知耕PI专辑|AlphaFold 3 预测了所有生命分子的结构和相互作用

通常,蛋白质-蛋白质预测成功率(DockQ>0.23)增加了(配对Wilcoxon符号秩检验,p=1.8*10-18),特别是抗体-蛋白质相互作用的预测表现出显著改善。单体蛋白质LDDT的改善也是显著的。AF3对MSA深度的依赖性与AF-M2.3非常相似;具有浅MSA的蛋白质预测准确性较低。预测的置信度与准确性相一致与AlphaFold2类似...

抗逆转录病毒治疗(ART)治疗期间,为何仍有HIV慢性感染与标志物持续...

符号表示在给定时间点检测到的序列的类型;每个符号内的数字表示在给定时间点检测到的序列的数量。(b、d和f)显示了扩增的HIV-1克隆的基因组结构和蛋白质编码区;荧光笔分析表明与HIV-1HXB2相比,核苷酸发生了替换。已知的未剪接和已剪接的HIV-RNA物种(用蓝色条表示)的示意图显示在右上方的面板上,以供比较。结果...

国防科技大学2025研究生《生物化学》考试大纲

1.蛋白质化学了解蛋白质的分类;掌握常见氨基酸的基本结构和性质,熟记天然氨基酸的缩写符号;掌握蛋白质的分子组成、肽和蛋白质的分子结构;掌握两性解离及等电点、变性、复性等概念;了解蛋白质结构与功能的关系;熟悉蛋白质的常用研究方法。2.核酸化学理解核苷酸、核苷和碱基的基本概念及其结构;熟记常见核苷...

科研丨北大肿瘤医院(IF:38): 肠道菌群介导的核苷酸合成减弱了直...

在核苷酸生物合成相关基因中,我们发现放化疗后无应答组9个嘌呤合成相关基因(包括purF,编码嘌呤从头生物合成中的限速酶)和5个嘧啶核苷酸合成相关基因表达升高(图4B和4C),而它们在放化疗前的无应答组中表达量并不高。与转录组学观察结果一致的是,放化疗后两组之间差异丰富代谢物的功能富集揭示了与核苷酸生物合成相关的...

核酸与核苷酸(二)

可被磷酸二酯酶催化水解灭活,生成相应的5'-核苷酸。cAMP和cGMP核苷酸可在核苷符号旁加小写p表示,写在左边表示5'核苷酸,写在右边表示3'核苷酸。写几个就表示几个磷酸。3',5'-环化核苷酸可在前面加小写c,2',3'-环化核苷酸可在核苷符号后加“>P”,如U>P表示2',3'-环化尿苷酸。

解读动物生命符号——记国家863计划之动物分子与细胞工程育种技术

研究还建立了海洋生物非模式生物的高通量、低成本全基因组单核苷酸多态性分子标记筛查和分型技术——2b-RAD,开发了无需参照基因组的SNP精准分型新算法,突破了以往模式生物大多依赖已知基因组信息和芯片技术的瓶颈,分型准确率比国际水平提升达20%以上,解决了海洋生物缺乏基因组信息无法精准分型的难题(www.e993.com)2024年11月12日。这些技术突破为...

重磅科研丨Cell (IF:66): 来自母体微生物组的可移动遗传元件塑造...

(B)分娩和产后3个月配对母体样本的代谢组学差异。星号表示子类标识已被更具体的标识所取代。(C)与产后3个月相比,牛磺酸与甘氨酸结合胆汁酸在分娩时的相对扩增。在(B)和(C)中,通过Wilcoxon符号秩检验获得q值和p值。(D)B.wadsworthia在怀孕期间扩张。一个高离群值未显示(分娩)。

《周易·神农图》传奇之五:遗传密码是按照神农六十四卦设计的吗

大自然把遗传密码安排成核苷酸碱基的三组合,共六十四个,这究竟是随机的,还是有内在的深层含义,着实发人深思,但它和《周易》六十四卦的巧合,似乎让我们认识到,这绝非是随意的安排。六十四卦是以阴爻“--”和阳爻“—”两种代表阴阳性质的符号作为基本单位,上下六重构成的。它的这种六重结构是有着自然的规定性...

地球生命的DNA来自太空?

然而许多人不知道的是,就算你知道了整条DNA的脱氧核糖核苷酸的排列顺序——事实上科学家已经完成了人类DNA的测序工作——你仍然不知道DNA中的哪些片段是一个基因。它们隐藏得如此之深,就像文言文里的句子一样,句句紧密相连,没有标点符号将其区分开。即使你有可能将所有的基因都进行了标记,你也无法知道它们分别具有...

拿DNA当遗传物质的,除了地球生物,还有外星人?

1999年，在两条星际信息——“宇宙的呼唤”（CosmicCalls）中就包含了构成DNA的四种核苷酸的符号。然而，迄今为止，科学家只在一次星际无线通讯中编入了遗传信息。为了纪念阿雷西博信息发出35周年，乔·戴维斯（JoeDavis）来到波多黎各，描绘1，5-二磷酸核酮糖羧化酶（RuBisCO）分子大亚基的基因序列。RuBisCO是地球上...