...数据联合驱动的多物种生命基础大模型GeneCompass,解析基因调控...
包含了超过1.26亿个单细胞并覆盖3.6万个基因,融合了启动子序列、基因共表达关系、基因家族标注和基因调控关系等四种先验知识,基础大模型参数量达到1.3亿,实现了对基因表达调控规律的全景式学习理解,同时支持细胞状态变化预测及多种生命过程的精准分析,展示了人工智能赋能生命科学研究的巨大潜力。
中国科大揭示表观遗传学修饰调控个体寿命的新机制
抑制DAF-2可以激活DAF-16,促进DAF-16从细胞质进入细胞核,从而广泛调控抗应激、解毒和代谢相关的下游基因的表达水平。组蛋白甲基化修饰是一种表观遗传变化,它与衰老之间的关系错综复杂。在秀丽隐杆线虫中,不同的组蛋白3赖氨酸9(H3K9)甲基化形式在线虫的衰老过程中发挥着不同的作用。MET-2是H3K9me1/2甲基转移酶,...
...RNA聚合酶Pol V转录产物在调控基因表达和植物抗病虫中的全新功能
该研究最后探究了PVT调控基因表达的机制。发现PVT在转录水平调控ERF5和ERF6的表达。已知非编码RNA可通过招募组蛋白修饰酶或调节其活性,调节靶位点组蛋白修饰,从而调控基因转录。其中,H3K4me3是一种与基因转录激活相关的组蛋白修饰。该研究检测了polv突变体和pvt突变体中ERF5和ERF6位点的H3K4me3水平,发现PVT为ERF5和...
浅谈拟南芥rty基因,了解在草莓中的异源表达,及对耐旱性的影响
rty的基因表达可以阐明其对生长素浓度的直接或间接调控,并阐明该位点对植物生长发育的影响,包括不定根和侧根的形成,以及枝条的受控扩展。二、ABA在植物对干旱胁迫的反应rty编码的氨基转移酶也对脱落酸有反应,由于生长素和ABA生物合成和代谢途径之间的串扰,脱落酸的水平升高。ABA和IAA在根中作为生长、发育和嗜性...
Nature | 揭示转录因子位置依赖性:解密基因调控的空间密码
总之,该研究通过系统的实验设计和数据分析,揭示了转录因子结合位点的空间配置在基因表达调控中的关键作用,为理解复杂的基因调控网络提供了新的视角。未来的研究可以进一步探索其他TFs的定位偏好及其在不同生物学过程中的功能,从而推动基因组学和生物信息学的发展。
人才强校 | 植保学院杜娟教授团队在表观修饰调控果蝇衰老过程中的...
通过基因组水平的ChIP-seq分析,鉴定了基因组水平衰老过程中H3R17me2和H3K27me3修饰位点的变化,发现在基因组水平,H3R17me2和H3K27me3之间存在一定的正相关关系,表明H3R17me2和H3K27me3可能在衰老过程基因调控中起协同作用(www.e993.com)2024年10月19日。该研究揭示了在dilps位点,依赖于LKRSDH的组蛋白修饰如H3R17me2/H3K27me3的变化,对年龄...
QB | 吉林大学孙慧妍副教授团队提出基于因果结构发现推断基因调控...
基因调控网络(GeneRegulatoryNetwork,GRN)以网络形式展示了生物系统中基因之间的调控机制,为理解分子间相互作用和生物过程提供了重要线索,并与生物体发育、环境适应,疾病表型等密切相关。转录因子和目标基因之间的调控关系是一种天然的因果关系。面向转录组数据推断基因调控网络一直以来都是大家关心的科学问题,与基于广义...
2024国自然热点—组蛋白乳酸化修饰在肿瘤研究中的思路
染色质是由组蛋白八聚体和缠绕在上面的DNA构成的。在组蛋白的N-末端区域有一段富含赖氨酸和精氨酸的尾巴,上面的氨基酸可以被一些修饰酶添加各种修饰基团,比如甲基、乙酰基和磷酸基等,这个过程就叫组蛋白修饰。组蛋白修饰是表观遗传中最为重要和多样的调控方式,几乎作用于所有生物学过程,调控着基因表达。乳酸是...
中国科学院分子植物卓越中心张余/华中农大菲周叶绿体的基因转录...
通过对PEP-PAP蛋白亚基的进化分析,研究者发现叶绿体基因转录机器PEP-PAP的演化时间与植物登陆时间基本一致,陆生植物叶绿体基因转录机器通过招募这些额外的亚基,演化出独特的功能和调控机制,帮助其适应陆地环境和特殊的生命周期。在基础研究层面,本研究为进一步探索叶绿体基因转录机器的工作模式、理解叶绿体的基因表达调控方式...
研究人员发现性染色体对全身基因表达的影响
他们发现,数以千计的基因会随着X和/或Y染色体数量的变化而改变其表达水平。这些影响呈线性比例,也就是说,每增加一条X或Y染色体,基因表达就会发生相同程度的变化。每种细胞类型的哪些基因受影响以及受影响的程度各不相同,这表明体内每种类型的细胞可能对X和Y染色体基因的基因调控有独特的反应。