他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

有些蛋白质是结构性的,有些蛋白质是功能性的。结构性的蛋白质组成生物的身体——头发和指甲里的角蛋白,皮肤里的胶原蛋白,肌肉纤维里的肌球蛋白,血管里的弹性蛋白。功能性的蛋白质推动生物体内的机能与反应——帮助消化吸收的淀粉酶、脂肪酶,控制血糖的胰岛素,运输氧气的血红蛋白,存储铁的铁蛋白,传递信号的神经递质...

中国农业科学院植物蛋白结构与功能调控创新团队探明了不同来源...

核心提示:近日,中国农业科学院农产品加工研究所植物蛋白结构与功能调控创新团队通过比较不同来源蛋白的组成、结构、理化性质和发泡特性,揭示了蛋白气-水界面及泡沫功能特性与其理化、结构性质的关联机制。近日,中国农业科学院农产品加工研究所植物蛋白结构与功能调控创新团队通过比较不同来源蛋白的组成、结构、理化性质和发...

超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

该研究推出了AlphaFold3,这是一个强大的结构预测统一框架,涵盖了前所未有的广度和精确度,能够高准确性预测蛋白质与其他各种生物分子相互作用的结构。这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及...

诺贝尔化学奖揭晓!国际象棋AI大师破解了蛋白质的密码

此后,他的研究小组不断创造出一个又一个富有想象力的蛋白质,包括可用作药物、疫苗、纳米材料和微型传感器的蛋白质。第二个发现涉及蛋白质结构的预测。在蛋白质中,氨基酸以长链连接在一起,折叠起来形成三维结构,这对蛋白质的功能至关重要。自1970年代以来,研究人员一直试图根据氨基酸序列预测蛋白质结构,但这非常困难。

Nature亮点丨David Baker让蛋白质从头设计“飞入寻常百姓家”

值得庆幸的是,DavidBaker团队通过优化Foldit的蛋白设计程序,使得即使非专业领域的研究人员也可以精确地从头开始设计全新的蛋白质结构,让蛋白质从头设计得到更广泛的运用,该项目成果于2019年6月6日发表在Nature杂志上,论文题目为Denovoproteindesignbycitizenscientists。

...魏文胜团队实现蛋白质组中丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸位点的功能解析

总体而言,该研究绘制了人类蛋白组中丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸位点的功能图谱,揭示了这些位点与磷酸化修饰、蛋白质结构维持及癌症相关突变的密切联系,为生物学机制研究和临床应用提供了重要指导(www.e993.com)2024年11月8日。本研究由北京大学/昌平实验室魏文胜团队完成,博士后李依舟、已出站的博士后徐涛及已毕业的马华峥博士为共同第一作者。

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

因此二者的相互作用是维持生物体遗传信息传递的关键一步,现有一些计算方法主要分为从基于序列角度和结构角度来预测二者的结合位点,基于序列的模型如BindN使用了几种氨基酸属性作为序列特征,并通过支持向量机(SVM)对结合残基进行分类。基于结构的方法如GraphBind利用图神经网络(GNN)来提取蛋白的序列和结构特征,并以此来...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴

然而对于蛋白质结构预测的问题,想要精确地找出输入输出之间的规律也十分困难,因为理论上任意两个氨基酸之间都可能发生相互作用,其中的物理化学过程十分复杂。此外,“统计派”还有一个致命的难点在于,当过往数据中缺乏与当前输入类似的输入时,预测将会变得更加困难。

Nature子刊:魏文胜团队实现蛋白质组中丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸位点...

此外,研究团队还分析了突变在蛋白质结构中的分布,发现丝氨酸到脯氨酸的替换广泛影响不同类型的蛋白质结构域功能,尤其是WD重复结构域中的两个高度保守的丝氨酸,暗示这些位点在维持蛋白质结构方面具有关键作用。最后,研究发现,筛选出的促进细胞生长的突变与临床癌症患者的基因数据存在高度关联性(图3)。由于RPE1细胞系是...

...3重磅论文登上《自然》,系首个在生物分子结构预测方面超越基于...

AlphaFold3的生物分子结构准确率比现有最好的方法高50%论文称，基于AlphaFold2能力的提升，AlphaFold3如今能预测蛋白质与其他蛋白质、核酸、小分子、离子、修饰蛋白质残基的复合物，以及抗体-抗原相互作用，其预测准确性显著超过当前预测工具，包括AlphaFold-Multimer。DeepMind团队称，这意味着AlphaFold3将人类带到...