斯坦福伯克利重磅发现DNA Scaling Law,Evo荣登Science封面!AI设计...

生成合成CRISPR-Cas分子复合物和转座子系统的结果表明,Evo在多模态生成任务上的表现也很出色。此外,研究人员还首次使用语言模型,进行了蛋白质-RNA和蛋白质-DNA协同设计,验证了Evo生成的CRISPR-Cas分子复合物以及IS200和IS605转座子系统的功能活性。利用从整个基因组中学习到的信息,Evo掌握了核苷酸序列的微小变化如...

恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战

此外,在AlphaFold2的深度学习革命之后,蛋白质复合物的建模已经成为当今结构生物学领域的一个突出的研究热点。然而,目前在这一领域面临的挑战是双重的。首先,预测含有大量氨基酸的复合物,特别是那些高达3000个氨基酸的复合物,需要大量的计算资源。此外,由于内存使用量随着氨基酸数量(如AF_Multimer)的增长大致呈二次增长,...

Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具

这些成功的例子中包括7个超大尺寸的复合物(H1111、H1114、H1137、T1170o、H1171、H1172和T1181o),它们分别包含8460、7988、4592、1908、1956、2004和2064个氨基酸残基,而DMFold-Multimer预测模型的TM-score分别为0.98、0.91、0.94、0.93、0.93、0.91和0.85。其中,最为复杂的复合物是H1137,其化学计量式为“A1...

氨基酸深度研究:助益粮食安全,借力合成生物

分别为14.0%/13.5%/13.0%,将有望驱动赖氨酸/苏氨酸/缬氨酸/异亮氨酸/色氨酸/蛋氨酸等氨基酸产品的需求持续增长,6种氨基酸产品23-25年的理论需求量合计每年将新增近10万吨,且若未来豆粕实际用量占比每年下降超过0.5pct,或者考虑杂粕用量亦可由氨基酸部分替代等因素,豆粕减量替代对氨基酸...

Nature子刊:季泉江团队工程改造Cas12f,提升其基因编辑活性

2020年,VirginijusSiksnys团队证明Cas12f在试管中可以依赖PAM进行双链DNA切割1。2021年,Yong-SamKim团队,亓磊团队和季泉江团队分别独立证明了Un1Cas12f1(537氨基酸,识别TTTPAM)2、3和AsCas12f1(422氨基酸,识别TTRPAM)的哺乳动物细胞和细菌编辑活性4。

Nature子刊:汤玮欣/赵明磊团队开发超迷你Cas12f系统,效率更高...

2023年4月,辉大基因杨辉团队开发了OsCas12f1(433个氨基酸)和RhCas12f1(415个氨基酸)3(www.e993.com)2024年11月19日。这几种小型化Cas12f都能够在哺乳动物细胞中实现基因编辑,具有很大的基因治疗前景。然而,将Cas12f系统作为基因编辑工具还有很大的改进空间,与Cas9和Cas12a相比,Cas12f系统切割双链DNA的效率较低,并且在靶向不同基因组位点...

清华大学陈春来/刘俊杰合作揭示Cas12a搜索靶点的分子机制

图1.Cas12a采用不对称一维扩散的方式找寻靶标位点,调控AsCas12a以及SpCas9一维扩散的正电氨基酸的突变均可以提高蛋白的切割特异性最后,该研究提出了Cas12a搜索靶点的详细分子模型(图2):溶液中自由扩散的Cas12a/crRNA复合物通过三维随机碰撞与dsDNA相互作用,一旦REC2结构域中富含正电荷的ɑ螺旋与dsDNA非特异性相互作用...

清华大学刘俊杰团队开发新型Casπ基因编辑系统,并揭示其DNA识别...

其中,PRS结构域作为一条包含69个氨基酸的长肽链,紧紧包裹着Casπ复合体,使Casπ-sgRNA-DNA的结构呈现“手环(bracelet)”状结构,不同于Class2中Cas12和Cas9家族蛋白常见的“双叶型(two-lobe)”结构(图3)。此外,他们发现Casπ通过R390和R392氨基酸残基特异性识别CCNPAM,为前期生物化学实验结果提供了...

氨基酸行业专题报告:助益粮食安全,借力合成生物

生物法L-缬氨酸在环保和调节日粮氨基酸平衡等方面优势显著,应用规模不断扩大。据中国发酵产业协会,近年全球缬氨酸市场规模增长迅速,全球需求量从16年0.73万吨增长至19年3.25万吨,CAGR达65%,预计20-23年期间以约24%的复合增速增长。缬氨酸目前已成为全球动物营养氨基酸领域需求规模第四大的品种...

第八届农业生态前沿青年论坛通知(第二轮)

会议地点:中国科学院亚热带农业生态研究所(长沙市远大二路644号)住宿地点:长沙星沙亚朵酒店(长沙市芙蓉区星沙大道汇一城A栋)四、日程安排五、大会报告六、分会场报告(1)农田生态过程与流域环境治理(2)畜禽健康养殖与农牧复合(3)生态过程与服务功能提升...