研究发现蛋白质通过双重结构行使毒药和解药功能

研究发现蛋白质通过双重结构行使毒药和解药功能中国科学院生物物理研究所叶克穷研究组和北京生命科学研究所杜立林研究组合作,在裂殖酵母中发现一种新型杀手基因tdk1,并揭示其蛋白质产物控制细胞生存的分子和结构机制。两篇相关论文11月1日发表于美国《国家科学院院刊》(PNAS)。杀手减数分裂驱动因子(killermeioticdriv...

他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

诺奖得主哈萨比斯、朱默帕后来发表的关于AlphaFold的论文《基于深度学习的改进的蛋白质结构预测》《使用AlphaFold进行的精准蛋白质结构预测》,以及朱默帕的博士论文,都引用了许锦波的多篇论文。CASP创办者莫尔特教授说,在早期,CASP竞赛的大多数参赛算法只能称之为“随机”,大多数结构预测都是“看上去就令人痛苦的物体...

超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

该研究推出了AlphaFold3,这是一个强大的结构预测统一框架,涵盖了前所未有的广度和精确度,能够高准确性预测蛋白质与其他各种生物分子相互作用的结构。这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及...

人工智能助力破解蛋白质神奇结构密码——2024年诺贝尔化学奖成果...

数十年前,预测蛋白质三维结构,以及设计全新蛋白质为人类所用,被认为是一个不可能实现的梦想。“30年前,如果能用实验设备解析一种蛋白质结构就完全可以发表一篇博士论文,因为那是一件极为困难的事情,”诺贝尔化学委员会评委邹晓冬9日接受新华社记者采访时说,得益于今年诺贝尔化学奖获奖成果,人们现在可以设计蛋白质,...

因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

这篇论文在2017年1月份正式发表,在2018年上半年拿到了国际计算生物学的旗舰期刊PLoSComputationalBiology的创新突破奖。这是我们当时预测的一个有两百多个氨基酸的膜蛋白的结构,误差大概是2.29个埃,已经非常接近用实验技术解出来的结构的分辨率了。2016年暑假,我们参加了全球蛋白质结构预测比赛(CASP)。虽然这时候我...

诺贝尔化学奖揭晓!国际象棋AI大师破解了蛋白质的密码

2024年诺贝尔化学奖了授予华盛顿大学的戴维·贝克教授(DavidBaker)、谷歌DeepMind的德米斯·哈萨比斯(DemisHassabis)和约翰·江珀(JohnJumper),他们因“蛋白质结构预测”,破解了蛋白质结构的密码,从而获得诺奖(www.e993.com)2024年11月8日。诺贝尔化学奖委员会主席海纳·林克说:“蛋白质里这20种氨基酸所蕴含的潜力,无论怎样强调都不为过。”...

人工智能助力破解蛋白质神奇结构密码

数十年前,预测蛋白质三维结构,以及设计全新蛋白质为人类所用,被认为是一个不可能实现的梦想。“30年前,如果能用实验设备解析一种蛋白质结构就完全可以发表一篇博士论文,因为那是一件极为困难的事情,”诺贝尔化学委员会评委邹晓冬9日接受新华社记者采访时说,得益于今年诺贝尔化学奖获奖成果,人们现在可以设计蛋白质...

Nature子刊:魏文胜团队实现蛋白质组中丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸位点...

总体而言,该研究绘制了人类蛋白组中丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸位点的功能图谱,揭示了这些位点与磷酸化修饰、蛋白质结构维持及癌症相关突变的密切联系,为生物学机制研究和临床应用提供了重要指导(图4)。图4:研究总结示意图本研究由北京大学/北大-清华生命科学联合中心/昌平实验室魏文胜团队完成,博士后李依舟、已出站博士...

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

基于结构的方法如GraphBind利用图神经网络(GNN)来提取蛋白的序列和结构特征,并以此来识别蛋白质分子中哪些氨基酸残基与核酸的结合位置。然而基于结构的方法需要准确的蛋白质结构作为模型的输入,因此,目前基于蛋白质序列的DNA结合位点的预测仍然是一个具有挑战性的问题。

4000万蛋白结构训练,西湖大学开发基于结构词表的蛋白质通用大模型...

在预训练上,论文使用了目前最多的蛋白质结构(identity过滤后4000万),在64张A100上训练了3个月,最终开源了具备650M参数量的模型SaProt(同时包括了35M的版本)。实验结果表明SaProt各种蛋白质任务上都要好于之前的序列和结构模型。研究《SaProt:ProteinLanguageModelingwithStructure-awareVocabulary》的预印版本...