博德研究所利用AI设计调控元件,精准操纵特定细胞基因表达

顺式调控元件(CRE)在基因表达的时空模式中扮演着关键角色,决定了细胞和组织的身份和功能。例如,CRE有助于确保大脑所需的基因不会被皮肤细胞使用,或者早期发育所需的基因不会在成人体内被激活。CRE本身不是基因的一部分,通常位于它们所控制的基因附近。人类基因组中有数千种不同的CRE,每种都发挥着不同的作...

华大去噪算法登Cell子刊封面!助力获取高质量时空转录组数据

10月16日，记者获悉，北京华大生命科学研究院最新成果以封面文章形式发表于CellSystems。该成果介绍了时空转录组去噪算法SpotGF，阐释了这套算法如何识别并过滤噪声基因，有效降低时空组数据中的噪声，并避免新的假阳性信号。理想情况下，基因表达应在其原位被捕获。华大自主研发的时空组学技术（Stereo-seq）就是一种结...

【Cell】华大基因徐讯团队:时空组学在生物学和医学的应用

这包括:(1)定性—通过调控基因表达产生的细胞类型的多样性;(2)定量—每种细胞类型的计数、比例和密度;(3)空间—每种细胞类型的空间布局及其相互作用和细胞生态系统;(4)时间—细胞类型和状态变化的具体时间;(5)方向—每种细胞类型可能经历的潜在转化路径。2009年,单细胞测序技术的出现,及其在通量...

上海交大陆钰明课题组建立大幅增强基因表达的通用解决方案

该工作强调了对高效、短序列、具有特定活性的内源性STEs的进一步研究的必要性。未来通过探索STEs的时空特异性表达调控机制,将为植物遗传改良提供更为精确的工具。鉴于基因组编辑技术相较于传统转基因技术在监管政策上的优势,该研究为符合政策导向的作物改良提供了新的思路。图3.可设计、可遗传、多基因的原位激活姚...

西交团队研发TDEseq生物测序法,能揭示存在特定表达模式的基因

总的来说,TDEseq为相关领域的数据分析提供了有力工具。大量的数据仿真和实例数据分析也证明,本次方法具有较好的可靠性和有效性。日前,相关论文以《使用TDEseq从多样本多阶段单细胞转录组数据中高效准确地检测时间基因表达模式》(Powerfulandaccuratedetectionoftemporalgeneexpressionpatternsfrommulti-...

科学家绘制脊髓损伤的分子时空图谱并发现新治疗靶点

该研究利用空间转录组技术对SCI后分子和细胞水平的复杂变化进行了全面深入的梳理和分析,刻画了SCI后基因表达和分子变化的时空特征并绘制原位细胞互作网络图谱,由此发现了一类SCI后定向迁移的、高表达Igfbp2的星型胶质细胞亚群,并进一步揭示其分泌蛋白IGFBP2可以促进脊髓损伤后的功能恢复(www.e993.com)2024年11月26日。

上海交通大学俞章盛团队开发出快速、准确的空间可变基因鉴定方法

通过对SVG进行聚类,团队揭示了人类结直肠癌数据中,两个不同的肿瘤空间域。其特征是,具有独特的空间表达模式、时空位置和生物学功能,从而揭示了肿瘤的复杂性。httpsnature/articles/s41467-024-49846-1研究背景01空间转录组学,能够测量组织中的基因表达和位置信息。空间转录组学技术的发展,推动了...

华大团队在《细胞》专刊上发表综述 解析时空组学应用新机遇

时空组学技术与其他组学技术结合能够提供更为全面的生物学信息。多组学整合在理解基因表达空间分布的同时,还能揭示基因在细胞内的相互作用和调控。此外,在时间分辨率方面,目前的时空研究需连续采样,为细胞分化和发育的精确追踪提供可能。文章也表示,时空组学技术仍面临挑战,未来的技术发展应朝着更高的空间精度、多维度分...

Cell 50周年专刊 | 时空组学在生物学和医学领域的新机遇

从基因组学、细胞组学到时空组学测序技术的进步,尤其是高通量测序技术的出现,使大规模的多组学解析成为可能。这些方法可以分析组织水平上的遗传信息表达调控异质性,但无法完全揭示组织内不同细胞类型的异质性。简单来说,就是只能比较不同器官和组织的遗传信息,而无法深入到单个组织内的不同细胞进行分析。而细胞组学技...

追问|“透视”肝脏:中国科学家构建小鼠肝脏高精度时空图谱

在华大自研的名为Stereo-seq时空组学技术的帮助下,研究人员们在纳米级分辨率上将肝脏细胞的空间信息与细胞基因等分子信息相结合,对肝脏进行了深层透视和建模。在其中的一项研究中,研究者们对小鼠的正常肝脏和70%切除之后的肝脏展开研究,揭示了小鼠稳态肝脏中的细胞类型、基因表达和微环境信号的空间特征,以及部分肝切除后...