iMeta | 北大深圳医院桂耀庭组揭示弱精子症患者精浆微生态的动态...

此外,本研究还采用LEfSe(图2A)和STAMP分析(图S2A)进行物种差异分析,并对上述六种菌属的丰度进行了展示(图2B),结果表明这6种菌属在中重度AZS患者中显著上调或下调,为它们与中重度AZS发生的相关性提供了额外的证据。随后,为了研究组间存在显著差异的物种,我们在物种水平上进行了假设检验,对来自不同层级的物种丰...

跟着iMeta学做图|ComplexHeatmap包绘制热图展示不同样本物种相对...

本教程相关代码已经上传至httpsgithub/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221125HeatmapOfAbundance如果你使用本代码,请引用:代码编写及注释:农心生信工作室写在前面热图(Heatmap)可以在微生物组研究中展示不同处理中物种的相对丰度。本期我们挑选2022年11月16日刊登在iMeta上的Targetingkeystonespecies...

科研丨北大&清华: 养分供应控制海洋细菌群落中物种丰度与生态相互...

节点颜色表示OTUs的丰度类别,节点大小与其在网络中的度成正比。b箱线图表示属于不同丰度类别的OTUs的节点度。箱线图的样本量(即单个OTUs数量)如下:对照中,丰富n=60,中间n=75,稀有n=901;低供应中,丰富n=77,中间n=94,稀有n=1130;高供应中,丰富n=75,中间n=87,稀有n=1166。讨论对全球海洋细菌群落的分析...

一作解读丨内大: 堆肥过程中低丰度微生物类群驱动微生物共现性...

(a)节点的连接表示强相关性(Spearmanr>0.6,FDR调整p<0.01)(蓝色表示积极影响;红色表示消极影响)、(b)根据关键节点的拓扑属性显示其分布、(c)在高温和降温阶段,木质纤维素含量与微生物共现性网络中关键节点的Pearson相关性和(d)不同阶段细菌和真菌OTU丰度的关键节点百分比和热图。5影响木质纤维素降解的因素结构...

图形解读系列|给你5个示例,你能看懂常用热图使用吗?

此处反应的是的相对丰度变化。通常采用而不是绝对表达量进行热图展示是为了更好的反应变化趋势,也是为了规避数据表中数值区间变化较大时导致的热图中颜色分配不均匀和颜色区分度变弱的影响。在R语言-热图美化中讲述过其如何获得和用途是什么。Metaphlan2获得的宏基因组物种丰度图谱...

科研| 浙江农林:两种共享宿主生态位的粒肩天牛属物种具有不同的...

图3差异丰度KEGG通路的热图和层次聚类(www.e993.com)2024年11月25日。a基于PICRUSt2分析的热图;基于整合的微生物基因组数据预测功能(IMG)。b基于Tax4Fun分析的热图;研究人员利用全基因组构建了一个“物种SILVA注释基因”网络。图4Tax4fun确定了两种动物肠道微生物组的功能差异,并使用Welch’st-test进行检验。a不同的功能沿着纵坐标显示,而平...

《食品科学》:上海理工大学周国燕副教授等:高通量测序分析黄酒糟...

2.2基于属水平的发酵黄酒糟菌群结构与热图分析根据得到的每个ASV在属分类水平的物种分类信息,分析样本ASV在属分类水平上的群落结果。在属水平下,发酵黄酒糟样品共鉴定出944个细菌物种,315个真菌物种。3组发酵黄酒糟样品中细菌及真菌微生物群落组成相似,但相对丰度存在差异。由图3A可知,黄酒糟发酵过程中排前10的...

《食品科学》:湖南农业大学陈力力教授等:健康产蛋母鸭蛋内容物非...

统计各组样本种水平上的物种丰度均值,通过热图可视化方法直观研究群落组成,图3c显示,种水平总丰度前50的物种和科水平物种层级聚类,左侧不同颜色图例代表不同的科水平物种。4组样品中共检测到2408个细菌种,分属于毛螺菌科62个种,瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)41个种,噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)32个种,...

转化医学微生物多样性发现芪白平肺胶囊治疗慢性阻塞性肺病机制

COPD组中丰度较低的菌属Prevotella_7、Lautropia、摩根菌等与Th17相关细胞因子和Th17/Treg呈负相关,而与Treg相关细胞因子呈正相关。这些数据表明,COPD大鼠的免疫原性状态与肺功能和肺微生物群之间存在相关性(Fig.9)。Fig.9|肠肺优势属相关性及关键属与相关参数的相关性热图...

中科院1区if8+南京理工大学:天麻多糖调节肠道菌和代谢紊乱而缓解...

此外,我们还计算了α多样性指数,包括观测物种(OS)、Shannon、Simpson、Chao1和ACE指数,以评估物种丰度和多样性(表1)。16SrRNA基因测序分别在正常组、模型组和GBP组中鉴定了723、689和694个OS。尽管模型组和GBP组中观察物种没有表现出比正常组显著更低的水平,Shannon指数显示,模型组的肠道微生物群多样性显著低于...