中国科大在基于深度生成模型的功能蛋白质设计方面取得新进展

PocketGen可以基于蛋白质框架和结合小分子生成蛋白质口袋序列和结构(图1a)。PocketGen主要由两部分组成。第一部分为双层图Transformer编码器(图1b):该模型受蛋白质固有的层级结构启发,包括氨基酸层级编码器和原子层级编码器,学习不同细粒度的相互作用信息,并更新氨基酸/原子表示和坐标。第二部分为蛋白质预训练语言模型(...

图神经网络在欺诈检测与蛋白质功能预测中的应用概述

金融交易网络和蛋白质结构存在共同特征:它们在欧几里得(x,y)空间中难以建模,需要通过复杂、大规模且异构的图结构进行精确编码和表征。图是表示关系数据的自然结构范式,特别是在金融网络和蛋白质结构等领域。这类图能够捕捉实体间的复杂关系和交互模式,例如金融系统中的账户间交易或蛋白质中氨基酸的空间连接与相互作用。

清华大学张数一团队开发EvoAI系统,实现对蛋白质序列-功能空间的的...

侧重在优良蛋白质元件的计算机辅助从头理性设计、自动化平台赋能的高通量表征、连续定向进化系统辅助的快速精准优化等,实现蛋白质序列-结构-功能映射的建立;以及将这些设计和改造后的元件有机耦合基因线路和调控网络,从头搭建能自我复制的生命系统,从而实现对生命的重构理解和认知,并有效地应用于疾病诊断和治疗等领域。课题...

...食品中的应用——戊糖乳杆菌调控花生蛋白分子结构及凝胶特性规律

作为花生蛋白中最主要的组成部分,花生球蛋白和伴球蛋白的性质对花生蛋白的功能特性起着至关重要的作用。目前,花生蛋白组分改性研究主要集中在超声波及酶处理等复合手段,与传统方法相比,微生物发酵法更温和、廉价、安全、环保,特别是包括乳酸菌在内的功能型益生菌在发酵过程中可产生更多的酶系水解蛋白,可以赋予花生蛋白...

漆酶/咖啡酸催化的交联偶联半乳甘露聚糖改变卵清蛋白的构象结构

Lac介导的交联有可能改变致敏蛋白的功能和结构特性,这取决于交联形成的类型和程度。先前的研究表明,用Lac和CA处理过敏原蛋白会导致高分子量聚合蛋白的产生,从而导致天然蛋白带的密度降低。Lac/CA交联对IgG结合潜力的识别降低可能是由于结构完整性的改变,从而影响了过敏原的结合表位。目前的研究结果与许多关于交联膳食蛋白...

从结构准确预测蛋白质功能,东北大学「CNN+GCN」统一框架

准确识别蛋白质功能有助于更深入地了解疾病机制,并有望发现新的治疗靶点(www.e993.com)2024年11月28日。开发一种准确有效的蛋白质功能预测方法至关重要。当前预测蛋白质功能的方法主要集中在三个领域:蛋白质序列、蛋白质结构和蛋白质-蛋白质相互作用网络。当前针对蛋白质结构的方法很少,通常单独使用卷积神经网络(CNN)或图卷积网络(GCN)。单独...

中国农业科学院植物蛋白结构与功能调控创新团队探明了不同来源...

核心提示:近日,中国农业科学院农产品加工研究所植物蛋白结构与功能调控创新团队通过比较不同来源蛋白的组成、结构、理化性质和发泡特性,揭示了蛋白气-水界面及泡沫功能特性与其理化、结构性质的关联机制。近日,中国农业科学院农产品加工研究所植物蛋白结构与功能调控创新团队通过比较不同来源蛋白的组成、结构、理化性质和发...

讲座预告:植物蛋白的结构功能构效关系及应用开发

报告题目:植物蛋白的结构功能构效关系及应用开发报告人简介:陈凌云,加拿大阿尔伯塔大学教授(加拿大首席科学家)。近五年主持并完成了包括加拿大首席科学家基金和加拿大国家自然科学基金在内的20项科研项目,课题经费400万加元;陈凌云教授对生物质大分子再生资源新材料及蛋白质聚多糖的研究工作已在国内外天然高分子领域形成较...

Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...

可视化功能:用户可以通过平台上传自己的蛋白质残基注释(如变异和功能得分),并将这些数据与现有的数据库信息进行交互式映射。此外,所有注释的数据都可以在平台上进行可视化和下载,用于后续分析。API功能:G2P3DAPI允许通过基因、转录本、蛋白质序列和结构的标识符,实现从基因变异到蛋白质结构的无缝映射,从而帮助研究者...

质谱检测蛋白质:从结构到功能的科学探索新前沿

一、什么是质谱鉴定蛋白质结构和功能?1.蛋白质结构:蛋白质的结构是其功能的基础,质谱鉴定可以揭示蛋白质的分子量、氨基酸序列和修饰等结构信息。2.蛋白质功能:质谱鉴定不仅可以鉴定蛋白质的结构,还可以探索其功能,如蛋白质的互作关系、代谢途径和生物活性等。