上海交大周冰心博士:锚定稀缺生物数据挑战,图神经网络重塑蛋白质...
*类似地,如果以二级结构为基本单元来观察蛋白质,则每个二级结构在蛋白质图中可作为一个节点,其相邻或空间距离较近的二级结构通过边来连接。*最后,对于疾病知识图谱,不同疾病、基因、用药及患者等元素均可视为节点,节点之间的连接代表它们之间的复杂关系,如某种药物能治疗特定疾病,或某个基因导致某种疾病等。在...
国家数据局局长刘烈宏万字长文谈数据要素
比如在生命科学领域,长期以来,如何准确、快速确定蛋白质三维空间结构一直是一个难题,基于海量、多元生物数据构建起的人工智能算法模型,能在几天甚至几分钟预测出以前要花费数十年才能得到的、具有高置信度的蛋白质结构,颠覆了生命科学领域的研究范式。我们推动“数据要素×”行动,就是要通过推动数据在多场景应用,提高...
AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴
甲状腺素等激素是蛋白质;参加免疫反应的抗体也是蛋白质……据估计,人体内至少存在2万种不同类型的蛋白质,这些蛋白质的结构和功能千差万别,但构成它们的基本元素是一样的——由20种氨基酸通过不同的排列组合而构成,譬如胰岛素就是由16种、51个氨基酸构成的。
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
最终的非冗余目录代表了未探索的宏基因组蛋白质空间,包括1,171,974,849个蛋白质序列(占总数的14%)。②新型蛋白家族接下来,我们采用基于图的方法对11亿ED蛋白质进行了聚类。为了进行比较,我们对来自参考基因组的9400万个蛋白质采用了相同的方法。首先,通过计算所有重要的成对序列相似性,为两个基...
【科技前沿】NCB丨唐鸿云/黄小帅团队发现一种全新的亚细胞结构...
细胞通过胞吐(exocytosis)和囊吐(ectocytosis)产生胞外囊泡结构,其中可包含核酸、蛋白质、代谢产物以及细胞器等成分。携带细胞器的胞外囊泡,由于其货物的特殊性受到了广泛的关注。线粒体是细胞的能量中心及许多胞内信息的转换场所,其质量和数量的维持对于细胞行使正常功能至关重要,因此胞外囊泡介导的线粒体外...
【国盛通信】Fabrinet股价背后的逻辑
10.OpenAIGPT-4AI模型潜力挖掘:高精度建模基础蛋白质结构据C114报道,科技媒体TheDecoder引述罗格斯大学的一项研究表明,OpenAI公司的GPT-4语言模型能高精度模拟简单的氨基酸和蛋白质结构(www.e993.com)2024年9月16日。相关研究成果发表在《ScientificReports》上,该科研团队使用GPT-4AI语言模型,探索其在基本结构生物学任务中的表现,...
人工智能如何彻底改变蛋白质科学,AlphaFold是起点,终点会在哪里?
「从原子一直到生态系统,[蛋白质结构]是一种通用语言,」AlQuraishi说。「一切都在这里发生。」细胞通过将称为氨基酸的小分子雏菊状链连接成长肽链来制造蛋白质。它选择的氨基酸取决于DNA提供给它的一组底层指令。在产生后的几分之一秒内,多肽链会精确地弯曲、扣紧和折叠成蛋白质的最终三维形状。一旦离开分子...
科学家解析光合玫瑰菌反应中心-捕光复合体结构,助推原核生物光合...
“这些高分辨率的结构,清晰地揭示了光合玫瑰菌反应中心-捕光复合体(Reactioncenter-Lightharvesting,RC-LH)中所有蛋白质亚基和色素分子的组成和空间排布。而对其理化性质的研究,则进一步扩展了人们对不放氧光合系统的多样性,以及分子进化的认识,有助于通过合成生物学方法,将这一简单独特的光合系统应用于光生物电化...
不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生
图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。
不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...
图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。