谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...
最近,DeepMind又放大招——推出了用于设计和生成全新蛋白质的人工智能模型——AlphaProteo,其能够为多种目标蛋白设计和生成全新的高亲和性蛋白结合体,有望加速人类对生物学过程的理解,并帮助发现新药、开发生物传感器等。深度学习是一种人工智能技术,它通过模拟人类大脑中的神经网络来解决复杂的问题。深度学习已经应用...
谷歌DeepMind 推出AlphaProteo,蛋白质设计“搭上”AI快车
在科学研究中,想要设计出可以与靶蛋白紧密结合的蛋白结合剂并不容易,传统方法非常费力,且创建结合剂后,还需要多轮实验优化结合亲和力。“AlphaProteo可直接用于设计新型高强度蛋白质粘合剂,加速了蛋白质靶标的发现和药物研发的进程。”周明子表示,AlphaFold目前已经积累了超1亿的蛋白质预测结构,AlphaProteo可以在此基础...
组学思路中药2区: 蛋白质组和代谢组学等揭示防己提取物成分改善类...
图1通过整合药物代谢组学、蛋白质组学和PTMics,对样本队列和实验设计进行概述,以阐明防己提取物对类风湿性关节炎发病机制的调节作用的机制。图2胶原蛋白处理诱导大鼠类风湿性关节炎(CIA),防己提取物(STE)缓解了与CIA相关的症状。(A)在用1)对照组(Con)、2)CIA大鼠、3)阳性对照组(Pos,双氯芬酸,3mg/kg...
上海交大洪亮团队开发扩散概率模型——CPDiffusion,设计生成高...
和现有的序列设计方法相比,该方法以极低的模型训练和数据成本学习蛋白质序列、结构和功能之间的隐含映射规则,生成多样化的蛋白质序列,并以极高的成功率通过湿实验验证,最终在两款超长的多结构域复杂功能蛋白(KmAgo和PfAgo)得到超过10倍的DNA剪切活性提升,显著高于现有任何已发现的常温野生型蛋白活性。此外,该方法和传统...
聚焦数字健康|谷歌DeepMind 推出AlphaProteo,蛋白质设计“搭上...
在科学研究中,想要设计出可以与靶蛋白紧密结合的蛋白结合剂并不容易,传统方法非常费力,且创建结合剂后,还需要多轮实验优化结合亲和力。“AlphaProteo可直接用于设计新型高强度蛋白质粘合剂,加速了蛋白质靶标的发现和药物研发的进程。”周明子表示,AlphaFold目前已经积累了超1亿的蛋白质预测结构,AlphaProteo可以在此基础...
预测蛋白质-DNA结合特异性,南加州大学开发几何深度学习新方法
DeepPBS可以提取可解释的界面残基蛋白质重原子重要性得分(www.e993.com)2024年9月19日。当在蛋白质残基水平上聚合时,这些得分通过诱变实验进行验证。应用于针对特定DNA序列的设计蛋白质,DeepPBS被证明可以预测实验测量的结合特异性。该研究以「Geometricdeeplearningofprotein–DNAbindingspecificity」为题,于2024年8月5日发布...
...研发新革命,AlphaFold3太强了!专家团队手把手教授AI蛋白质设计
Naturecommunications|使用基于结构的残基偏好进行蛋白质设计Naturebiotechnology|用于功能性蛋白质设计的机器学习Scientificreports|Deep-WET:一种基于深度学习的方法,使用具有加权特征的词嵌入技术预测DNA结合蛋白CellSystems|深度学习为蛋白设计开启了新时代...
这家融资7亿美元的AI制药公司发表Nature论文,推出生成式AI蛋白质...
而在这项研究中,进行进一步实验验证的310个蛋白质是直接从Chroma模型输出中提取的,而不是以这种方式过滤的。从这些蛋白质中,我们看到了很高的成功率,这非常令人兴奋,因为它表明,由Chroma参数化的这个大型蛋白质空间是真实的,并允许更有效的蛋白质设计。让数据为你工作...
DropBlot——一种化学固定单细胞蛋白质组分析的混合微流控平台
一.工作原理概述及步骤DropBlot是一种用于化学固定单细胞蛋白质组分析的混合微流控平台,通过微流体H-型连接点产生水包油(W/O)液滴,将单个固定细胞与含有表面活性剂的抗原提取缓冲液共封装在液滴中。DropBlot通过液滴技术实现了对单个固定细胞的抗原提取,然后通过开放流体芯片进行单细胞PAGE和免疫印迹,从而实现...
Nature Methods | 光遗传学新突破:控制单分子释放的创新方法
设计原理光敏蛋白的设计通常基于自然界中存在的光感受蛋白。通过基因工程技术,研究人员对这些天然蛋白进行改造,以适应特定的实验需求。例如,通过改变光敏蛋白的氨基酸序列,可以调整其对光的敏感波长,从而实现对光信号的精确控制。光敏蛋白的设计要考虑多个因素,包括光敏蛋白对光的敏感度、激活和关闭的速度、以及是否易于...