1区-玉林师范&南农: 竹节参多糖调节肝脏代谢和肠道菌预防非酒精性...
深红色、红色和灰色点分别表示两组之间的p值<0.01、<0.05和<0.05。(B)LEfSe图(LDA>4.0)。(C)关键属的相对丰度。C1:Turicibacter,C2:Duboseella,C3:葡萄球菌,C4:拟杆菌,C5:Blautia,C6:乳杆菌。5.PSPJ影响SCFA为了探讨PSPJ对肠道微生物群变化的影响,我们检测了微生物群代谢产物SCFAs。如图6A所示,HFD导致...
再生医学之光:肝胆类器官移植猴模型,肝功能显著改善!|血管|窦状|...
(A)在肠系膜下移植HBOs后,肝脏中差异表达基因中的MMPs相关基因的热图。BDLmodel-1、BDLmodel-2、BDLmodel-3分别代表胆管结扎纤维化模型猴1、2、3;Submesen-1、Submesen-2、Submesen-3分别代表异位肠系膜下移植猴1、2、3。(B)在肠系膜下移植组中,上调最显著的四种MMPs基因的表达值已用log101+TPM表示...
科研丨西北大学: 饮食或宏量营养素的摄入是否会驱动肠道微生物群...
模块-性状关系热图展示了模块特征值与性状之间的相关系数。绿色模块表示OTUs与三种宏量营养素(脂肪、碳水化合物和有效蛋白质)同时显著相关,蓝色模块表示与脂肪显著相关(p<0.05,图7A)。选择WGCNA中中介中心性值在前10%的OTU,在Cytoscape中构建网络图。结果显示,绿色模块所占比例最大,具有更丰富的网络关系(图7B)。因...
王孟昭教授团队发表文章:非小细胞肺癌新抗原表达的基因突变特征
P值<0.001)和候选新抗原表达量呈正相关;随后我们对非同义突变类型进行了注释分析,进一步发现候选新抗原表达量和错义突变(相关系数=0.603,P值<0.001)、移码插入/缺失(相关系数=0.755,P值<0.001)、无义突变(相关系数=0.501,P值=0.007)和剪接位点变异(相关系数=0.546,P值=0.003)呈正相关(见表2)。
珍藏 史上最全热图绘制工具及操作流程(一)
热图经常用于展示多个基因在不同样本的表达水平,然后通过聚类等方式查看实验组和对照组特有的方式。如上图所示,每一列代表一个样本,每一行代表一个基因,颜色代表表达量(这张图的图例看出,颜色越偏红色,数值越大,基因表达量越高)。热图还可用于展示其他物质的丰度,如某细菌的相对丰度、代谢组不同物质的含量。当...
TCGA数据库Cox比例风险回归模型单因素多因素生存分析ROC曲线热图
三、提取单因素P<0.001的基因表达量Cox单因素分析得到了单个基因的风险比和P值,可以筛选P值一个标准的基因,拿到这些基因,然后把这些基因的表达量筛选出来,还有样本的生存时间和生存状态,放在一个文件里面,用来做这些基因的多因素分析,当然了,筛选的基因不要多,控制在20个左右(www.e993.com)2024年9月9日。简单点说,就是筛选这20个左右基因如...
赠你一只金色的眼-富集分析和表达数据可视化
adjustedp值,adj_pval<0.05的通路被认为是显着富集的zscore:zscore不是指统计学的标准化方式,而是一个很容易计算的值,来估计生物过程(/分子功能/细胞成分)更可能降低(负值)或增加(正值)。计算方法就是上调基因的数量减去下调基因的数量再除以每个通路基因数目的平方根...
科研丨南农: 桔梗多糖通过靶向肠道菌群减轻高脂饮食引起的小鼠...
CON组与HFD组的比较显示,共有828个基因差异表达(log2FC≥|1|,p值<0.05),而HFPS和HFD组之间差异表达基因较少(n??=??717,图3B,C)。当映射到京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路数据库时,这些基因在一系列代谢信号通路中表现出富集,特别是与脂肪酸代谢和脂质代谢相关的通路(图3D)。值得注意的是,在HFPS...
iMeta|复旦大学附属华山医院证实肾上腺皮质癌中瘤内菌的存在并与...
这与另一种模型相对应,即肿瘤微生物丰度单独或结合肿瘤基因表达可以在一定程度上预测癌症预后和药物反应。图4.肿瘤内微生物特征提高预后预测能力(A)火山图:两个亚群间差异的309个微生物属。Y轴是log(FDR调整后的p值),X轴是平均效应量。每个微生物属的效应值为MaAsLin2使用的线性模型中的系数值。每个点...
iMeta|湘雅医院刘庆组-泛癌分析揭示铜死亡调节子的临床和分子特征
(D)热图显示每个癌症类型中铜死亡活性和免疫调节子的表达之间的相关性。每一列是一种癌症类型,每一行是一种免疫调节子。红色代表正相关,蓝色代表负相关。(E)箱式图表示免疫亚型(C1-C6)之间铜死亡活性的差异。每两种免疫亚型之间的p值均小于0.001铜死亡与药物敏感性以及免疫治疗结果的关系...