...| 基于ESMFold预测结构的几何图学习以准确预测酶功能

此外,酶活性位点通常位于酶的表面,它们在进化过程中表现出高度的保守性,并显著决定了酶的功能。因此在分配EC编号时考虑酶的活性位点显然是非常有益的。这凸显了对快速准确的酶活性位点预测器的需求。在本研究中,作者提出了基于几何图学习的EC注释(GraphEC),这是一种基于预测的蛋白质结构和酶活性位点的酶功能预测...

酶催化新机制助力高效C-N键合成!

通过分子动力学模拟进一步验证了底物在酶活性位点中的相互作用,强调了酶的微环境在反应机制中的重要性。整体而言,这项研究为非自然生物催化的发展提供了新的机制理解,展现了利用蛋白质工程来解决化学合成中的未解挑战的巨大潜力。文献信息:Raps,F.C.,Rivas-Souchet,A.,Jones,C.M.etal.Emergenceof...

纳米技术治疗特应性皮炎!创新突破:双位点仿生Cu/Zn-MOF在特应性...

结果显示,Cu/Zn-MOF在不同浓度下均表现出显著的SOD样活性,并且在GPx样活性测试中,Cu/Zn-MOF组产生的黄色TNB明显少于对照组和Zn-MOF组。此外,Cu/Zn-MOF还能有效促进H??O??与GSH或半胱氨酸反应,显示出优异的TPx样活性。在APx样活性测试中,Cu/Zn-MOF能够显著降低抗坏血酸(AsA)的吸收值,表明其具有高效的...

陕师大曹睿课题组最新Angew: 多孔有机聚合物中活性位点的质子转移...

质子和电子转移的耦合可以有效避免电荷在活性位点的积累,进而降低反应活化能垒。在自然界中,酶给出了将质子从外部环境传输到活性位点的范例。例如,细胞色素c氧化酶(CcO)可以高效催化O2还原到水。在此过程中,外部质子首先通过质子通道中的氨基酸残基传递到血红素-Cu位点周围(图1a),进一步通过血红素-Cu位点附近的酪氨酸...

Nature与Science同时出王炸!生命科学领域又一位“天才少年”诞生...

2.蛋白质(酶/靶点)活性位点在药物发现的重要性3.药物发现中的关键结构特征(特别是小分子)4.药物辅助发现常用的计算方法4.1分子对接4.2虚拟筛选4.3分子动力学模拟4.4其他PDB数据库的介绍1.1检索蛋白1.2页面功能及解读1.3数据的下载1.4PDB文件格式的解读2.PyMol2.1软件介绍2.2...

使用祖先序列重建设计高功能热稳定蛋白

KARI是支链氨基酸生物合成途径中的第二种酶,也是生产生物燃料的酶级联反应的关键组成部分(www.e993.com)2024年11月7日。该酶有两种结构类:I类长约390个氨基酸,II类长约550个氨基酸。两类KARI都采用保守的催化机制,但较大的II类KARI的活性位点完全位于一个多肽链内,这有利于在无细胞环境中生产生物燃料。因此,II类KARI一直是提高热稳定性、异丁...

清华大学 | 微反应器中连续还原胺化反应的研究进展

催化剂载体往往会影响比表面积、孔容、酸度、金属分散度、产物和反应物的扩散等过程。对于多数反应体系,载体对反应活性影响较大,但对反应选择性影响较小。但在一些特殊体系的研究中,催化剂载体类型及载体与活性金属的相互作用也会对反应选择性产生明显影响。

【科技自立自强】西安交大科研人员在生物酶多构象催化领域取得...

连接反应通常包括三个生化步骤,即腺苷5'-单磷酸(AMP)从三磷酸腺苷顺序转移至连接酶的活性位点赖氨酸上,形成共价连接酶-AMP中间体;AMP转移到DNA缺口位点的5'磷酸,形成共价连接酶-AMP-DNA中间体;DNA的腺苷化激活5'磷酸,促进3'-OH的亲核攻击,驱逐AMP并在缺口位点上共价连接两端。

Nature子刊:带你认识甲状腺癌基因变异特征及临床管理

SWI-SNF活性与促进细胞终末分化相关,而其破坏可诱导干细胞样特征。至少20%的ATCs发生了破坏编码SWI-SNF染色质重塑复合体成员的基因(例如ARID1A、ARID1B、ARID2、SMARCB1或PBRM1)截短变异(图2)。在HRASG12C驱动和BRAFV600E驱动的甲状腺癌小鼠模型中,体内SWI-SNF亚基的甲状腺特异性失活引起PDTC或ATC。研究表明,...

2024重组胶原蛋白行业白皮书:从美业革新先锋到精准医疗动力源

最后,还可以设计并植入全新的功能性结构域,例如生物矿化诱导模块和酶活性中心等,使重组胶原蛋白具备诱导生物矿化和催化反应等新的生物活性。通过组合不同的功能模块,可以实现多功能的生物材料设计,进一步提升其应用价值。优化发酵保量,提升纯化保质优化发酵条件可以提高微生物或细胞的生长速度和蛋白质的表达量,从而缩短...