iMeta | 高颜值高被引绘图网站ImageGP 2.0在线发表

用户可以使用属性矩阵赋予树更多属性信息,比如设置分支和节点颜色、粘贴注释矩阵增加定性和定量信息以增强数据可视化。图3.代表性可视化和分析结果(A)通过参数组合生成的多种箱线图布局和样式。(B)WGCNA代表性结果和结果报告目录。(C)多序列比对结果的交互式可视化展示。(D)增加了多层注释的系统进化树展示。

DNA动了!合肥有这样一群发现新物种的人

果然，在进行基因测序时，发现这种壁虎与其他壁虎的CYTB基因差异达到了18%以上。“一般差异在6%就算新物种，18%的属于明显的差异了。”通过一系列的研究表明，该壁虎新种在进化树中是一个独立的支系。主成分分析和单因素方差分析，也从形态上证实了其应为一新物种。通过估算物种分化时间，他们还发现了一个有趣的现...

颠覆“出非洲说”的DNA进化树——古人类化石DNA来作证

出非洲说的DNA进化树是有前提条件的,首先它是依赖于"分子钟假说"和"中性理论"建立的,其次是根据当代人的DNA基因序列分布情况,依据一定的假设前提建立的DNA进化树。所以出非洲说的DNA进化树正确与否,首先它的假设条件"分子钟假说"和"中性理论"必须是正确的;其次把这个DNA进化树应用于古人类的DNA去检验,看看古人类...

IF 21.1|基因组所刘永鑫/南农袁军发布微生物组R语言分析的最佳实践

在这个流程中,我们使用amplicon包进行Alpha多样性稀疏曲线(图4A;图S9A)和PCoA分析(图4B;图S9B),使用ggplot2包可视化微生物群落组成,使用ggClusterNet构建Venn网络(Chen等,2021年)(图4C),使用ggtree和ggtrextre构建进化树(图4D),使用LEfSe生成cladograms(图4E)。我们使用stst4、ggplot2和cowplot包进行差异分析并...

常用生物学软件的安装与应用(五)—进化树的构建与美化

上面一排有两个树形的按钮,可用于改变进化树的形状,包括矩形、辐射形和圆圈形(下图从左到右),也可以调整序列名称是否对齐。3.2显示分支节点属性TreeExplorer窗口左侧一栏也有大量的选项,下图列举了部分功能。这些按钮能在进化树上显示出相应的信息,常用的有节点属性、分支长度和序列名称等信息。

猴痘病毒最新基因测序:温和西非株系,与三年前英国毒株相近

随后,研究者在OxfordNanopore的minION平台上使用非靶向宏基因组学方法获得猴痘病毒全基因组序列数据,重构了98.9%的基因组,平均测序深度为18.9倍(www.e993.com)2024年11月27日。图二:比利时团队公布的猴痘病毒基因进化树研究者称,通过对新测序基因组与此前公开基因组的蛋白质编码区的核心区域进行快速比对,他们发现,比利时猴痘病毒基因组(ITM_MPX_...

中国自主知识产权的基因编辑系统出炉,年仅35岁的本土科学家已经...

”这是一个阶段性的成果,将鼓舞我继续钻研下去“。杨辉表示。他希望,自己的研发成果能够为所有基因医疗领域的学者带来启发。Cas13蛋白家族的进化树在这篇文章中,杨辉团队首先对比了自己挖掘到的Cas13x.1和Cas13y.1与同家族其他蛋白之间的功能差异。敲减试验显示,Cas13x.1和Cas13y.1比此前其他研究者研究的Ca...

"基因编辑婴儿"试验:罔顾生命伦理,谈何历史突破

基因之间可以通过相互结合创造出全新组合,甚至还可以在新组合的基础上继续拓展;它们可以发生改变、产生突变并且穿梭于生物体之间。例如,在将青蛙基因引入人类细胞之前,首先要把它们插入病毒基因组中。而人类基因也能转移到细菌细胞里。如果能将这项技术运用到极致的话,那么基因将会具有无限的可塑性:你可以创造出新型突变...

因为新冠肺炎,美俄又杠上了!金一南:这是一场信息战……

二、要寻找它在进化树上面的位置,后面基因的进化是在前面的基础上。而追踪爷爷辈单倍型H13和H38患者的感染时间和活动轨迹,论文研究团队发现,两位患者的旅行记录显示,他们应该都是2019年12月底至2020年1月初在武汉活动期间被感染的。换句话说,论文研究团队认为两个爷爷辈单倍型H13和H38来自武汉。

枸杞木糖异构酶基因LbxylA的克隆、原核表达及多克隆抗体的制备

2、LbxylA所编码氨基酸序列及进化树分析进一步使用NCBIConservedDomains(httpsncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)对其结构域进行分析,发现该基因Asn17～Leu481位氨基酸序列与木糖异构酶结构域(PLN02923)有较高相似性,其E-value为0×100。该蛋白具有木糖异构酶显著特征,同时在序列中发现了可能的...