国内首个!《动物病原微生物宏基因组高通量测序技术规范专家共识...
宏基因组高通量测序整个流程通常分为湿实验和干实验两部分[10]。湿实验流程是指从样品处理到测序数据产生的整个过程,需要在标准的实验室完成,一般包括:样品前处理、核酸提取、文库制备、测序;干实验流程是指对测序数据进行生物信息学分析及结果审核和出具报告的过程。宏基因组高通量测序湿实验的每一个环节都要严格控制...
一谱识菌: MALDI-TOF MS 在病原微生物临床应用的专家共识
3.进行微生物分型:(1)聚类分析。通过制造商提供的科研分析软件,可以选择聚类算法对同种不同株的谱图进行种水平以下的分析和比较,通过距离的远近衡量同种菌株之间的同源性和异质性,可用于亚种和血清型的区分、识别高毒力和耐药菌株、院感溯源的研究等??[??97??,??98??]??。(2)机器学习,智能分型。基于...
...奥密克戎毒株第一人,有望借此建立非洲最强大的基因测序实验室
奥利维拉的新实验室将使他们能够在这里进行测序,并且它将支持整个非洲大陆的测序,而这些样本在以前不得不送到非洲以外的地方。(来源:《麻省理工科技评论》)2021年11月,CERI(TheCentreforEducationalResearchandInnovation,教育研究和革新中心)举办了第一次测序研讨会,培训来自15个非洲国家的参与者对...
精准前沿丨通过粪便靶向测序快速诊断结核病耐药性
研究利用靶向新一代测序(tNGS,Deeplex??Myc-TB),对粪便标本进行全面的结核分枝杆菌复合物耐药性测试,同时分析了来自两个队列的样本,以确定粪便tNGS的快速分子耐药测试(mDST)和痰液的表型药敏测试(pDST)之间的一致性。
MLST:医院鉴定病原菌分型的必备方法!
多基因座序列分型(MLST)是一种高度区分的方法,可根据以下序列来鉴定细菌分离物:7个持家基因的450bp内部片段。对于每个基因片段,不同的序列被指定为不同的等位基因,每个分离物由七个持家基因座(等位基因谱或序列类型[ST])中的每个等位基因定义。由于7个基因座中的每一个都有许多等位基因,分离株极不可能偶然具有...
快报|TransFlow:基于全基因组测序的结核分枝杆菌近期传播自动化...
作者首先通过VNTR基因分型筛选了125个样本,然后在其中的122个样本中成功地进行了WGS(www.e993.com)2024年10月19日。此外,我们还从原文作者那里取得了相关的流行病学数据。对于该数据集,我们测试了基于传播的方法,共鉴定出了103个测序菌株分布在36个传播簇中,成簇比例为84%(图4),这与原始研究的结果几乎相同(103株菌和38个传播簇,成簇...
医药行业病毒载体专题报告:CGT关键原料,关注外包生产
(报告出品方/作者:兴业证券,孙媛媛、李博康)1.病毒载体:最常用的基因递送载体之一1.1病毒载体是通过改造病毒来递送基因的常用工具病毒载体是一种常用的分子生物学工具,可将遗传物质带入细胞,原理是利用病毒具有传送其基因组进入其他细胞进行感染的分子机制。病毒是一种由核酸分子和蛋白质构成的非细胞形态生...
合成生物学报告:第三次生物技术革命中的机遇与挑战
根据中信证券的统计,国内外从事合成生物学领域的公司已多达500家,工具型公司多是与DNA相关,提供包括测序、合成,基因编辑等服务,平台型公司侧重对菌株的筛选与改造、培养成分开发等,旨在提供生物体设计与软件开发等合成生物平台,由于自身缺乏应用层面的落地产品,盈利能力受限。产品型公司则打通从生物改造、发酵纯化到产品...
公卫·科普 | 高通量测序技术——打开病原体诊断的“钥匙”
随着基因组学技术的发展,高通量测序技术(也称下一代测序技术,NGS)已经能够做到不依赖于传统的微生物培养,可直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,然后与数据库进行比对,实现感染性疾病的溯源、检测、分型和耐药评估等多个方面,受到越来越多临床和科研工作者的关注。其中,基于NGS鉴别微生物的主要方法有两种,分别是宏...
宏基因组高通量测序技术在革兰阴性菌耐药表型检测中的研究进展
WGS可以提供整个基因组的全面信息,能协助发现基因序列存在的新突变,更多应用于研究耐药基因、毒力因子和微生物分型;mNGS则是从临床样本抽提基因进行测序和快速分析,比对数据库获取对应信息后辅助诊断已有疾病,广泛应用于感染性疾病诊断领域。从研究角度看,WGS可以视为筛选出「候选」耐药基因并加以注释的技术方法,mNGS则...