面的溶酶体靶向受体(TLR)而形成三元复合物,并通过内吞作用(endocytosis)导致蛋白质的内化与降解。但在开发第一代LYTAC分子时,Bertozzi教授团队发现,无论目标蛋白为何,该分子无法实现超过70%~80%的目标降解,这显示关于LYTAC分子在细胞内作用过程...