Nature | 蛋白质稳定性的遗传结构

结果表明,蛋白质的遗传结构相对简洁,加性能量模型(additiveenergymodel)在预测性能上表现优异。此外,本研究通过量化突变之间的成对能量耦合,显著提高了模型的预测能力,且这些耦合与蛋白质的三维结构密切相关。总体而言,蛋白质的遗传结构简单且易于理解,在一定程度上可归结为加性能量与少量稀疏的成对结构耦合的共同作用...

超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

AlphaFold3提高了蛋白-蛋白相互作用结构的准确性,为设计新的治疗模式(如抗体或其他治疗性蛋白质)打开了可能性。通过观察目标蛋白在完整生物环境中(与其他蛋白质、DNA、RNA或配体的结合)的结构,可以更深入地了解新靶点,有助于开发更有效的临床药物。科学界可以免费使用DeepMind推出了AlphaFoldServer平台,全世界的科...

更有效地解析和设计蛋白质

可以说蛋白质预测和蛋白质设计的方向是相反的。蛋白质预测是从一个自然界中已知蛋白的氨基酸序列,来预测这个蛋白质折叠的三维结构;蛋白质设计则是先设计出一个三维结构,通常希望这个三维结构具有某种功能,然后再去找与它可能匹配的氨基酸序列,再通过实验把这种蛋白质结构合成出来。三联生活周刊:有没有某种蛋白质因为结...

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

因为结构决定了生物大分子的功能,所以解析高分辨率结构在过去几十年一直是理解生物大分子工作机理最有力的工具。但是一直以来,因为技术局限,对于绝大多数生物大分子的结构解析困难重重。所以,一批科学家另辟蹊径,试图在已有的知识基础上,绕开劳心劳力又劳财的实验步骤,从蛋白质的序列直接通过计算预测出它们精准的三维结构。

...颁给AI?万字专题详解:计算和人工智能颠覆我们对蛋白质的理解方式

同样,一长串氨基酸分子链本身没有任何功能,直到它自发折叠成固有形状,生物学家称之为蛋白质结构。蛋白质的结构决定了自身与其他生命分子结合或相互作用的方式,从而定义它在细胞中的作用。地球上已知的蛋白质种类上亿,未知的则更多。它们无所不能:血红蛋白和肌红蛋白在肌肉和身体中循环输送氧气。角蛋白为头发、指甲...

...Methods | 揭示糖基化奥秘:GlycoShape工具助力精准糖蛋白结构...

GlycoShape的核心功能之一是利用名为Re-Glyco的算法,将糖链与蛋白质结构相连接(www.e993.com)2024年11月8日。Re-Glyco能够直接兼容开放访问数据库中的结构数据,例如RCSBPDB和AlphaFold蛋白质结构数据库,或者用户自己上传的结构文件。通过这种方式,GlycoShape能够有效地预测N-糖基化的占位情况。在基于PDB中所有含有糖蛋白组学数据的4,259个N-糖基化...

2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密

戴维·贝克以及其他研究者之所以要设计新的蛋白质,是为了获得具有特定功能或性质的蛋白质,从而让这些蛋白质可用作药物、疫苗、纳米材料和微型传感器等。另外,设计蛋白质的过程本身也增进了人类对蛋白质如何从线性序列折叠成复杂三维结构的理解,同时展示了计算模型在生物化学研究中的强大潜力。

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

换言之,理想的情况下,如果我们可以测清氨基酸在组成蛋白质时折叠构成的三维结构,就可以了解清楚蛋白质发挥什么作用和如何发挥作用,那将对人们理解生命运行、探索生命奥秘发挥巨大的助益作用。更进一步,如果人类可以在此基础上对蛋白质进行设计、改造乃至创造自然界中尚不存在的蛋白质,引导它发挥特定的功能,那更将会产生...

Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...

这一平台不仅能帮助研究者深入理解变异如何影响蛋白质的结构与功能,还为设计治疗方法提供了关键的线索。例如,研究者可以通过该平台假设特定蛋白质的结构与功能关系,从而为自然或合成变异的分子表型提供见解。通过G2P平台,可以方便地检索并可视化基因-蛋白质的映射关系,并且能够将数据下载用于后续分析。这一工具为基因组...

乔治·丘奇等人最新综述:大语言模型如何助力药物开发?

LLM能够通过优化分子结构和蛋白质相互作用,帮助改进候选化合物的疗效和安全性。5、辅助功能(Assistance):LLM还可以提供信息检索和知识解释,帮助研究人员快速获取所需信息,提升药物开发的效率。4、大语言模型在临床试验中的作用这张图表左侧展示了临床试验的不同阶段,右侧展示了大语言模型(LLM)在这些阶段中的应用...