单细胞测序助力分析!中国医科大学发现胰腺癌预后生物标记物和治疗...
在临床病理分析中,MMP28的上调与更高的肿瘤分级和TP53的突变状态显著相关。GSEA分析表明MMP28的高表达参与了“干扰素α反应”和“P53_pathway”。免疫浸润分析显示MMP28表达与免疫细胞浸润无相关性。单细胞测序分析显示,MMP28与肿瘤微环境中恶性细胞和基质细胞浸润有较强的相关性。MMP28在多种胰腺癌细胞系中高表达。...
同样感染HPV,为什么有些人发展为宫颈癌,有些人却没事?
研究团队共发现了8个转录型宫颈癌组织,并对其进行了单细胞测序。测序结果说明,转录型整合位点能上调细胞分裂和DNA复制相关基因的表达水平,从而增加宫颈癌的侵袭性,并通过转录水平的调控来实现免疫逃逸。而沉默型整合位点能增强机体的免疫反应,因而携带此类整合位点的患者肿瘤发生概率较低。哈珀教授称,她要向研究...
Cancer Cell:李博等开发机器学习算法,首次在单细胞水平追踪癌细胞...
该数据集一共包括三套单细胞RNA-seq样本:共培养的receiver癌症细胞(case组),单独培养的non-receiver癌症细胞以及donorT细胞(control组)。图一:金标准数据产生流程在产生的单细胞数据集中,研究团队发现癌症细胞在接收到外源性的T细胞线粒体后,其本身的mtDNA变异图谱以及线粒体基因转录模式会发生显著改变,主要...
新抗原TCR-T细胞免疫治疗的当前进展与挑战|免疫治疗|TCR|特异性|...
现有的新抗原预测的经典完整工作流程可概括为以下几个步骤:①对PBMC或正常组织和肿瘤组织进行全外显子测序(WES),以鉴定肿瘤特异性突变肽;②通过外周血细胞中的RNA-seq或DNA-seq分析HLA分型;③预测突变肽与MHC分子之间的亲和力;④优先考虑候选肽的TCR识别。目前,已经为每一步建立了许多有价值的生物信息学工具,因此...
...盘点系列|介导|免疫|肿瘤细胞|脂质过氧化|靶向化疗药物_网易订阅
在机制上,p53R175H介导的BACH1功能的双向调控,依赖于它招募组蛋白去甲基酶LSD2靶向启动子和差异调节转录的能力。这些研究数据表明,BACH1作为p53R175H执行其特定gain-of-function(功能增益)的独特的伙伴,还表明了不同的p53突变体可通过不同的机制发挥功能增益作用。这也为针对携有不同类型p53突变的癌症...
吴家睿:21世纪生物医学的三个主要发展趋势|2022科学发展报告
在肿瘤的发生发展过程中,肿瘤细胞的内在异质性更是扮演了重要角色(www.e993.com)2024年9月8日。中国的研究人员在2015年通过基因测序等技术分析了一个直径大约为3.5cm的肝癌组织上基因突变情况,推断出这一肝癌组织拥有上亿个突变,且不同肝癌细胞拥有的突变类型和数量是不一样的。2021年,一支国际研究团队在《细胞》期刊上发表了当时最大规模...
中国医科大学发现胰腺癌预后生物标记物和治疗新靶点
在临床病理分析中,MMP28的上调与更高的肿瘤分级和TP53的突变状态显著相关。GSEA分析表明MMP28的高表达参与了“干扰素α反应”和“P53_pathway”。免疫浸润分析显示MMP28表达与免疫细胞浸润无相关性。单细胞测序分析显示,MMP28与肿瘤微环境中恶性细胞和基质细胞浸润有较强的相关性。MMP28在多种胰腺癌细胞系中高表达。
《自然·癌症》:华西医院团队破解癌症早期发展之谜,有望催生防癌...
近期,四川大学华西生物治疗国家重点实验室汪源团队利用基因编辑技术,构建了两种突变P53(mutp53)荧光融合蛋白报告基因鼠,可模拟mutp53蛋白在体内的功能和动态,不仅能在包括脑瘤、肉瘤、淋巴瘤等多种恶性肿瘤形成前,组织病理学无明显异常的情况下,特异性地识别、标记出那些mutp53蛋白高积累的癌前细胞,还能追踪肿瘤发生发展...
肠道肿瘤类器官还能怎么做?类器官+CRISPR,教你发文进阶套路!
图6.激活素A和Trp53GOF/LOH突变协同激活类器官中的通路。(A)使用对照AKTFPM/+(绿色方块)、激活素处理的AKTFPM/+(红色方块)、对照AKTFPM/LOH(紫色圆圈)和激活素处理的AKTFPM/LOH类器官(蓝色圆圈)的RNA测序数据进行主成分分析的结果。(B)与未处理对照AKTFPM/LOH细胞(左,洋红色...
3万字!肿瘤新抗原TCR-T细胞全流程:筛选、设计到临床—上
ELISPOT可以在体外用来分析哪些新抗原可以刺激T细胞分泌细胞因子,但它不能检测肿瘤特异性T细胞的TCR。YuceNeo独特的NEST(特定T细胞新抗原扩增)验证技术将多肽刺激的T细胞培养的TCR测序与生物信息平台相结合,以识别抗原特定的克隆扩增。YuceNeo的NEST平台比较了有和没有新抗原肽刺激的TCR数据库。如果能发现频率增加的TCR,...