诺奖2024|为什么AI工程师预测蛋白质结构能获诺贝尔化学奖?

因为,那些先前创造出新蛋白质的人只能模仿现有的结构,而Top7的独特结构在自然界中是不存在的。2003年,戴维·贝克成功利用氨基酸“基石”设计出一种与其他蛋白质不同的新蛋白质。此后,他的研究小组不断创造出一个又一个富有想象力的蛋白质,包括可用作药物、疫苗、纳米材料和微型传感器的蛋白质。诺贝尔化学奖委员...

榜单| 2024年诺贝尔化学奖授予三位预测蛋白质结构的科学家

榜单|2024年诺贝尔化学奖授予三位预测蛋白质结构的科学家10月9日17时45分,瑞典皇家科学院宣布,今年的诺贝尔化学奖授予大卫·贝克(DavidBaker),以表彰其在计算蛋白质设计方面的贡献,另一半则共同授予杰米斯·哈萨比斯(DemisHassabis)和约翰·乔普(JohnM.Jumper),以表彰其在蛋白质结构预测方面的贡献。2024年...

同时生成蛋白序列和结构,David Baker团队序列空间扩散新模型

使用PG进行无条件生成可产生氨基酸组成与天然蛋白质相似的序列-结构对。设计多状态和功能蛋白计算模拟和实验结果表明,PG可以轻松从头生成各种蛋白质,这些蛋白质受到各种序列域约束的影响,包括氨基酸组成偏差、重复序列对称性、生物活性肽笼和多态设计。富含稀有氨基酸的蛋白质的设计为了评估PG在PDB训练分布之...

2025年浙江理工大学硕士研究生招生考试初试338生物化学考试大纲已...

4.蛋白质降解和氨基酸代谢:(1)蛋白质水解和泛素化降解(2)氨基酸的脱氨基作用和氨的代谢转变(3)尿素的合成和尿素循环(4)氨基酸碳骨架的代谢5.核苷酸的代谢:(1)核苷酸的生物合成及其调节(2)核苷酸的分解代谢(3)核苷酸代谢相关的疾病与药物6.物质代谢相互联系:糖类、脂类、蛋白质和核酸代谢的相...

被质疑“不该拿物理学奖”的诺奖得主,一生经历却足够拍一部《奥本...

令人惊叹的是,各种物理学技术都被用来研究这个分子。核磁共振(NMR)、电子顺磁共振(EPR)、光谱学、共振拉曼散射、X射线结构研究、中子散射、穆斯堡尔光谱学——所有这些固态物理学的巧妙实验技术似乎都与血红蛋白密切相关。有一段时间,血红蛋白成为物理学家理解蛋白质如何运作的“氢原子”。

GPT-4无师自通预测蛋白质结构登Nature子刊!LLM全面进军生物学...

α-螺旋结构的建模α-螺旋是蛋白质中最常见且被广泛研究的二级结构(www.e993.com)2024年11月12日。研究人员表示,虽然使用各种prompt进行了多次尝试,GPT-4和GPT-3.5都无法像模拟氨基酸一样准确地生成α-螺旋多肽链的结构。有趣的一点是,GPT-4习惯于用数学公式描述α-螺旋的空间结构参数:...

氨基酸行业专题报告:助益粮食安全,借力合成生物

分别为14.0%/13.5%/13.0%,将有望驱动赖氨酸/苏氨酸/缬氨酸/异亮氨酸/色氨酸/蛋氨酸等氨基酸产品的需求持续增长,6种氨基酸产品23-25年的理论需求量合计每年将新增近10万吨,且若未来豆粕实际用量占比每年下降超过0.5pct,或者考虑杂粕用量亦可由氨基酸部分替代等因素,豆粕减量替代对氨基酸实际需求增量...

David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质

公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白质结构的深度神经网络,RFdiffusion则是该实验室推出用于从头构建全新蛋白质的生成式AI工具。这些工具专注于蛋白质的氨基酸构建模块,而非捕获蛋白质如何与其他生物分子相互作用。

人工智能再受青睐!2024年诺贝尔化学奖揭晓

“阿尔法折叠2”模型曾赢得有着生物计算领域“奥运会”之称的“蛋白质结构预测关键评估(CASP)”比赛,并成为第一个能准确预测蛋白质三维结构的机器学习模型。使用“阿尔法折叠2”确定蛋白质结构“阿尔法折叠2”模型成功解决了科学家苦苦思索了数十年的难题——从氨基酸序列预测蛋白质结构,它能够预测几乎所有已知的2...

诺贝尔化学奖是AI for Science,物理奖是Science for AI

将一个结构未知的氨基酸序列输入AlphaFold2。系统会搜索数据库中类似的氨基酸序列和蛋白质结构。2.序列分析AI模型会对比所有相似的氨基酸序列(通常来自不同物种)。研究在进化过程中哪些部分被保留下来。AlphaFold2探索氨基酸在三维蛋白质结构中如何相互作用:...