Cell:基因组监测可作为开发精准噬菌体疗法的有效工具

因此,该团队通过对NCBI数据库中所有公开可用的鲍曼不动杆菌基因组进行检索并对2011-2022年间从不同国家地区收集的419个鲍曼不动杆菌临床分离株进行测序,共确定了31种流行的MLST-CPS(多位点序列分型和细胞表面荚膜多糖分型)类型,虽然存在地区差异,但地理上接近且相互联系的国家往往具有更相似的CRAB组成,且一个国家内...

合成生物技术将在2050年领跑全世界?

“酿酒酵母是第一个被全基因组测序的真核生物,化学合成酵母一方面可以帮助人类更深刻地理解一些基础生物学的问题,另一方面可以通过基因组重排系统(SCRaMbLE),实现快速进化,得到在医药、能源、环境、农业、工业等领域有重要应用潜力的菌株。”元英进解释说,“通过基因组合成研究检验人类当前对基因组的所有认识,将进一步加强...

...沈阳农业大学武俊瑞教授等:枯草芽孢杆菌SNBS-3全基因组测序...

沈阳农业大学食品学院的纪帅奇、乌日娜、武俊瑞*等对从豆酱中分离的1株具有优良抑菌特性的枯草芽孢杆菌SNBS-3进行全基因组测序,获得基因组信息的同时,结合直系同源集(COG)、基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、碳水化合物活性酶(CAZyme)、抗生素耐药性数据库(CARD)和致病毒力因子数据库(VFDB)等,详...

柳叶刀-微生物丨全基因组测序揭示我国肺炎支原体流行病学和耐药现状

随后对这些样本进行了肺炎支原体全基因组捕获测序分析,其中91份样本适合进行多位点序列分型(MLST)分析。MP基因型分析MLST分析显示,序列型(ST)3(n=63;69.23%)和ST14(n=21;23.07%)是最常见的MP菌株,其次是ST7(n=7;7.69%)。将核心基因组MLST和MLST分析相结合,成功对236份样本中的149份进行了分型,其中ST3(...

Nature子刊:戴俊彪团队构建全基因组SCRaMbLE重排酵母,加速菌株...

综上所述,该研究成功构建了一个包含83个分布在16条染色体上的loxPsym位点的工程酵母菌株,并以此为研究对象,通过对SCRaMbLE之后所得菌株进行高通量测序及染色体结构分析,证明了带有全基因组分布loxPsym位点的酵母菌株可以作为研究基因组重排的有力工具,并且能够驱动菌株快速进化,获得环境胁迫耐受性。该研究提供的方法也为...

...技术研究院戴俊彪团队构建全基因组SCRaMbLE重排酵母,加速菌株...

2024年1月26日,中国科学院深圳先进技术研究院戴俊彪团队在NatureCommunications在线发表题为“Large-scalegenomicrearrangementsboostSCRaMbLEinSaccharomycescerevisiae”的研究论文,通过CRISPR系统在酵母全基因组范围内引入数十个loxPsym位点,构建了可进行全染色体重排的酵母系统,为研究基因组结构变异对菌株环境适应性...

科研论文丨全基因组测序揭示益生菌制剂对抗霉菌毒素的机制

为探究芽孢杆菌对受到霉菌毒素污染食物喂养母牛犊的影响,研究人员研发了一种基于益生菌——芽孢杆菌和植物基质的合生元制剂,可以减少牛饲料采收后霉菌毒素的有害影响。然后对具有内酯酶活性的菌株进行基因组测序,解析发挥益生菌活性代谢物合成基因簇,筛选合生元制剂的最佳底物,并探究合生元制剂对牛生理参数的影响。

《自然·医学》新发现:菌株水平的肠菌特征,为跨癌症免疫治疗提供...

①本研究通过深入的宏基因组测序技术,发现了与癌症患者对免疫检查点阻断治疗(ICB)反应相关的肠道微生物特征,为未来的微生物组诊断或治疗提供了新的方向;②研究表明,与微生物物种相比,菌株水平的微生物丰度,能更好地提高机器学习预测ICB反应和12个月无进展生存期的准确性;③通过对进一步六项类似研究的宏基因组分...

华南农大刘健华教授课题组|利用纳米孔测序技术首次在蔬菜中发现...

随后,研究团队基于齐碳纳米孔测序平台长读长优势并结合二代测序对阳性样本进行全基因组测序分析,对携带blaNDM-5基因的菌株和质粒展开进一步的研究,发现了blaNDM-5基因出现在p0111和IncHI2/ST2型质粒中,并对blaNDM-5阳性IncHI2/ST3型质粒特征进行分析。

文献速读 | 2022年陕西省一起霍乱疫情调查及全基组溯源分析

全基因组测序分析结果显示,菌株为大流行菌克隆株序列型(ST)69型,与陕西省既往霍乱菌株无关联。在水体样本中检出霍乱弧菌hlyA和O139群基因核酸阳性,但ctxAB毒力基因阴性。结论本起疫情由霍乱弧菌O139群引起,可能与水产品污染有关。高温、干旱等因素可能是霍乱发生的原因之一。