数据驱动蛋白质设计促成发明细胞内烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸探针
在华东理工大学团队提出了模板蛋白质和改造目标后,中国科学技术大学团队基于他们在蛋白质设计、结构生物信息学等方面的经验和方法积累,系统分析比较了现有蛋白质结构数据库中的相关小分子结合口袋,设计了突变方案,促成了首类烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADPH)荧光蛋白探针iNap的发明。iNap探针可用于在活体、活细胞及各种亚...
【中国科学报】中科大揭示肿瘤细胞氨基酸代谢异常新机制
分子水平研究发现,营养压力条件下这种代谢的转换,即丝氨酸合成途径的激活,是由癌基因cMyc诱发的。进一步在代谢水平及通过核磁共振等技术手段检测表明,cMyc及其调控的磷酸丝氨酸磷酸化酶——这一丝氨酸代谢的限速酶,可以通过调控氧化还原平衡、细胞周期以及核苷酸的合成来支持肿瘤细胞在营养匮乏条件下的存活。最后,研究人员...
Nature︱细胞内的“搬运工”:揭秘蛋白质定位调控的新策略
要通过蛋白质运输耦合的方式来克服蛋白质的固有定位,将需要满足2点:(1)在穿梭蛋白上有一个足够强的相反定位序列;(2)穿梭蛋白的必要化学计量比。为此,本文研究人员首先选择了烟酰胺核苷酸腺苷基转移酶1(NMNAT1)作为模型蛋白进行重新定位研究,因为NMNAT1只有一个预测的NLS且没有已知的直接DNA结合域,所以可能容易...
【关注】万字长文!一文了解合成生物学
②构建:在生物系统中对目标基因进行操作,构建细胞工厂,该过程包括DNA合成,大片段组装以及基因编辑;相关技术:DNA合成、DNA拼接和组装、基因编辑、基因测序。③测试:由于逻辑线路及模块化的代谢途径在通过理性或非理性设计后,都会存在大量的突变体或候选目标,因此通常需要高效、准确和经济的检测,生成相应数据,评估构建的...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
始于湿实验,提取RNA,富集mRNA或消除rRNA,合成cDNA和构建测序文库。然后在高通量平台(通常是Illumina)上进行测序,每个样本测序reads深度为10-30Millionreads。早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据,并可以应用于很多物种,如玉米(Zeamays),拟南芥(Arabiodopsisthaliana),酿酒酵...
Nature子刊:浙江大学叶存奇团队发现磷脂合成调节核苷酸代谢和细胞...
具体而言,该研究发现,Kennedy通路的缺陷将导致激活态胆碱和乙醇胺(CDP-choline/CDP-ethanolamine)在胞内发生数以百倍的积累,并会限制了嘧啶核苷酸的再利用(www.e993.com)2024年11月12日。在核苷酸酶的底物抑制效应下,Kennedy通路缺陷促使细胞激活补偿机制,进行从头核苷酸合成。这种依赖于磷酸戊糖途径的从头核苷酸合成促进了还原型辅酶NADPH的产生,进一步提...
Nat Chem Biol | 叶存奇课题组发现磷脂合成调节核苷酸代谢和细胞...
在核苷酸酶的底物抑制效应下,Kennedy通路缺陷促使细胞激活补偿机制,进行从头核苷酸合成。这种依赖于磷酸戊糖途径的从头核苷酸合成促进了还原型辅酶NADPH的产生,进一步提升谷胱甘肽合成;同时,Kennedy通路的缺陷会让细胞更依赖于PE甲基化的过程来合成PC,而这一反应所具备的甲基吸收池(methylsink)功能也将协调促进谷胱甘肽的...
畅谈寡核苷酸类药物ADME表征及DDI
ONs是由化学合成的寡核苷酸单链或双链组成的一类药物,一般由12-30个核糖核苷酸或脱氧核苷酸单链或双链组成。ONs通过沃森克里克碱基互补配对作用于目的核苷酸序列上,干扰基因的解旋、复制、转录、翻译等各个环节,使编码异常的基因丧失功能,进而矫正“错误”蛋白质的表达,达到治疗疾病的目的。
...Chemical Biology | 叶存奇课题组发现磷脂合成调节核苷酸…
在核苷酸酶的底物抑制效应下,Kennedy通路缺陷促使细胞激活补偿机制,进行从头核苷酸合成。这种依赖于磷酸戊糖途径的从头核苷酸合成促进了还原型辅酶NADPH的产生,进一步提升谷胱甘肽合成;同时,Kennedy通路的缺陷会让细胞更依赖于PE甲基化的过程来合成PC,而这一反应所具备的甲基吸收池(methylsink)功能也将协调促进谷胱甘肽的...
...浙江大学叶存奇课题组发现磷脂合成调节核苷酸代谢和细胞还原能力
在核苷酸酶的底物抑制效应下,Kennedy通路缺陷促使细胞激活补偿机制,进行从头核苷酸合成。这种依赖于磷酸戊糖途径的从头核苷酸合成促进了还原型辅酶NADPH的产生,进一步提升谷胱甘肽合成;同时,Kennedy通路的缺陷会让细胞更依赖于PE甲基化的过程来合成PC,而这一反应所具备的甲基吸收池(methylsink)功能也将协调促进谷胱甘肽的合...