IF 21.1|基因组所刘永鑫/南农袁军发布微生物组R语言分析的最佳实践

近日,中国农业科学院刘永鑫组联合南京农业大学袁军组在国际期刊Protein&Cell(IF=21.1)发表了题为”“ThebestpracticeformicrobiomeanalysisusingR”的综述论文,建立了微生物组分析的R语言代码库EasyMicrobiomeR,助力微生物组学发展。图文摘要本文详细介绍了基于R语言的324个常用R包进行微生物组数据...

R语言学习 - 热图美化 (数值标准化和调整坐标轴顺序)

data<-read.table(text=data_ori,header=T,row.names=1,sep=";",quote="")#去掉方差为0的行,也就是值全都一致的行data<-data[apply(data,1,var)!=0,]dataGrp_1Grp_2Grp_3Grp_4Grp_5a6.620.9100.1600.05.2b20.899.8700.03.719.2c100.0800.06.221...

数据代码分享|R语言回归分析:体脂数据、公交绿色出行与全球变暖2...

如何使用R准备数据进行回归分析(查看文末了解数据免费获取方式),定义一个线性方程并估计回归模型。案例1:体脂数据回归分析data=read.table("bodyfat.txt",header=F)给变量名赋值colnames(data)=c("Densitydeterminedfromunderwaterweighing","PercentbodyfatfromSiri's(1956)equation","Age","We...

R语言航班延误影响预测分析:lasso、决策树、朴素贝叶斯、QDA、LDA...

data=read.table("12_months_dataFinal.csv")head(data)colnames(data)在审查数据之后,有几个方面被认为对航班延误有影响。1.航空公司:航空公司,尾号和航班号。2.时间:季度、月和日。3.操作:承运人,尾号和航班号。4.地理:起源机场和目的地机场。选择一些变量做个图看一下变化趋势点击标题查阅往...

R语言广义加性混合模型(GAMM)分析长沙气象因子、空气污染、PM2.5...

airquality=read.csv("长沙气象站逐日气象+空气污染数据.csv")Region=read.csv("长沙市年各个站点的PM2.5每日浓度.csv",skip=1)Table2.SignificancetestsofPM2.5levelsfordifferentseason,region,daytimeanddayofweek.对不同季节、地区、白天和周日的PM2.5水平进行显著性检验。

视频| 论文最爱的变分自编码器( VAE),不了解一下?

从csv文件中有几种方式读入数据,我倾向于使用read.csv()加载数据框架,即歌词、发布年份、Billboard排名位置(www.e993.com)2024年11月10日。需要注意的是,默认情况下,R语言把所有的字符串转换成因子。这可能会导致下游问题,但是你可以通过设置stringAsFactor参数为FALSE来解决这个问题。

R语言用ARIMA模型滑动时间窗口识别网络流量时间序列异常值

data3=read.table("异常数据第二组.txt")#查看数据head(data1)head(data2)head(data3)绘制时间序列图plot.ts(data1)临时变化的离群值在识别异常值和建议一个合适的ARIMA模型方面做得很好。见下面应用auto.arima。点击标题查阅往期内容

R包神器 | 系统发育和进化分析 - ape (一)

APE(AnalysisofPhylogeneticsandEvolution)是1个用R语言编写的用于分子进化和系统发育分析的免费软件包,提供了读写数据和操作系统发育树的实用函数,以及几种用于系统发育和进化分析的高级方法(e.g.比较和群体遗传方法)。APE利用了许多用于统计和图形的R函数,并为开发、实现进一步的进化过程分析的统计方法,...

生信入门 | 初探WGCNA分析|表型|聚类|样本|拓扑_网易订阅

#导入数据library(WGCNA)options(stringsAsFactors=FALSE)#指允许R语言程序最大线程运行allowWGCNAThreads()#设置工作目录路径,R脚本语言和文件夹在同一个目录下setwd("...")samples=read.csv('xxx.txt',sep='t',row.names=1)expro=read.csv('xxx.txt',sep='t',row.names=1)dim(ex...