更有效地解析和设计蛋白质

现在可以说人工智能工具(AlphaFold2)在一定程度上把分析蛋白质结构的问题解决了。它对蛋白质结构预测的准确度已经足够让科学家们利用这个工具进行各种领域的研究。比如从生物学或是医学角度去了解蛋白质在进化过程中的作用,哪种酶可以有效降解塑料,或者哪种蛋白对于某种疾病能够起到重要作用等。这就使大家能够解决很多相...

前沿进展:通过层次结构信息和分子动力学模拟发现高活性肽

我们基于“算法信息论”中的“梯径(Ladderpath)”方法提出的PepHiRe方法,是一种通过层级结构解析,帮助研究者在复杂多肽序列空间中找到最优多肽药物的创新工具。目前多肽药物设计的方法在多肽药物设计中,有几种常见的计算方法,分子对接用于预测肽与靶蛋白的相互作用,类似于为钥匙寻找合适的锁,从而筛选出可能有效的肽...

他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

对于蛋白质分子来说,科学家也猜测里面的所有原子会自然地找到能量最低的稳定状态,那就是蛋白质最后折叠出的结构。“能量优化”法就是这个原理。但“能量优化”的问题在于,预测比较小的分子时还好,但分子越大越复杂,得出的结果就会越差。蛋白质平均会用到几百个氨基酸,由几千几万个原子组成,结构的可能性迅速增...

人工智能助力破解蛋白质神奇结构密码

贝克的研究团队首先提出一个全新结构的蛋白质,然后利用Rosetta计算哪种氨基酸序列可以生成所需的蛋白质。为了验证该软件的成功率,贝克的研究小组将软件建议的氨基酸序列基因引入细菌,这些细菌生产了所需的蛋白质。然后,他们利用X射线晶体学确认了蛋白质结构与他们的设计几乎完全符合。该成果于2003年发表。此后,他的研究...

解读|为什么AI工程师预测蛋白质结构能获诺贝尔化学奖?

构建全新蛋白质的领域被称为denovodesign。研究小组绘制了一种具有全新结构的蛋白质,然后让罗塞塔计算:哪一种氨基酸序列可以产生所需的蛋白质。为了做到这一点,罗塞塔搜索了所有已知蛋白质结构的数据库,并寻找与所需结构相似的蛋白质短片段,然后对这些片段进行了优化,并给出一个结果——一段氨基酸序列。

AI打开蛋白质研究新通途

而贝克和他开发的蛋白质分析软件罗塞塔彻底改变了这种局面——罗塞塔成功构建出不是天然存在的全新蛋白质(www.e993.com)2024年11月3日。贝克的研究团队首先提出一个全新结构的蛋白质,然后利用罗塞塔计算哪种氨基酸序列可以生成所需的蛋白质。为了验证该软件的成功率,贝克的研究小组将软件建议的氨基酸序列基因引入细菌,这些细菌生产了所需的蛋白...

人工智能助力破解蛋白质神奇结构密码——2024年诺贝尔化学奖成果...

贝克的研究团队首先提出一个全新结构的蛋白质，然后利用Rosetta计算哪种氨基酸序列可以生成所需的蛋白质。为了验证该软件的成功率，贝克的研究小组将软件建议的氨基酸序列基因引入细菌，这些细菌生产了所需的蛋白质。然后，他们利用X射线晶体学确认了蛋白质结构与他们的设计几乎完全符合。该成果于2003年发表。此后，他的...

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

转录因子是一类特殊的DNA结合蛋白质,它们通过与特定的DNA序列(基序)结合,调控基因的转录过程。因此二者的相互作用是维持生物体遗传信息传递的关键一步,现有一些计算方法主要分为从基于序列角度和结构角度来预测二者的结合位点,基于序列的模型如BindN使用了几种氨基酸属性作为序列特征,并通过支持向量机(SVM)对结合残基进行...

质谱技术揭秘蛋白质:从结构到功能的深度解析

质谱技术是一种将离子化的分子分离和检测的方法。它通过对离子的质量-电荷比进行测量,可以确定化合物的分子量和组成。二、质谱技术在蛋白质研究中的应用质谱技术在蛋白质研究中发挥着重要作用。以下是几个常见的应用领域:1.蛋白质定量:质谱技术可以用于蛋白质的定量分析。通过测量蛋白质中特定的肽段或蛋白质本...

蛋白质序列全局比对分析如何解析蛋白质功能和结构的多样性?

常用的全局比对方法包括BLAST、ClustalW和MAFFT等。BLAST(基本局部比对搜索工具)是一种快速比对算法,通过预先建立的数据库进行比对,用于寻找相似的蛋白质序列。ClustalW是一种常用的多序列比对软件,它使用多种比对策略和算法,可以对多个蛋白质序列进行全局比对。MAFFT是一种基于多序列比对的高效方法,能够处理大规模蛋白质...