Nat. Methods. 速递:考虑生物背景信息的单细胞蛋白质计算模型
将上述两图结合,可得到一个层次异质性网络,节点为蛋白质、细胞类型、组织类型,边为不同类型节点之间的关系(如蛋白互作关系,细胞配受体关系,组织层次等)。2)预训练(图1c-d):采用对比学习的思路,对图进行自监督预训练,采用层次消息传递的方式对节点进行消息聚合,有边的节点之间增加特征表示相似性,无边的节点...
丰富的蛋白质结构域,与蛋白质组大小JoelAMalek之间是什么关系
蛋白质中的保守结构域在蛋白质相互作用、DNA结合、酶活性等重要的细胞过程中起着关键作用。由于最近发布的关于人类基因组中基因数量的预测少于之前的许多人的预测,蛋白质结构域之间的相互作用可能被证明是蛋白质组复杂性的核心。蛋白质结构域在许多物种中通常是保守的,因此,它们提供了一个有趣的数据集,用于分析基因...
考研生物物理学专业简介
生物物理学的研究对象主要包括生物体的组织、细胞、分子等不同层次的结构,以及这些结构所涉及的生物化学反应、生物电活动、生物光学等物理现象。通过运用物理学的原理和技术手段,生物物理学研究人员可以揭示生物体内各种生物过程的物理机制,如蛋白质的折叠和功能、细胞的运动和分裂、神经信号的传递等。生物物理学的研究方...
圆二色光谱分析指导蛋白质结构与功能关系的研究
蛋白质的结构与其功能密切相关。圆二色光谱分析可以提供有关蛋白质结构的信息,从而帮助理解蛋白质的功能。例如,蛋白质的二级结构可以影响其与其他分子的相互作用,进而影响信号传导、酶活性和配体结合等功能。通过圆二色光谱分析,我们可以研究蛋白质结构与功能之间的关系,为深入理解蛋白质的生物学功能提供重要线索。圆二...
蛋白质分子机器的结构动态的多尺度多方法研究
种分子机器,蛋白质特定的三维空间结构决定了其特定的功能,对蛋白质结构的解析一直是前沿科学研究的重点方向.蛋白质的结构并不是静止不动的,而是处于不断的动态变化过程中.蛋白质的动态体现在两个层次,包括蛋白质的内部的结构动态变化,和蛋白质与蛋白质、蛋白质与核酸、蛋白质与小分子,以及蛋白质聚集体...
FSHW | 鲜食水稻成熟过程中蛋白质结构和功能特性的变化
成熟时期的发展,其蛋白质密度升高,肽链之间的氢键增强,进而增强分子间相互作用,更有利于每条肽链进行折叠和螺旋,从而使整个蛋白的有序结构增加,并且蛋白质分子的α-螺旋和β-折叠往往被包埋在多肽链的内部,当有序结构增多,无序结构减少会使蛋白质分子的二级结构更加有序致密且稳定性提高,这也符合水稻各时期的结构...
专访腾讯AI Lab姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组...
众所周知,生物体内的核心法则是中心法则,即DNA、RNA和蛋白质之间的关系。DNA携带遗传信息,通过转录成为RNA,形成转录组。而RNA进一步翻译成蛋白质,即蛋白质组。我们的研究工作正是基于这一原理。基因测序技术的发展历程显示,DNA测序是相对容易的部分,而RNA和蛋白质的测序难度逐渐增加,因为它们需要更复杂...
【前沿科普】头发里的秘密
髓质层:位于头发的中心,含有较高的脂肪含量、瓜氨酸和黑色素颗粒。与头发其他部分相比,髓质层的胱氨酸含量较低,且二硫键被多肽键所取代,增加了结构内部的凝聚力。显微镜下观察的头发结构展示了头发的复杂层次和各部分的独特功能,而这些宏观层面的特征,实际上是由微观的蛋白质组成和相互作用所决定的。正是这些蛋白...
Cancer Cell:顾伟/刘彦卿等2万字长文综述全面总结p53领域研究进展
此外,p53调节代谢、免疫活性及其与Sirtuins家族蛋白的相互作用也与衰老有关。p53活性、肿瘤抑制和衰老之间的关系已在不同的小鼠模型中进行了研究,但尚未达成共识,这可能源于p53功能的高度环境依赖性。对p53、癌症和衰老之间关系的深入了解可以通过研究小鼠以外的动物来获得。一个值得注意的例子是大象,它有20个p53基因...
万字综述(下):大语言模型将为神经科学带来哪些前所未有的机会?
在蛋白质到功能层面,研究者在250亿个蛋白质序列(UniParc数据库)的860亿个氨基酸上训练了7亿参数的34层transformer模型[32]。模型内部的嵌入表征仅从序列信息本身获得。训练好的模型被发现能够包含蛋白质的生化特性、体内形态结构元素、接触位点和生物活性相关知识。