...杨茂君破译线粒体超大分子量多酶复合物的全景空间结构及组装机制

二者同属α-酮酸脱氢酶复合体家族(OADHcfamily)1,该家族成员主要由三个种类的酶单元多聚构成:(E1)α-酮酸脱氢酶家族蛋白;(E2)酰基转移酶家族蛋白;(E3)黄素蛋白;其分子量在4到10兆道尔顿(MDa)之间。长期研究表明,OADHc在线粒体内多条能量代谢通路上均发挥重要作用。其中,PDHc作为糖代谢过程中的门...

同时生成蛋白序列和结构,David Baker团队序列空间扩散新模型

蛋白质去噪扩散概率模型用于从头生成蛋白质骨架,但其在引导生成具有序列特异性属性和功能特性的蛋白质方面存在局限。为了克服这一限制,华盛顿大学DavidBaker团队,开发了一种基于RoseTTAFold的序列空间扩散模型ProteinGenerator(PG),可同时生成蛋白质序列和结构。从噪声序列表示开始,PG通过迭代去噪生成序列和结构对...

...全球首个多器官衰老时空图谱,发现衰老新标志——免疫球蛋白的...

此外,研究团队还对衰老敏感位点(Senescence-sensitivespot,SSS)及其微环境进行了空间表征,结果显示,SSS区域附近的组织结构熵增和细胞身份丢失现象更为明显。更重要的是,表达免疫球蛋白(ImmunogIobuIin)相关基因细胞定位于以SSS为中心的微环境附近,从而驱动组织衰老。研究团队发现,免疫球蛋白G(IgG)在雄性和雌性小鼠的衰...

中国科大在蛋白质设计领域取得重要进展

图1从头设计蛋白质的实际空间结构(黄色)与目标结构(红色)比较。作为生命功能的主要执行者,蛋白质氨基酸序列和空间结构之间的关系是科学界悬而未决的课题。如何在广袤的序列空间中选择合适的序列,使之折叠成特定的结构,不但有助于认识这一科学问题,而且能够为按需创造人工功能蛋白打下基础。近十年来,国际上蛋白质设...

江小涓最新文章:数据、数据关系与数字时代的创新范式(1.7万字)

AlphaFold预测蛋白质结构的本质,是寻求氨基酸之间的相互关系。它的成功表明,只要是可以表示为序列的数据,不管是文字、语音、图像,还是蛋白质序列,都可以使用Transformer捕捉上下文关系。因此,大规模数据的意义在于可以通过算法找出更多的数据关系。从宏观角度看,数据在本质上体现为一种关系性。寻求相关关系或因果关系的定量...

Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...

我们根据这些家族的分类学、栖息地、地理分布和基因邻近分布对其进行了注释,并在有足够序列多样性的情况下预测了蛋白质的三维模型,揭示了新的结构(www.e993.com)2024年11月8日。总之,我们的研究结果揭示了一个极其多样化的功能空间,突出了进一步探索微生物功能暗物质的重要性。-正文-...

Nature速递:用可编程的生成模型照亮蛋白质空间

对于计算和实验来说,遍历这种可能性颇具挑战,因为蛋白质分子的概率空间,远远大于具有功能的蛋白质分子的概率空间。计算蛋白质设计领域旨在通过以可编程方式自动设计功能性蛋白质来缩短这个过程,过去三十年中已经取得了相当大的进展,包括设计先前未知的拓扑结构、装配体、结合物、催化剂等,但大多数全新设计的蛋白质仍然...

AI从业者怎么做Science?清华大学AIR周浩:从文本生成到蛋白质设计...

「有了这种新的数据结构,如果未来需要进行分子生成,相关研究将会以极少的数据量来构建分子空间,这种思想极其重要!」从实空间到谱空间,高效捕捉蛋白质几何、化学信息除了分子的研究之外,周浩教授团队对蛋白质结构和功能的研究也很感兴趣。在研究蛋白质时,研究人员通常会从几何信息、化学信息这两个维度来观察。众所...

数据变为声音,聆听氢键“奏鸣”,科学家揭示蛋白质折叠构象过程

氢键在维持蛋白质的空间结构中扮演重要角色。许多有趣甚至难以理解的现象，都可以归功于氢键的存在，比如冰作为一种固体，密度却比液态水小。科研人员想了许多方法来研究氢键，这一次，他们想到了数据声音化。因为，人对声音信息的处理速度更快。于是，我们可以在不同的音调中了解蛋白质如何折叠，又如何在其内部形成...

3D蛋白质组学:揭示生物体内蛋白结构的立体世界

在你的眼前,一幅全新的画面正慢慢打开——一个由氨基酸序列构成的线性结构,随着时间及特殊条件的附加,宛如生命的魔法师,转瞬间折叠成了一个立体结构,那即是3D结构。与2D蛋白质组学相比,3D蛋白质组学全面揭示了蛋白质空间结构和功能,对药物发现、疾病治疗具有引领性意义。