中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生
以下是大多数已发明的16SrRNA基因扩增子测序方法的标准流程:通过一对靶向16SrRNA基因保守区域的通用引物扩增菌群中细菌的16SrRNA基因,并利用高通量测序平台测序获得所有扩增的16SrRNA基因的序列。高通量的16SrRNA基因扩增子测序方法有以下优点:该方法基于16SrRNA基因的扩增,因此可以适用于未培养的细菌或低生物...
人人基因组时代何时到来?请听...
尹烨(华大集团CEO):我相信在未来5-10年内,全球1%的人拥有自己的全基因组序列是大概率事件。那就意味着80亿人口的地球大概有8000万人会有自己的个人基因组数据。问人人基因组时代何时到来?梅永红(华大集团执行董事):就像我们现在有自己的血型,有自己的生理生化指标一样,我相信10年,或者是至多20年,我们每个人都...
蚕“姑娘”终于有了完整的基因组序列
通过对W染色体注释,他们发现,家蚕W染色体的重复序列约占其总序列的87%;家蚕W染色体含有137个Fem拷贝,并且这些Fem拷贝主要以串联重复形式排布,这解释了为什么通过基因组敲除Fem无法完全实现雌性向雄性转变,因为基因组操作很难将W染色体上数目众多的Fem拷贝完全敲除。“本研究在家蚕W染色体上鉴定到76个蛋白编码基因,其中1...
Science:利用人工智能确定人类基因组转录起始的序列基础
在分析了数万个公认的人类启动子的数据后,该程序确定它们由三种类型的序列模式组成:基序(motif)、起始子(initiator)和三核苷酸(trinucleotide)。图片来自Science,2024,doi:10.1126/science.adj0116Puffin程序显示,根据这些序列模式的排列方式,它们可以激活或抑制基因的转录。它还能预测这些序列模式的排列如何引导RNA...
不改变DNA序列即可实现精准基因调控,一文了解表观遗传编辑技术的...
表观遗传学指的是一种可逆的遗传机制,它可以在不改变DNA序列的情况下,通过对DNA与组蛋白(histone)的修饰来影响基因表达,这是控制细胞分化和胚胎发育等关键生物过程的重要机制。在不同类型的表观遗传修饰当中,DNA甲基化(methylation)是其中最被广为研究的机制之一。基因启动子区域上的特定DNA甲基化会抑制该基因的转录...
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
图1:序列聚类概述(www.e993.com)2024年10月17日。a、对参考基因组(蓝色)和环境数据集ED(红色)数据集中的蛋白质进行聚类。b、参考基因组(蓝色)和ED(红色)数据集中蛋白质聚类的稀疏曲线。c、d、序列数量(c)和基因组或ED样本数量(d)下每个聚类的聚类成分比较和可视化。虽然大多数至少有50个成员(甚至可能至少有25个成员)的聚类...
研究实现基因组尺度上串联重复序列的特征描述与可视化
研究人员表示,TR变异与基因表达变化和许多罕见的单基因疾病有关。虽然长线程测序能提供准确的全长序列和TR的甲基化,但仍需要计算方法来分析整个基因组中的TR。附:英文原文Title:Characterizationandvisualizationoftandemrepeatsatgenomescale
整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律(5)
法国巴斯德研究所等机构的Holtz等今年7月在国际权威科学杂志《自然通讯(NatureCommunications)》发表研究论文(见参考文献),利用狂犬病毒基因组的全部和部分序列来分析历史上的狂犬病毒在国家之间的传播,产生了精确的年代测定和对其地理分布的可靠估计。现分若干次译介此文,供国内关心犬狂犬病流行和控制的各界人士参考。
“无中生有”的新基因起源机制发现
研究人员认识到,DNA复制错误有时可能是有益的。在RNA分子中,相邻回文序列的碱基可配对并形成类似发夹的结构,这种结构对RNA分子的功能至关重要。研究人员决定将重点放在microRNA基因上,因为它们的结构简单,这些基因非常短,只有几十个碱基。它们必须折叠成发夹结构才能正常工作。通过对数十种灵长类动物和哺乳动物的全...
泛基因家族分析发文章就上2区!你研究的物种能不能发?
泛基因家族分析是基于物种泛基因组序列信息去进行家族成员鉴定及分析的新方法,能很好地弥补单一参考基因组无法全面代表整个物种的全部遗传变异信息的不足,是进行基因家族分析的新方法新思路。与传统基因家族分析相比具有以下3个优势:1.全面性:泛基因家族分析基于物种泛基因组序列信息,能够包含多个个体的遗传变异信息,从...