Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计
蛋白质的体内合成受基因调控,其主链结构多为线型结构。具有非线型复杂拓扑结构的蛋白在大自然中较为少见,大多与特定的功能优势相联系。我们致力于拓展蛋白质的拓扑结构,以探索拓扑结构的构效关系以及生物医药应用。利用可基因编码的多肽标签-蛋白质化学反应,通过合理的设计及与蛋白质折叠的结合,我们已经合成了多种具有复...
化繁为简!序列直达功能的蛋白质精准设计
从进化的视角来看,蛋白质的功能是由其结构决定的,而结构又是由氨基酸序列决定的。蛋白质序列蕴含了形成其结构和功能的完整信息。鉴于序列数据的丰富性和结构-功能关系的理解难度,我们是否可以探索一种创新的方法,直接从产业需求的功能出发,设计改造序列,实现从序列到功能的精准蛋白质设计?基于这种思考,上海天鹜科技有...
追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?
打破蛋白质相互作用预测瓶颈,AlphaSeq数据集引领新突破GPT-4从第三人称视角模拟普通人类情感认知神经网络与大脑活动对齐:度量方法的选择显著影响研究结论GPT-4V在社交感知上媲美人类mosGraphGen:助力多组学数据的图形AI模型开发█大脑健康发现驱动阿尔茨海默病的细胞群体抑制IDO1酶可恢复阿尔茨海默病中的脑葡萄...
DeepMind新成果被批像广告?AlphaProteo可高效设计靶蛋白结合物...
一方面,蛋白质设计需要从功能出发,设计全新或改良的蛋白质结构,以实现特定的生物或化学功能,所以非常依赖于对蛋白质结构与功能关系的理解。另一方面,蛋白质预测则能够提供关键的结构信息,指导设计。同时,设计出的蛋白质也能够帮助改进预测模型,增强蛋白质折叠、动力学等方面的预测准确性。DeepMind在AlphaProteo的介绍...
圆二色光谱分析指导蛋白质结构与功能关系的研究
蛋白质的结构与其功能密切相关。圆二色光谱分析可以提供有关蛋白质结构的信息,从而帮助理解蛋白质的功能。例如,蛋白质的二级结构可以影响其与其他分子的相互作用,进而影响信号传导、酶活性和配体结合等功能。通过圆二色光谱分析,我们可以研究蛋白质结构与功能之间的关系,为深入理解蛋白质的生物学功能提供重要线索。
质谱测序法解析蛋白质结构与功能
通过测量蛋白质解离产物的质荷比,我们可以推断出蛋白质的氨基酸序列(www.e993.com)2024年9月7日。进一步,通过分析氨基酸序列中的特征,如亲疏水性、电荷等,可以预测蛋白质的二级结构。此外,质谱测序法还可以通过测量解离产物的碎片离子之间的相对位置关系,推断出蛋白质的三级结构。这些结构信息对于理解蛋白质的功能和相互作用至关重要。
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
其二,大多数深度突变扫描实验都是通过功能筛选进行的。例如抗生素抗性蛋白、荧光蛋白和具有特异结合性能的蛋白。鉴于数千种蛋白质功能,不可能针对不同的功能开发不同的筛选技术,更不用说并不是所有的蛋白质功能都适合高通量研究。因此,利用人工同源序列进行结构推断,将需要一种技术,它是基于结构稳定性来筛选结构上...
专家论坛|王伽伯/肖小河:中草药相关肝损伤的表型特征及毒理机制
既往研究报道发现这一类型肝损伤可能的潜在毒理机制主要有细胞色素P450酶表达异常、线粒体损伤、氧化应激损伤、炎症反应等。郑江课题组研究发现中药黄药子肝脏毒性的物质基础是呋喃萜类成分,进入体内被CYP3A代谢后的产物进一步与蛋白质和核酸形成共价结合产生毒性。中草药诱导线粒体损伤的机制主要表现在结构损伤和功能紊乱...
Nat. Commun. 速递:蛋白质热力学粗粒化势能的机器学习
蛋白质动力学的广义理解是一个尚未解决的科学问题,其解决方案对于解释控制基本生物过程的结构-功能关系至关重要。蛋白质是复杂的动力系统,不同构象状态处在动态平衡中,这种多状态行为对其生物功能至关重要。对蛋白质动力学的完整描述需要确定以下三个问题:1)其稳定和亚稳构象状态;2)这些状态的相对概率;3)它们之间的...
FSAP | 西南大学张宇昊教授:干磨和湿磨制备猪皮功能蛋白粉的评估...
西南大学食品科学学院陈海副教授(第一作者)、张宇昊教授(通信作者)等研究了两种猪皮功能蛋白粉(functionalproteinpowder,FPP)的绿色制备方法,即干燥研磨法(drying-grindingmethod,DGM)和湿润研磨法(wetting-grindingmethod,WGM),并系统地研究了蛋白质粉的化学组成、结构、性能、稳定性和功能性。猪皮是一种天然的“...