...广州医学检验所双双通过NCCL遗传病高通量测序生信分析室间质评

此次测评质评样本为人基因组DNA,针对全外显子测序(WES)或临床外显子测序数据(FASTQ文件)的生物信息学分析,评价项目包括与遗传病表型相关的基因变异及结果报告。每年质评活动进行一次,迄今,诺禾致源已第四年顺利通过测评。全国遗传病高通量测序检测生物信息分析室间质量评价计划是保证各临床实验室遗传病高通量测序检测...

2区-贵州中医药: 基于蛋白质组学和生信探究土茯苓治疗高血压的...

图6通过GO和KEGG分析DEP。(A)DEP的生物过程GO术语。(B)DEP的细胞成分GO术语。(C)DEP的分子功能GO术语。(D)DEPs的KEGG途径。6.差异表达基因的GO和KEGG通路富集分析我们对DEPs进行了GO和KEGG富集分析。DEPs的GO注释由三个部分组成,即BP(生物过程)、MF(分子功能)和CC(细胞成分),用于分析DEPs的功能富集。BP...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

因为不需要考虑外显子连接检测(exonjunction)和基因长度归一化,这一方法的数据分析也简化了(生信宝典注:其实也是需要考虑的,转录本末端或UTR区也会存在剪接,具体取决于测序读长和特定基因的结构。不过如果使用STAR/BWA等有soft-clip机制的比对工具也可以不考虑。)。但是,3??mRNA-seq方法可能会受到转录本序列相...

会卷不如会选,肿瘤科研这么做轻松「躺赢」

还有像TCGA、EMBL-EBI、NGDC等数据库,也储存了十分可观的基因组数据。数据分析流程:5大模块,看下图肿瘤科做预后研究有着天然的优势,从疾病角度看,无论什么肿瘤的预后都是全世界范围内最受关注的问题。从研究角度看,除了比较常规的临床预后因素,比如手术方式、生活方式以及自身并发症等。与肿瘤预后相关的各种...

SCI「新宠儿」,孟德尔随机化是什么?

如今,孟德尔随机化在临床科研中火出圈,犹如十几年前的Meta分析,几年前的生信,这些都不需要基础实验就能发文章,对于临床医生来说,妥妥的神器。孟德尔随机化(MendelianRandomization,MR),是一种基于遗传变异的统计方法,是流行病学研究中评估病因推断的数据分析技巧,它通过引入工具变量来分析暴露因素和结局之间的因果关...

单基因肿瘤生信分析怎样发表8分+?

图9小编总结这是一篇分析很完整的单基因肿瘤分析文章(www.e993.com)2024年11月26日。作者深入研究了MYBL1在ccRCC中的作用。通过一系列生物信息学分析,作者发现MYBL1在ccRCC患者中RNA和蛋白质水平上都高度表达。预后分析显示,MYBL1与不良预后表现相关,包括OS、DSS和PFI。临床相关性分析显示,在较差的N期和M期,MYBL1更高。此外,还进行了生物富集...

基因家族纯生信分析依然可以发表6分+

图12小编总结本文是一篇分析全面的基因家族的生信分析。首先,SKA1-3在肝癌患者中表达上调,与临床分期、年龄、体重指数、肿瘤分级、组织亚型、Tp53突变状态有关。SKA1-3mRNA水平升高与OS相关。因此,SKA1-3可作为抗癌治疗的新靶点。其次,采用PPI网络分析方法鉴定出CDK1、CCNB1、CCNA2、TOP2A、BUB1、AURKB、CC...

生信入门 | 初探WGCNA分析

在有向网络中,模块内是高度正相关的基因。把基因聚类成模块后,可对模块进行三个层次的分析:第一层次,功能富集分析查看其功能特征是否与研究目的相符;第二层次,模块与性状进行关联分析,找出与关注性状相关度最高的模块;第三层次,模块与样本进行关联分析,找到样品特异高表达的模块。

功能超全的生信分析网站,下一篇SCI就靠它了!

通过单击表格中的任意基因按钮,可以得到单个基因与免疫细胞相关性的散点图。我们不仅可以查看mRNA表达与免疫细胞的相关性,我们还可以考察SNV、CNV、甲基化与免疫的相关性,操作方法与上面相同。三、突变模块在该模块中,我们可以分析基因集在不同癌症中的突变情况,此外我们还可以分析基因突变与患者预后和基因表达量...

菌群生信分析,有哪些值得关注的新工具?_腾讯新闻

多功能生物信息学工具MetaPop,由python和R编写,可通过bioconda轻松安装,可用于分析和可视化种群间(宏观多样性)和种群内(微观多样性)水平上的微生物和病毒群落宏基因组序列数据;该工具补充了现有的生物信息学流程,其可以要求用户修改代码、训练、查阅详细教程,并在运行流程中各步骤提供输入开展分析;MetaPop有完整的文...