表型组学前沿论坛第68期:序列、结构、功能和表型:从结构预测谈起
生物高分子的序列与表型的关系,是通过它所折叠的结构及结构所承载的功能而体现出来。虽然有60多年的努力,在2018年前,蛋白质结构预测的进展甚少---这是从1994年起,每两年一次的国际蛋白质结构预测竞赛(CASP)所得到的结论。然而,在2018年CASP13中出现的AlphaFold第一次体现出预测精确度的质的飞跃;而2020年CASP...
...上海交大团队研发人工蛋白调节剂,可促进神经元蛋白质功能重编程
据了解,由于许多疾病的发生发展都与蛋白分子的异常磷酸化有着紧密关联,比如α-突触核蛋白(α-syn)异常磷酸化诱导的α-syn聚集是帕金森病、路易体痴呆、多发性系统萎缩等突触核蛋白病的主要病理特征,本次成果有望为神经元蛋白质翻译后修饰调控及功能的重编程提供新方法,为相关脑疾病治疗提供新策略。此外,如进一...
从头设计出自然界中不存在的蛋白质,他让人类离“上帝之手”越来越近
这款名为Foldit的游戏由于能帮助学生更好地了解蛋白质的三维性质以及蛋白质结构和功能间的关系,已被一些大学引入课堂。更令人吃惊的是,一些该游戏的高级玩家还曾通过这款游戏破解了一种逆转录病毒的蛋白结构,并将成果发表在了《自然》杂志子刊上。▲Foldit玩家确定M-PMV逆转录病毒蛋白酶结构的过程(图片来源:参考...
结构生物学:我们用一百年改变了什么?
蛋白质的折叠方式与空间构象对于蛋白质的功能有着决定性的作用。掌握了蛋白的三维结构,就掌握了开启和关闭蛋白功能的钥匙。在接下来的几十年里,一个又一个重要的蛋白质结构被解析出来,核糖体、肌动蛋白、ATP酶、氧化还原酶、RNA聚合酶……结构生物学的黄金时期一直持续到本世纪,以至于2006年诺贝尔化学奖获得者罗杰...
AlphaFold3来了!无需输入任何结构信息,生物分子预测精度高出50%
AlphaFold3将高分辨率带入了生物世界。它使科学家能够看到细胞系统的所有复杂性,包括结构、相互作用和修饰。这个关于生命分子的新窗口揭示了它们是如何连接的,并有助于了解这些连接如何影响生物功能,如药物的作用、激素的产生和DNA的修复过程。由于可以让人类研究蛋白质之外的广泛生物分子中,因此AlphaFold3可...
神舟十七号成功发射 空间蛋白质实验将展开
仓怀兴表示,空间微重力环境可消除减弱常重力场下溶液中存在的对流与沉降,为蛋白质结晶生长提供一个相对均一和稳定的环境,有利于生长高质量蛋白质晶体(www.e993.com)2024年7月25日。同时,通过X-射线衍射获得蛋白质分子的精细结构,更准确地揭示其生物学功能,如正常生理作用、致病机制、药效、副作用等与分子结构的关系。因而对分子药物设计具有直接的...
中国科大在经典核酶的自剪接机制研究取得重要进展
与蛋白酶类似,核酶也会折叠成高级结构发挥功能。RNA在一级序列的基础上形成局部的helix、loop等二级结构元件,再在金属离子的帮助下进一步折叠成具有酶活中心的三级结构,在无需蛋白质的情况下催化反应。但由于RNA的异质性和灵活性,使RNA结构的解析受到了很大的挑战,限制了人们对其结构和功能间联系的理解。
专访姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组学?
AlphaFold主要分析的是单个蛋白质的结构,例如蛋白质的折叠方式或几个蛋白质之间的相互作用,它关注的是单个蛋白质的三维结构,以及其功能和对人体细胞的作用。而我们的研究则是从另一个角度出发,分析细胞内所有蛋白质的表达模式。我们知道,人体有数以亿计的蛋白质,即使是单个细胞内也有成千上万的蛋白质。我们的目...
Nature | 怀孕与逆龄的奇妙联系:科学揭示生育对DNA的年轻化效应
通过血液、唾液或其他生物样本分析,研究人员可以评估个体的DNA甲基化水平、端粒长度、蛋白质表达等指标,进而估算生物年龄。这些指标反映了个体的细胞老化速度和生理状态,对于早期识别慢性病风险具有重要价值。生物年龄调控与慢性病管理了解生物年龄与慢性病之间的关系有助于开发新的预防和干预策略。例如,通过调整饮食、增...
综述| NAT REV MICROBIOL:微生物群落中的水平基因转移分析
Hi-C是邻位连接技术的一种,这是一种在测序前产生由基因组内DNA相关蛋白介导的大范围DNA-DNA相互作用的方法,可用于分析移动基因及其宿主基因组的相互作用。Hi-C最初是用来测定真核生物的染色体结构的。简言之,当细胞完整时,细菌的DNA通过DNA结合蛋白之间的甲醛链交联,然后对细菌胞体进行消化,并用生物素标记并在稀...