一谱识菌: MALDI-TOF MS 在病原微生物临床应用的专家共识
3.进行微生物分型:(1)聚类分析。通过制造商提供的科研分析软件,可以选择聚类算法对同种不同株的谱图进行种水平以下的分析和比较,通过距离的远近衡量同种菌株之间的同源性和异质性,可用于亚种和血清型的区分、识别高毒力和耐药菌株、院感溯源的研究等??[??97??,??98??]??。(2)机器学习,智能分型。基于...
...等:1株牦牛乳源产细菌素融合魏斯氏菌ZW21全基因组测序及序列分析
全基因组测序技术可通过对生物体进行测序得到其全基因组序列,进而分析物种间的相互作用和物种进化关系,从分子层面对生物体进行解读,从而挖掘功能基因,为筛选优良菌株奠定基础。甘肃农业大学食品科学与工程学院郑雪,梁琪*,宋雪梅等人采用Illumina测序平台对W.confusaZW21进行全基因组测序分析,并利用基因功能(GO)、京都...
华南农大刘健华教授课题组|利用纳米孔测序技术首次在蔬菜中发现...
随后,研究团队基于齐碳纳米孔测序平台长读长优势并结合二代测序对阳性样本进行全基因组测序分析,对携带blaNDM-5基因的菌株和质粒展开进一步的研究,发现了blaNDM-5基因出现在p0111和IncHI2/ST2型质粒中,并对blaNDM-5阳性IncHI2/ST3型质粒特征进行分析。成果亮点1.细菌分析与鉴定从8个(4.86%)蔬菜样本中共分离获...
“三新食品”与食药物质常见问题 解析发布
十二、关于菌株一致性的判定问题。目前国内外相关机构均未制订针对菌株一致性鉴定的标准方法和判定标准。菌株水平的鉴定需依据其表型、基因等鉴定结果以及菌株来源等资料进行综合判定。基因的鉴定方法有多种,如基于全基因组测序技术的平均核苷酸一致性、单核苷酸多态性、核心基因多位点序列分型等获得学术界广泛认可的技术...
MALDI-TOF MS鉴定病原微生物临床应用专家共识
四、展望MALDI-TOFMS在微生物学实验室相关的其他应用领域,特别是耐药和分型方面取得了一定的进展。1.MALDI-TOFMS应用于耐药菌的检测,主要包括:(1)检测抗菌药物的水解。将待测菌株与β内酰胺类抗菌药物共孵育,依据分子量的变化判断抗菌药物的水解情况来评估β内酰胺酶活性,从而判断细菌是否具有相应的耐药性...
疫苗前沿 | 1例Y群ST167型脑膜炎奈瑟菌输入病例的流行病学和病原...
6.系统发育树分析:不同地区77株Y群ST167克隆群以及本次分离的Zhuhai23菌株基因组系统发育树结果(图1)显示,本次分离的Zhuhai23菌株与上传的MLST分型为767的菌株亲缘关系较近,如分离自土耳其(id为60701)、瑞典(id为26241)等的菌株(www.e993.com)2024年10月19日。图1基于SNP构建不同地区ST167克隆群系统发育树...
优化抗生素使用的“十条黄金法则”
大多数市售的MDR细菌快速检测方法包括依赖于基于DNA测序的抗性基因检测的基因分型。基因型方法可与表型法联合使用,但由于存在一些局限性,目前临床使用的基因型方法应被视为对传统表型抗微生物药物敏感性检测的补充。基因分型可以有效预测AMR,但不能为药敏试验提供信息。此外,耐药决定因素的面板很小,因此可能无法检测...
专访谷海瀛教授:揭示幽门螺杆菌混合感染高流行率背后的科学奥秘
其中,基因测序方法更有优势。我们团队采用的多位点序列分型(MLST)技术,基于七个管家基因的序列比较,具有高重复性、高分辨率和标准化的优点。通过这种技术,我们可以确定从幽门螺杆菌混合感染单个患者中分离物的进化关系和地理分群,为深入研究提供有力支持。记者:幽门螺杆菌混合感染存在哪些主要问题?谷教授:二方面...
全基因组测序在病原菌耐药基因分型中的应用研究进展
全基因组测序在病原菌耐药基因分型中的应用在细菌全基因组水平上,利用生物信息学分析方法,研究者能在基因组水平识别细菌携带的耐药基因与毒力基因。细菌的耐药机制可分为两大类:固有耐药和获得性耐药。细菌对抗菌药物的耐药性通常是由耐药基因编码的,可通过多种机制介导,如基因的点突变、插入、丢失或通过基因水平...
快报| 全基因组测序对初治耐多药肺结核菌株耐药谱的预测:一项来自...
近日,《BMC传染病》(BMCInfectiousDiseases)杂志在线发表了同济大学附属上海市肺科医院结核科的一项使用全基因组测序(whole-genomesequencing,WGS)对由表型药物敏感性试验(DST)鉴定的初治耐多药结核分枝杆菌菌株进行耐药谱预测的研究[Predictionofdrugresistanceprofileofmultidrug-resistantMycobacteriumtuberculos...