因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

最右边的蛋白(朊蛋白)跟疯牛病有关系,这里显示了朊蛋白两种不同构型,左边的构型是正常的折叠状态,右边的是不正常的折叠状态。如果朊蛋白的折叠是右边这个形状的话,就会引起疯牛病。所以,蛋白质结构是个非常重要的问题。蛋白质由很多氨基酸通过化学键串在一起。这里我用一些小球去表示这些氨基酸,每种颜色的小球表示...

从结构准确预测蛋白质功能,东北大学「CNN+GCN」统一框架

总体而言,TAWFN方法对蛋白质功能预测性能有增强作用。研究人员表示:「在未来的研究中,我们的目标是引入更多可学习的特征,利用多视图技术,并预测新的蛋白质结构。」

同时生成蛋白序列和结构,David Baker团队序列空间扩散新模型

蛋白质功能源于序列和结构特征的复杂相互作用;因此,设计新的蛋白质功能需要对序列和结构空间进行推理。许多蛋白质设计方法分步对结构和序列进行采样,通常先生成蛋白质主链,然后使用逆折叠方法生成序列。传统方法,如Rosetta灵活主链蛋白质设计,在结构和序列设计之间交替进行,而最近基于深度学习的方法通常先生成主链,然后...

圆二色光谱分析指导蛋白质结构与功能关系的研究

蛋白质的结构与其功能密切相关。圆二色光谱分析可以提供有关蛋白质结构的信息,从而帮助理解蛋白质的功能。例如,蛋白质的二级结构可以影响其与其他分子的相互作用,进而影响信号传导、酶活性和配体结合等功能。通过圆二色光谱分析,我们可以研究蛋白质结构与功能之间的关系,为深入理解蛋白质的生物学功能提供重要线索。圆二...

《自然》重磅!AlphaFold 3不止预测蛋白质结构,还可以…

与许多AI蛋白结构预测模型不同的是,AlphaFold3能够针对多种蛋白质、DNA、RNA和小分子配体之间的交互作用进行复合物结构预测,并可预测翻译后修饰(PTM)和离子对这些分子系统结构的影响。根据新闻稿,AlphaFold3具有原子级结构的精准度,能够加强针对难以靶向靶点的药物理性设计,有望为未来药物发现带来崭新的一页。AlphaFold3...

蛋白结构分析能否揭示蛋白质功能与相互作用的关键?

蛋白质是生物体内重要的功能分子,其结构与功能密切相关(www.e993.com)2024年11月3日。蛋白质结构分析是研究蛋白质的三维构象和空间结构的关键方法。本文将介绍蛋白质结构分析的意义和方法,并重点探讨其在揭示蛋白质功能和相互作用中的关键性。1.蛋白质结构分析的意义1.1功能解析:蛋白质的结构与其功能紧密相关。通过蛋白质结构分析,我们可以了解蛋白...

谷歌DeepMind再放大招!AlphaProteo直接设计全新结合蛋白,加速药物...

1、基因表达谱分析:通过对基因表达谱数据进行深度学习,可以预测基因功能、发现新的生物标志物和生物路径径。2、结构生物学预测:通过对结构生物学数据进行深度学习,可以预测蛋白质结构、功能和互动。3、生物信息学数据集预处理:通过对生物信息学数据集进行深度学习,可以提高数据质量、减少噪声和缺失值,从而提高预测模型...

David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质

可模拟所有生物分子,从头合成高级功能蛋白质,已免费开源蛋白质是生命活动的物质基础,也是细胞内部的主要功能分子。公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白质结构的深度神经网络,RFdiffusion则是该实验室推出用于从头构建全新蛋白质的生成式AI工具...

恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战

端到端蛋白质结构预测方法利用深度学习技术直接从氨基酸序列预测三维结构。端到端网络模型主要关注输入序列和输出结构之间的关系。穆罕默德·阿尔拉提出的蛋白质结构预测的端到端深度学习结构的开创性尝试之一是循环几何网络(RGN)。RGN是一个端到端可微分模型,它通过微分原语优化输入到输出。神经能量建模和优化(NEMO)是由...

不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。