Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计
蛋白质的体内合成受基因调控,其主链结构多为线型结构。具有非线型复杂拓扑结构的蛋白在大自然中较为少见,大多与特定的功能优势相联系。我们致力于拓展蛋白质的拓扑结构,以探索拓扑结构的构效关系以及生物医药应用。利用可基因编码的多肽标签-蛋白质化学反应,通过合理的设计及与蛋白质折叠的结合,我们已经合成了多种具有复...
...等解读AI赋能的蛋白质结构与功能预测及设计丨Cell Press线上讲座
蛋白质的体内合成受基因调控,其主链结构多为线型结构。具有非线型复杂拓扑结构的蛋白在大自然中较为少见,大多与特定的功能优势相联系。我们致力于拓展蛋白质的拓扑结构,以探索拓扑结构的构效关系以及生物医药应用。利用可基因编码的多肽标签-蛋白质化学反应,通过合理的设计及与蛋白质折叠的结合,我们已经合成了多种具有复...
...郭增旺副教授等:乳脂肪球膜的结构特性及其体内代谢研究进展
在髓磷脂少突细胞糖蛋白中,这两个结构域在结构上类似于免疫球蛋白折叠,胞外结构域和大多数蛋白的羧基端都含有锌指结构域,独特的结构使其能正向调节自身免疫性脑脊髓炎,抑制多发性硬化症和自闭症。另外,MFGM中含量较多的蛋白还有人黄嘌呤氧化还原酶,主要在乳腺分泌细胞胞浆膜的内层富集,是含钼脱氢酶黄素蛋白家族一...
化繁为简!序列直达功能的蛋白质精准设计
从进化的视角来看,蛋白质的功能是由其结构决定的,而结构又是由氨基酸序列决定的。蛋白质序列蕴含了形成其结构和功能的完整信息。鉴于序列数据的丰富性和结构-功能关系的理解难度,我们是否可以探索一种创新的方法,直接从产业需求的功能出发,设计改造序列,实现从序列到功能的精准蛋白质设计?基于这种思考,上海天鹜科技有...
圆二色光谱分析指导蛋白质结构与功能关系的研究
蛋白质的结构与其功能密切相关。圆二色光谱分析可以提供有关蛋白质结构的信息,从而帮助理解蛋白质的功能。例如,蛋白质的二级结构可以影响其与其他分子的相互作用,进而影响信号传导、酶活性和配体结合等功能。通过圆二色光谱分析,我们可以研究蛋白质结构与功能之间的关系,为深入理解蛋白质的生物学功能提供重要线索。
上海交大洪亮团队开发扩散概率模型——CPDiffusion,设计生成高...
初始化的模型在两万条野生型蛋白质结构和序列上进行训练,用于学习蛋白质序列-结构-功能之间的映射关系(www.e993.com)2024年9月16日。同时,为了强化模型对于待生成蛋白质特征的理解,在训练集中还加入了几百条来自于同家族的其他蛋白质序列和结构,一起进行训练。在生成过程中,首先把原始的蛋白质序列和信息处理为具有分子生化和拓扑特性的氨基酸级别...
蛋白质的一级结构解析:揭示生物分子的基本构成
蛋白质的一级结构作为蛋白质的基本构成,对于解析生物分子的组成具有关键作用。通过氨基酸序列的确定,我们可以揭示蛋白质的结构和功能之间的关系,为深入理解生物学过程和开发生物药物奠定基础。通过多种实验技术和基因组学方法的应用,我们可以更好地研究和利用蛋白质的一级结构信息。在生物制药领域,对蛋白质一级结构的解析...
「AlphaFold 3」要来了?DeepMind推出新一代蛋白质结构预测工具,已...
第二大升级:预测相关配体的结构。所谓配体,是指其他不同分子与蛋白质结合,并导致蛋白质功能方式发生变化。配体在细胞信号传导中起着重要作用,细胞信号传导是细胞相互影响行为的关键生物过程。一种情况是,当配体附着或结合到蛋白质上时,组合结构称为“蛋白质-配体复合物”。研究人员历来使用一种称为“对接”的...
恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战
端到端网络模型主要关注输入序列和输出结构之间的关系。穆罕默德·阿尔拉提出的蛋白质结构预测的端到端深度学习结构的开创性尝试之一是循环几何网络(RGN)。RGN是一个端到端可微分模型,它通过微分原语优化输入到输出。神经能量建模和优化(NEMO)是由JohnIngraham等人与RGN同时提出的端到端可微模型。NEMO可以预测蛋白质的...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
这是因为AlphaFold2主要依赖于进化信息进行预测。它是通过端到端的深度学习、利用大数据和大模型,找到了多个同源序列与相应的“单一”结构之间的关系。也就是说,AlphaFold2强烈依赖于多序列比对(MSA)中的进化和协同进化信息。对于找不到太多同源序列的蛋白质(例如抗体,孤儿蛋白,病毒蛋白,复合物等),AlphaFold2...