蛋白质设计再突破!麻省理工团队利用人工智能与梯度优化开发新策略

图|实际生产蛋白质与计算机预期结构表现出高度相符实验结果令人振奋——实际生产出的蛋白质结构与计算机预测的结构高度吻合。研究人员对其中9种单体蛋白质进行亲和色谱纯化,通过天然尺寸排阻色谱(SEC)分析,8种表达良好且在预期分子量分数处有单一主峰;另外76种蛋白质采用高通量表达和纯化策略,58%的蛋白质分子...

中国科大张凯铭团队解析人源m6A甲基化酶复合物冷冻电镜结构

但在WTAP-H4/H4’区域,出现了的高占有率α-螺旋密度(图3a),通过蛋白交联质谱与pull-down实验证明,此处的密度为METTL3N端的LeaderHelix,与此前报道的生化结果一致5。再通过调低冷冻电镜密度阈值,借助已解析的METTL3/14核心晶体结构和锌指溶液结构1-4,搭建出了MAC-MACOM复合物中两个亚基的相对空间关系(图3b,同...

清华大学张数一团队开发EvoAI系统,实现对蛋白质序列-功能空间的的...

该方法结合了预训练的GeoFitness模型和蛋白质语言模型(ESM-2),加上多层感知器(MLP),以提高预测蛋白质突变效应的准确性。在该研究中EvoAI利用AmeR蛋白82个突变体的序列-功能映射信息对模型加以训练,并生成了不同于上述突变体的共1093个新蛋白,通过对于预测强度的排序,研究人员测试了预测强度最高的10个突变体,并将...

西湖大学团队开发基于从头蛋白质设计技术的CAR-T疗法,可用于治疗...

该策略从已知癌症靶标的蛋白结构入手,选择合适的靶蛋白表面,并利用游离氨基酸匹配和空间匹配算法获得与该表面契合的Binder空间位置,使用Rosetta平台,通过能量打分函数对Binder的氨基酸序列进行设计,并进行多轮迭代优化,得到了对于肿瘤靶标具有良好的稳定性和良好的识别结合能力的Binder蛋白(约55-60个氨基酸)。再将优化完成...

Nature︱细胞内的“搬运工”:揭秘蛋白质定位调控的新策略

图1:a.通过TRAM的蛋白质转运偶联实现亚细胞核质靶向定位控制示意图。b.TRAM1的结构。c.用于产生稳定细胞系以研究NMNAT1定位控制的病毒构建体。d.TRAM1介导形成复合物。e.由TRAM1驱动的NMNAT1重定位。当同时研究两种蛋白质时,核质转运的量化传统上通过一组代表性图像的共定位度量来完成。而一个开源的计算成...

肺癌疫苗只想到 mRNA 疫苗?来看这篇文章

来看这篇文章接种癌症疫苗的本质在于激活人体免疫系统,使之精准识别并有效攻击癌细胞(www.e993.com)2024年11月28日。该疗法的首要目标是控制肿瘤的生长,预防其复发或转移,并强化免疫系统识别和清除癌细胞的能力。癌症疫苗的作用机理在于诱发针对特定肿瘤相关抗原(TAA,即由癌细胞表达的独特蛋白质)的免疫反应。这一反应涉及T细胞、B细胞及多种...

终于知道脂肪肝是怎么“吃”出来的了!《细胞-代谢》封面颠覆认知...

除了外源摄入的蛋白质外,该研究也充分阐明了内源氨基酸代谢在肝脏里的关键地位,这为脂肪肝治疗提供了新的靶点,还暗示了氨基酸代谢的紊乱可能是多种肝脏功能异常和疾病的影响因素或诱因,值得更多的关注。▲研究总结示意图(图片来源:参考资料[1])研究作者指出,肝脏是全身氨基酸的集散地,氨基酸的氨基会在肝脏中被转化...

RFdiffusion从头设计生成互作蛋白,验证成功率超78%

拟交付结果示意如图1,数据总表中包括所有步骤的结果。红色方框内是RFdiffusion基于诱饵蛋白所自主设计的10条互作蛋白序列,并将人造蛋白与诱饵蛋白对接评估。绿色方框内是Foldseek根据设计蛋白从待选物种库内筛选得到的结构相似天然蛋白。其中也存在人造蛋白没有bitscore大于50的天然蛋白。蓝色方框内是诱饵蛋白与...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

图2是AlphaFold2深度学习模型架构示意图。最左边的输入表示需要被预测结构的序列(inputsequence);旁边画了一个小人,代表人类的某种蛋白质。图2:AlphaFold2深度学习模型架构图丨图源:参考文献[5]接下来,这个输入序列被转换成两种不同的信息,传入后面的神经网络进行迭代和学习。第一个信息,上面的“MSA”是多序...

克隆与表达干货4-Western Blot检测蛋白表达

图2.转膜三明治结构示意图2.6封闭当观察到PVDF膜上面有Marker条带，且凝胶上没有蛋白Marker的残留，表示转膜成功了，就可以进行封闭处理了。杂交膜上有很多非特异性的蛋白质结合位点，用惰性蛋白质或非离子去污剂封闭膜上的未结合位点，可防止这些位点与抗体结合引起非特异的染色和背景。封闭剂应具备封闭所有未...