蛋白质的万变神功

蛋白质是一种复杂的大分子化合物,如果拼装人体的积木块是蛋白质,那么拼装蛋白质的积木块就是氨基酸,氨基酸中必定包括碳、氢、氧、氮几种元素。氨基酸连接成链条状,即“肽链”,肽链被折叠成立体结构,再经过一些加工、修饰,就成为了蛋白质。拼装蛋白质的说明书我们对着说明书拼积木模型,拼装蛋白质也有说明书,这份...

Nat Method | 张数一团队提出蛋白质序列-功能空间压缩的概念

提出了对蛋白质序列-功能空间进行压缩的概念,开发了进化扫描系统,可以高效获取空间压缩后的锚点(Anchor),并开发了相应的EvoAI系统,实现了对蛋白质序列-功能空间的进化压缩和AI重构,压缩比可以达到1048,对于理解蛋白质序列-功能空间映射关系引入了新的视角。研究人员首先构建了进化搜索系统(EvolutionaryScanning,EvoSc...

因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

最右边的蛋白(朊蛋白)跟疯牛病有关系,这里显示了朊蛋白两种不同构型,左边的构型是正常的折叠状态,右边的是不正常的折叠状态。如果朊蛋白的折叠是右边这个形状的话,就会引起疯牛病。所以,蛋白质结构是个非常重要的问题。蛋白质由很多氨基酸通过化学键串在一起。这里我用一些小球去表示这些氨基酸,每种颜色的小球表示...

《细胞·代谢》:脂肪肝竟然是这样吃出来的!科学家首次证实,蛋白质...

他们首次证实,脂肪肝的主要营养风险因素,不是碳水化合物或脂肪,而是蛋白质!从机制上来讲,氨基酸促进肝脏脂肪酸合成的能力比葡萄糖更强,是脂肪生成最主要的碳源,效率是葡萄糖的两倍。更重要的是,他们还基于小鼠模型发现,减少蛋白质的摄入量可以减少肝脏脂质积累,减轻肝损伤,改善肝脏脂肪变性。这项研究揭示了氨基酸在...

...细胞-代谢》封面颠覆认知,氨基酸竟是脂肪肝脏合成的主要原料

▲美国成年人群中宏量营养素摄入与脂肪肝病风险之间的关系(图片来源:参考资料[1])这些结果提示,蛋白质及其代谢产物氨基酸在脂肪肝中有潜在的贡献。研究团队进而在动物水平上展开了实验,分离小鼠的原代肝脏细胞并通过代谢流分析,直接定量不同营养物质在肝细胞代谢中的贡献。

AI的诺贝尔时刻:2024年化学奖与蛋白质研究的突破

上述见解带来了另一个决定性的认识——如果化学家知道蛋白质的氨基酸序列,他们就应该能够预测蛋白质的三维结构(www.e993.com)2024年11月19日。这样的想法令人兴奋,因为它意味着可以跳过复杂的X射线晶体学,节省大量时间。他们还将能够为所有不适用X射线晶体学的蛋白质生成结构。为了推动这一领域的发展,研究人员于1994年启动了一项名为“蛋白质结构预...

诺贝尔化学奖给了预测蛋白质的哈萨比斯等,是AI for Science,物理...

距离图显示氨基酸之间的空间关系神经网络的示意图多个循环周期如何逐步完善最终结构第一种人类设计的蛋白质结构这个结构的独特性和历史意义在于:全新设计这是第一个完全从头设计(denovodesign)的蛋白质结构不是基于任何现有自然蛋白质的修改或模仿...

2024年诺贝尔化学奖官方解读:他们通过计算和AI揭示 “蛋白质奥秘”

上述见解导致了另一个决定性的认识——如果化学家们知道蛋白质的氨基酸序列,他们应该能够预测蛋白质的三维结构。这是一个令人兴奋的想法。如果他们成功了,他们就不再需要使用繁琐的X射线晶体学,并可以节省大量时间。他们还将能够为所有无法使用X射线晶体学获得的蛋白质生成结构。

2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项

MSA的基本逻辑是同一功能蛋白质由于进化缘故,氨基酸序列会出现较大差异(如人肌红蛋白和鸽子肌红蛋白只有25%的氨基酸序列相同),但基本结构高度相似,据此作为结构预测的基础。同时,通过查询蛋白质三维结构数据库构建输入序列各氨基酸空间相互关系的矩阵(成对表征)。

基因突变影响蛋白质稳定性有新解—新闻—科学网

随着氨基酸数目的增加,不同组合的数量呈指数级增长。对于一个由100个氨基酸组成的蛋白质,其可能的组合数量超过了整个宇宙中的原子数量。已知的大多数蛋白质,尤其是那些与人类疾病相关的蛋白质,氨基酸组合长度都要长很多。新研究发现,基因突变对蛋白质稳定性的影响比先前认为的更具可预测性。尽管不同的突变会相互作用...