Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计
蛋白质设计与改造已进入AI时代,诸多基于序列或结构的模型为各类蛋白质家族补充了前所未有的生成式蛋白新序列,也赋予了传统蛋白新功能,但整体而言,大部分预测模型得到的蛋白新序列有效率不足50%,后续需要大量湿实验对序列进行进一步筛选和功能性验证,而很多相关模型研究缺乏湿实验验证。我们构建了基于蛋白序列与结构信息的...
西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...
我们致力于拓展蛋白质的拓扑结构,以探索拓扑结构的构效关系以及生物医药应用。利用可基因编码的多肽标签-蛋白质化学反应,通过合理的设计及与蛋白质折叠的结合,我们已经合成了多种具有复杂拓扑结构的蛋白质,包括轮烷、纽结蛋白质、套索蛋白质、蛋白质索烃等。在此基础上,我们发展了单结构域蛋白质的拓扑改造方法,实现了一...
中国科学技术大学结合计算预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标...
中国科学技术大学结合计算预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标识别机制中国科大刘海燕教授、陈泉教授课题组与复旦大学王文宁教授合作,采用蛋白质结构预测、序列设计等计算手段与蛋白质互补分析和深度突变扫描、X射线晶体学、NMR等实验结合的方法,揭示了固有无序的4.1G蛋白C端结构域识别其固有无序靶标的结构机制。相关研...
新技术助力蛋白质二级结构测定领域拓展
质谱技术可以通过测定蛋白质的肽段质量和碎片离子的质荷比来推断蛋白质的二级结构。例如,蛋白质的α-螺旋结构在质谱中表现为特定的碎片离子峰,通过分析这些离子峰的质荷比可以确定蛋白质的二级结构。2.2基于光谱的方法光谱技术是另一种常用于蛋白质二级结构测定的方法。近年来,随着红外光谱技术的发展,基于红外光谱...
...突破性的纳米蛋白质组学技术揭示人体心肌肌钙蛋白复合物的结构...
蛋白质复合物是高度动态的实体,在组装、翻译后修饰和非共价相互作用方面表现出巨大的多样性,使它们能够在各种生物过程中发挥关键作用。天然状态下蛋白质复合物的异质性、动态性和低丰度给使用传统结构生物学技术进行研究带来了挑战。基于此,美国威斯康星大学麦迪逊分校葛瑛教授团队近期开发了一种天然纳米蛋白质组学策略,...
如何准确测定蛋白质的一级结构?关键技术与步骤探讨
质谱测序技术是一种高效、灵敏的蛋白质一级结构分析方法(www.e993.com)2024年9月16日。通过将蛋白质消化成小肽段,然后使用质谱仪测定这些小肽段的质量和碎片质谱图,可以推断蛋白质的氨基酸序列。常用的质谱测序技术包括基于MALDI-TOF的蛋白质解析和基于液相质谱的蛋白质定序。3.DNA测序与重组技术...
恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战
在CASP14之前,蛋白质结构预测方法主要分为两大类:template-basedmodeling(TBM)和freemodeling(FM)。在过去的两年里,这两种方法的分类标准变得越来越模糊。随着深度学习技术的快速发展和应用,特别是随着端到端预测方法的出现,蛋白质结构预测方法往往结合各种方法的优势,产生与实验结构相媲美的蛋白质三维原子结构。在...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
在蛋白质这一命题上,曾有全球科技巨头谷歌旗下的前沿人工智能企业DeepMind,将机器学习和系统神经科学的最先进技术结合起来,建立强大的通用学习算法,最抢眼的一大成果便是在蛋白质结构预测上的应用。2020年底,其人工智能系统“AlphaFold2”一战成名,将人工智能预测的蛋白质结构达到了实验测定的精确度。直到今年10月底...
「AlphaFold 3」要来了?DeepMind推出新一代蛋白质结构预测工具,已...
??与AlphaFold2.3相比,AlphaFold3在预测蛋白质-蛋白质结构方面,抗体结合结构显著增强;??此在蛋白质-核酸相互作用方面,AlphaFold3优于其他竞争方法,如RoseTTA2FoldNA等;??在RNA结构预测方面,AlphaFold3优于自动化技术,但略低于顶级CASP15参赛者,后者涉及专家手动干预。但饶有意味的是,针对...
...多尺度研究院马剑鹏团队在计算生物学取得突破,实现蛋白质结构...
作为蛋白质结构预测领域顶尖团队,由诺贝尔奖得主MichealLevitt教授和马剑鹏教授领导的复旦大学复杂体系多尺度研究院聚焦基础科学、交叉学科及源头底层技术,致力于推动生物大分子结构实验测定与计算机预测两大方法齐头并进。团队不仅拥有规模化冷冻电镜平台,更具备一支实力扎实的人工智能人才队伍,在冷冻电镜先进算法和计算机蛋白...