SOTA性能,华盛顿大学开发Transformer模型将质谱转化为肽序列
具体来说,数据是在1%FDR下搜索的,之后只保留每个独特前体的前100个PSM,相当于3000万个高质量PSM(与原始搜索相比,FDR均为0%)。而且添加了波束搜索解码程序来预测每个MS/MS光谱的最佳肽。图示:Casanovo使用Transformer架构执行从头肽测序。(来源:论文)Casanovo的出色表现源于两个方面:一方...
Mol Cell:孙露洋团队揭示蛋白酶体组分PSMD14驱动多发性骨髓瘤发生...
在这项最新成果中,研究团队首先从多发性骨髓瘤细胞的不同亚细胞组分中,质谱检测了PSMD14的蛋白互作组,发现PSMD14在细胞质中与已知的19S调节颗粒组分结合,同时还存在于染色质组分中,并与组蛋白H3K36甲基转移酶NSD2发生相互作用。稳定同位素标记的定量蛋白质组学结果和体内/体外酶活实验表明,PSMD14具有组蛋白H2AK11...
精度达90%的从头肽测序,一种深度学习驱动的串联质谱分析方法
Casanovov3.2.0是Casanovov2.0.0的大幅改进版本,是通过在由约3000万PSM组成的非常大的数据集上进行训练而获得的。在Casanovov3.2.0上训练的Spectralis-score的修订版得分仍然较低,但在九个物种中的六个物种上以90%的精确度显著提高了召回率。未来的工作有必要进一步研究两种方法的互补性...
药典蛋白质组学分析标准二次公示!增加QC评价标准
4.将“肽谱图匹配(peptidespectrummatching,PSM)”,“肽谱图匹配(peptide-spectrummatches,PSM)”,统一为“肽段谱图匹配(peptide-spectrummatches,PSMs)”。5.将“统计学分析(如p值)”修改为“统计学指标(如p值)”。2024年6月与第一次公示稿比较,修改处加橙色标记四、蛋白质组...
蔡珍 曲芬:基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱在检测细菌耐药性中...
PSM-mec是一种溶于有机溶剂的小肽,在葡萄球菌盒式染色体(Staphylococcalchromosomecassettemec,SCCmec)分型菌株的II,III,和VIII型中表达,它编码基因psm-mec的表达和金黄色葡萄球菌的甲氧西林耐药表型相关。有研究表明,利用这一峰值来鉴定MRSA的特异性、阳性预测值可达100%,但灵敏性为60.2%。因此,该峰值的...
前沿报道|余方友教授:MRSA、CRKP及结核分枝杆菌研究前沿
同时,与不同基因型相关的堪萨斯分枝杆菌分离株的成对平均遗传相似性(ANI)值超过85%,说明不同亚型之间的堪萨斯分枝杆菌分离株基因组也高度相似(www.e993.com)2024年10月19日。该研究中最早的堪萨斯分枝杆菌分离株是1983年分离自江苏,其中78.3%(47/60)的分离株是1999年以后分离出来的。所有的分离株都对利福平敏感。除1株分离株外,均对克拉霉素...