中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...
具有开放活性位点构象的Lon蛋白酶域采用六重对称结构,而具有非活性蛋白水解位点构象的LonA则采用开放螺旋六聚体结构。ADP结合的LonA六聚体的晶体结构揭示了ADP如何通过诱导形成封闭的降解室来抑制LonA活性。通过假设来自两对三个非相邻单体的无核苷酸和ADP结合状态之间的结构转换,建立了基于ADP结合结构底物易位模型。然而最...
AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评
不少结构的预测精确度跟实验晶体结构相当,可以替代晶体结构;一些含有多个结构域的复杂超长的单链结构也达到了可以跟实验结构比较的程度;帮助解析了竞赛中涉及到的、实验多年没拿到的X射线晶体和cryo-EM冷冻电镜结构,比如T1058的膜蛋白是用了Alphafold2的预测模型之后,才跟原有晶体学数据综合成功解析了结构。AlphaFol...
2024诺贝尔化学奖解读:他们破译了蛋白质令人惊叹的结构之谜
没有蛋白质,生命就不可能存在。根据瑞典皇家科学院发布的新闻公报:“大卫·贝克成功地完成了几乎不可能完成的任务,即构建了全新的蛋白质类型。戴米斯·哈萨比斯和约翰·江珀开发了一种人工智能模型,解决了一个50年未解的问题:预测蛋白质的复杂结构。”图片来自诺贝尔化学奖官网大卫·贝克在哈佛大学学习的是哲学和社会...
2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
1961年,美国生物化学家安芬森(C.B.Anfinsen)借助核糖核酸酶变性-复性实验得出结论:蛋白质初级结构决定高级结构(安芬森定律)。安芬森定律清晰地说明蛋白质空间结构并非随机形成,而是根植于氨基酸的线性顺序,该定律成为蛋白质结构预测的理论基础。安芬森在1972年诺贝尔奖获奖感言中提出一个愿景:将来有一天仅从氨基酸序列就能...
科普|人工智能助力破解蛋白质神奇结构密码——2024年诺贝尔化学奖...
但直到20世纪50年代,随着研究工具精度的提高,研究人员才开始借助仪器解析蛋白质三维结构。到20世纪70年代,研究人员已经认识到,决定蛋白质如何折叠的相关信息蕴含在组成蛋白质的氨基酸序列中。从那时起,研究人员一直怀有一个梦想,即试图根据已知的氨基酸序列预测蛋白质三维结构,但这非常困难,甚至一度被认为是不可能实现...
他们用AI破译蛋白质结构“密码”
他们首先绘制了一种全新结构的目标蛋白质,然后从已知结构的蛋白质数据库中寻找与目标结构相似的短蛋白质片段;随后,Rosetta利用蛋白质能量图的基本知识,优化这些片段,给出了最终的氨基酸序列(www.e993.com)2024年10月17日。此后,贝克研究小组不断发挥创意,创造出一系列富有想象力的蛋白质。这些蛋白质正在药物、疫苗、纳米材料和微型传感器等多个...
蛋白质分子结构技术解析
X射线晶体学是一种能够解析蛋白质详细原子结构的技术。这项技术依赖于蛋白质样品形成高质量的晶体。1.晶体生长需要将蛋白质在特定条件下沉淀形成晶体。这是一个技术挑战大的过程,因为并非所有蛋白质都能容易地形成晶体。2.数据收集晶体在X射线束下会散射X射线,形成衍射图案。这些衍射数据被用来计算电子密度图。
解读|为什么AI工程师预测蛋白质结构能获诺贝尔化学奖?
除了根据氨基酸序列预测蛋白质的结构——从线性的序列就能预测其折叠后的三维空间结构,人们在AI模型的帮助下,洞悉蛋白质结构的上述密码后,产生了更大想象力——创造具有新功能的蛋白质。这可能导致新的纳米材料、靶向药物、更快的疫苗开发、最小的传感器和更环保的化学工业。它也让我们更好地了解生命是如何运作的,包...
离子淌度质谱全新功能:实现非变性膜蛋白复合物的Top-Down分析
图1.(a)CyclicIMS质谱仪前面部分结构示意图。ED装置安装在质谱仪的SW离子导向器中。(b)ED装置结构细节图。PfMATE和OmpF这两种膜蛋白在ED的作用下,其表面活性剂都被有效去除,如图2。随着振幅(单位Vpp:Vpeak-to-peak)的增大,显著降低了去垢剂的干扰,增强了蛋白质的信号,表明更多的膜蛋白离子从去垢剂胶...
南大教授解读2024诺奖|蛋白质设计不负众望成功获得化学奖
事实上,蛋白质结构研究一直是诺贝尔化学奖青睐的对象,至今已颁发十余次奖项,既包括重要蛋白(或复合物)的解析,也包括新技术或新方法的突破,因此该领域长期来看是生命科学前沿和焦点。02求解蛋白质折叠之谜借助计算机模拟“上帝之手”诺奖得主戴维·贝克是一位美国生物化学家和计算生物学家,目前是美国华盛顿大学...