科学家开发出用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的矩方法框架
研究人员表示,单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的差异表达分析对于表征实验因素如何影响基因表达分布至关重要。然而,区分生物和技术来源的细胞间变异性以及评估细胞组之间定量比较的统计显著性仍然具有挑战性。研究人员推出了Memento,这是一个用于从scRNA-seq数据中进行均值表达、变异性和基因相关性的稳健且高效的差异分析工...
知了窝2024 上半年测序服务文献分析报告
数据来源:本报告使用的数据来源于公开文献数据库Google学术、PubMed等,结合AI技术深度挖掘,文献范围主要是被SCI期刊收录的英文文献,未包含中文期刊。分析方法:出版时间以在线发表时间为准;国家、省份、城市、单位的统计,是依据文献的通讯作者单位,其他作者信息未纳入统计范畴。品牌:根据知了窝品牌的数据统计范围和品牌...
《食品科学》:兰州理工大学任海伟教授等:基于高通量测序技术分析...
通过IlluminaNovaSeq平台对窖泥真菌群落进行测序分析,测序数据经过barcode拆分后获得1286316条平均长度为181～237bp的有效真菌序列。获得所有样品的全部原始序列后,对其进行质量控制、去噪、拼接,并且去嵌合体,形成OTU。按照97%的默认值对优化真菌序列进行分组,共获得8415个OTU,各窖泥样本的OTU数量分布介于255...
行研|分子诊断系列:Sanger测序基因分析仪更广阔市场蓄势待发
第一代基因测序法即Sanger法测序，1977年Sanger引入ddNTP（双脱氧核苷三磷酸），发明了著名的双脱氧链终止法，又称“Sanger法”，于1980年与另外两名科学家共享诺贝尔化学奖。双脱氧链终止法有效控制了化学降解法中化学毒素和同位素的危害。根据核苷酸在某一固定的点开始，随机在某一个特定碱基处终止，且在每个碱基后面...
江汉大学系统生物学研究院病原体MNP标记测序数据分析管理系统和...
项目包信息:本次招标共分2个项目包,第1包:项目包名称:系统生物学研究院病原体MNP标记测序数据分析管理系统;采购预算:55万元,最高限价:55万元,简要技术要求:详见招标文件第3章;第2包:项目包名称:系统生物学研究院试剂采购;采购预算:132万元,最高限价:132万元,简要技术要求:详见招标文件第3章;投标人必须以包为...
Nature Methods | 全面评估长读长RNA测序:揭示转录组分析新前沿
长读长RNA测序技术(long-readRNA-seqtechnologies,lrRNA-seq)的兴起引发了对其全面评估的需求(www.e993.com)2024年11月18日。为了评估长读长方法在转录组分析中的有效性,长读长RNA测序基因组注释评估项目(Long-readRNA-SeqGenomeAnnotationAssessmentProject,LRGASP)应运而生。该项目通过使用不同的测序协议和平台,生成了超过4.27亿条来...
...找到揭秘微生物“生命暗物质”新方法【附基因测序行业现状分析】
随着基因测序技术的普及和基因组分析方法的成熟,人们有望绕过繁琐的改造工序,为揭示天然产物合成的普适规律和开发改造工具提供思路。放线菌是生产抗生素的主要微生物之一,而链霉菌是放线菌门类中最典型的一类,它是已知的天然产物生物合成基因簇最丰富的微生物之一,被称为“细胞工厂”。
通过单细胞RNA测序对神经母细胞瘤进行整合分析,确定NECTIN2-TIGIT...
荷兰玛西玛公主儿科肿瘤中心JudithWienke等研究人员,通过单细胞RNA测序对神经母细胞瘤进行整合分析,确定NECTIN2-TIGIT轴为免疫疗法靶标。相关论文于2024年1月4日在线发表在《癌细胞》杂志上。由于新型和改良的免疫疗法可能会满足这一需求,研究人员通过对24个肿瘤(化疗前10个,化疗后14个,包括5对肿瘤)进行单细胞RNA测...
...MetaSVs:结合长、短reads用于宏基因组结构变异分析和可视化流程
方法我们的流程是从Illumina原始测序reads和ONTreads开始(在用Guppy进行based-calling期间,ONTreads已经进行了质控),然后是Illumina测序数据的质控,去除宿主reads,宏基因组组装,bins分箱,bins去复制,基因预测,物种注释,SVs检测以及可视化,最后是进行KEGG富集分析(图1)。
探索分子诊断前沿,点燃学术思想火花
空军军医大学邢金良教授就血浆游离线粒体DNA片段组学特征、肿瘤早期诊断进行了详细解析,并指出下步攻关计划——整合线粒体多组学分析最大化癌症早筛早诊性能。03《单细胞转录组测序技术及其医学研究应用》浙江大学医学院附属第一医院陈瑜教授通过概述和介绍单细胞转录组测序技术与平台及其在医学研究中的应用、挑战与...