中国科大首次解析人类溶酶体维生素B12外排蛋白ABCD4的电镜结构

近日,中国科学技术大学微尺度物质科学国家研究中心和生命科学与医学部陈宇星教授和周丛照教授课题组与孙林峰教授课题组合作,利用冷冻电镜技术首次解析了人类溶酶体维生素B12外排蛋白ABCD4的近原子分辨率三维结构,为深入理解该类膜蛋白转运的分子机制以及其突变引发疾病的致病机理提供了基础。该研究成果以“Cryo-EMstructure...

前沿进展:通过层次结构信息和分子动力学模拟发现高活性肽

我们基于“算法信息论”中的“梯径(Ladderpath)”方法提出的PepHiRe方法,是一种通过层级结构解析,帮助研究者在复杂多肽序列空间中找到最优多肽药物的创新工具。目前多肽药物设计的方法在多肽药物设计中,有几种常见的计算方法,分子对接用于预测肽与靶蛋白的相互作用,类似于为钥匙寻找合适的锁,从而筛选出可能有效的肽...

“阿尔法折叠2”预测蛋白结构近原子水平

比赛中,“阿尔法折叠2”预测的大部分结构达到了空前的准确度,不仅与实验方法不相上下,还远超解析新蛋白质结构的其他方法。将实验方法得到的蛋白质结构叠加在“阿尔法折叠2”的结构上,组成蛋白质主链骨架的叠加原子之间的距离中位数(95%的覆盖率)为0.96埃(0.096纳米)。成绩排第二的方法只能达到2.8埃的准确度。“...

谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...

2、结构生物学预测:通过对结构生物学数据进行深度学习,可以预测蛋白质结构、功能和互动。3、生物信息学数据集预处理:通过对生物信息学数据集进行深度学习,可以提高数据质量、减少噪声和缺失值,从而提高预测模型的准确性。八大最火课程01、深度学习蛋白质设计02、CADD计算机辅助药物设计03、AIDD人工智能药物发现与...

线粒体原位膜蛋白的高分辨结构解析实现

3日，记者从南京中医药大学获悉，该校医学院朱家鹏教授和耶鲁大学张凯教授联合研究团队突破了蛋白质纯化的传统概念，直接以线粒体成像，首次实现了线粒体原位膜蛋白的高分辨结构解析，得到呼吸链超级复合体的最真实最清晰的三维结构，为氧化磷酸化这一最基本的生命过程的研究提供了坚实的理论基础。相关科研成果发表于国际...

普洱茶的菌丝蛋白:种类、颜色及形态解析

游离蛋白质作为茶叶的常见一种营养成分,具有多种功能(www.e993.com)2024年11月8日。首先,它能增加茶叶的口感和滋味,让茶更加醇厚和柔和。其次,游离蛋白质还具有调节肠道功能、增强免疫力、促进代谢等作用,对人体健有着积极的影响。普洱茶中的由于游离蛋白质含量一般在0.2%到1.0%之间,具体含量还会受到存放时间和茶叶加工方式的黄曲霉影响。一般来...

探索蛋白交联实验的方法与技术解析

1.2解析复杂蛋白结构:蛋白交联实验对于解析复杂蛋白结构具有重要意义。复杂的蛋白质结构往往包含多个结构域和亚单位,通过交联实验可以揭示这些结构之间的关系和构象。2.常用的蛋白交联实验方法2.1化学交联:化学交联利用交联剂将蛋白质中的特定氨基酸残基连接起来。常用的交联剂包括二氧化钛(DTSSP)、二硫化二异氰酸酯(DSS...

Nat Biotechnol | RNA结构解析新纪元:一种全新的自动化、高效率的...

最近开发了几种方法来从冷冻电镜图中模拟RNA结构,包括Brickworx,phenix.map_to_mode、Deeptracer和CryoREAD。然而,它们都是为构建初始RNA片段而不是全长结构而开发的。DRRAFTER是第一种通过人工放置从冷冻电镜图谱中构建蛋白质-RNA复合物全原子结构的方法。它的扩展版本auto-DRRAFTER,设计用于自动构建全长RNA-only...

CO-IP和Pull Down比较解析蛋白结构

CO-IP和PullDown是两种常用的方法,用于解析蛋白质的结构。CO-IP可以保留蛋白质的天然结构和相互作用,适用于鉴定蛋白质的结构;而PullDown操作相对简单,适用于高通量实验。在选择方法时,需要根据实验目的和需求综合考虑各自的优缺点。未来,随着技术的不断发展,相信会有更多更高效的方法用于蛋白结构鉴定,为生物药物研究...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下longreads会替代shortreadsRNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到...