XD诺禾致获得发明专利授权:“基于系统进化树的泛基因组构建方法和...
该构建方法包括:对不同株系的菌株进行系统进化树构建,得到系统进化树;根据不同株系的菌株在系统进化树上的不同位置,按照从底层到顶层的方向两两聚类,逐层进行泛基因组构建,得到不同株系总的泛基因组。该方法从底层到顶层的泛基因组构建,不仅解决了现有方法中比对结果不准确的问题,而且使得每一个进化节点的泛基因...
FSHW | 口服凝结芽孢杆菌TQ-35可缓解OVA敏感BALB/c小鼠的过敏反应
OVA过敏小鼠口服凝结芽孢杆菌调节肠道菌群结构为了研究系统发育关系,通过将门水平上操作分类单元(OTU)序列的碱基差异与单个OTU序列的物种注释信息相结合,构建了一个物种进化树,如图6A所示。如图6B所示,在肠道菌群丰度最高的10个门级中,治疗组的杆菌和γ变形杆菌比例低于致敏组。但梭状芽胞杆菌和拟杆菌的百分比有所增加。
猫源败血波氏杆菌的分离鉴定及致病性研究|细菌|菌株|毒力|阴性|病...
图3.基于16SrRNA序列的进化树2.3生化鉴定试验结果分离菌株GZ2303株与标准株JQ051012的生化反应结果进行对照相符合,不分解糖类,葡萄糖、麦芽糖、蔗糖、乳糖、半乳糖、鼠李糖、阿拉伯糖、甘露糖、三糖铁、肌醇、山梨醇、甘露醇均为阴性;明胶、硫化氢、MP、VP、靛基质为阴性;能产生氧化酶、脲酶;能还原硝酸盐;...
Nature子刊:钟超/谭验/周佳海团队搭建新型“活材料”设计的“IT+...
研究团队以“共价交联型菌毛”作为示例,对自然界中合成此类蛋白质纤维的菌株进行筛选和分类后,挖掘出102株工业菌株中具有合成共价交联行菌毛的基因簇;通过对挖掘到的工业菌株进行进化树分析后,生成相对于参考菌株(研究共价交联型菌毛中的模式菌株,致病菌白喉杆菌)的亲缘关系距离打分文件;根据距离打分文件,BBSniffer生...
...江苏海洋大学刘姝副教授等:产黑芥子酶鞘氨醇杆菌属菌株RJ35的...
2、产黑芥子酶菌株RJ35的鉴定将菌株RJ35在LB固体培养基上划线,37℃培养1d后观察形态,菌落平滑、圆形、浅黄色,湿润(图2a)。菌株RJ35革兰氏阴性、杆状(图2b)。对菌株RJ35进行分子生物学鉴定,利用菌株RJ35的16SrDNA序列构建进化树,表明菌株RJ35与鞘氨醇杆菌亲缘关系最近,鉴定菌株RJ35为鞘氨醇杆菌(图3)。
鸡蛋壳表面典型菌株的分离鉴定及其对全蛋液致腐能力分析
将菌株A~E的基因序列与GenBank内已知菌株的相应序列进行比对,选取BLAST结果中得分较高菌的16SrDNA序列,使用MEGA5.2.1软件根据Neighbor-Joining进行系统进化树分析,结果如图5所示(www.e993.com)2024年10月19日。根据供试细菌16SrDNA序列构建的系统发育树可以看出,分离得到菌株A、B、C与芽孢杆菌属(Bacillus)遗传距离最近,均属于芽孢杆菌属,其中菌...
信得科技检测中心禽病检测信息8月汇总|疫苗|细菌|山东|广东|基因...
选择Hmtp210蛋白编码基因R1区核苷酸序列绘制系统进化树(图18)并进行核苷酸一致性比对,结果表明,2株C型菌株与对应的疫苗株的核苷酸序列一致性均在99.6%以上,2株A型菌株与对应的疫苗株的核苷酸序列一致性均在96.8%以上,疫苗接种均能实现较好的保护效果。
快报| 西藏高原人群耐多药结核病的进化与传播动态分析
进化树上相邻菌株共有的耐药突变被认为是由祖先菌株传播而来,即传播性耐药。由此估计,94.5%对氨基水杨酸耐药、89.3%对链霉素耐药与85.2%对异烟肼耐药的菌株都是由传播导致,而且传播簇分别包括9.9、7.9与6.6株后代菌株;而对利福平、乙胺丁醇与吡嗪酰胺的传播性耐药比例分别为72.1%、60.7%与60.0%,传播簇较小。耐多药结...
现代大肠杆菌中表达古代蛋白,逆向工程如何帮助我们理解生物进化
最独特的第八株大肠杆菌菌株(其它蛋白质发生了进化的菌株),已经帮助研究人员们更好的了解了EF-Tu蛋白在细胞中发挥的作用。通过对适应古代版本EF-Tu的蛋白质进行筛查,Kacar及合作者们已经能够确定EF-Tu的新结合伴侣。Fournier说道:“Betul的工作最令人着迷的一点就是突变筛选如何识别新的相互作用伴侣蛋白”。
派森诺细菌完成图标准分析轻松发文|藏红花|菌丝|拮抗|植物|形态|...
3.分析内容:细菌完成图测序、16S进化树构建、次级代谢产物基因簇分析、菌株形态和生理生化实验等。研究结果1.拮抗细菌的分离和筛选从藏红花根际土壤中分离得到85株细菌,经过多次筛选,菌株YY322的拮抗效果最好,对尖孢镰刀菌(F.oxysporum)、茄病镰刀菌(F.solani)、柠檬黄青霉(P.citreosulfuratum,)、橘青霉(P....