ByteDance Research登Nature子刊:AI+冷冻电镜,揭示蛋白质动态

大幅提高了蛋白质序列设计的准确度与效率;研发了结合扩散模型与语言模型的新一代蛋白质基础模型DPLM1/2[2,3],首次全面统一了蛋白质建模、理解与生成;研发了基于偏好优化的抗体设计方法AbDPO[4],能够设计出同时满足多种性质和能量要求的抗体。

...颁给AI?万字专题详解:计算和人工智能颠覆我们对蛋白质的理解方式

同样,一长串氨基酸分子链本身没有任何功能,直到它自发折叠成固有形状,生物学家称之为蛋白质结构。蛋白质的结构决定了自身与其他生命分子结合或相互作用的方式,从而定义它在细胞中的作用。地球上已知的蛋白质种类上亿,未知的则更多。它们无所不能:血红蛋白和肌红蛋白在肌肉和身体中循环输送氧气。角蛋白为头发、指甲...

Nat Methods | 链接基因变异与蛋白质序列和结构的强大生信工具:G2P

除变异数据及蛋白质结构数据之外,G2P还纳入了蛋白质特征数据,包括氨基酸的物化性质、基于PDB和AlphaFold结构的结构特征、来自UniProtKB的序列注释、来自PhosphoSitePlus的PTM以来自变异效应(MAVE)的多重测序读数,为用户对gnomAD、ClinVar和HGMD变异的不同结构、功能特征及分布差异提供见解。图1.G2P的生物信息学框架...

从诺贝尔化学奖看AI与游戏的无限可能

蛋白质结构问题一直是诺贝尔化学奖的热门领域,1958年来共有十余次奖项与之相关,既包括重要结构的发现,也包括工具和方法的改进,如晶体电子显微镜和冷冻电镜的发展。计算机和人工智能方法的成功引入,不仅预测了几乎全部人类已知的蛋白质结构,更能创造全新的蛋白质分子,为生物医药打开更多可能。三名获奖者中,贝克教授是以...

湖北大学2025考研招生考试大纲:生命科学学院-生物化学

一、蛋白质化学1.氨基酸:结构、分类、简写符号,特殊性质或功能氨基酸,两性解离与等电点,化学反应,光学性质,氨基酸混合物的分离和分析2.蛋白质:化学组成和分类,物理化学性质,分离纯化的一般原则,分离纯化和纯度鉴定方法,相对分子质量的测定方法,变性与复性,聚合与沉淀3.肽:概念,结构与性质,活性肽4....

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

蛋白质以氨基酸为基本组成单位,氨基酸的不同排列(即序列)以及在此基础上的卷曲折叠,形成了特定的三维立体结构,进而执行不同的功能(www.e993.com)2024年11月19日。人类现在已知组成蛋白质的氨基酸有20余种,如果它们可以以任意顺序和长度链接、并折叠形成不同的蛋白质,那么理论上可能存在的蛋白质数量会达到约10^1300,比整个宇宙中的原子数量还要多...

不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生

主要包括以下三点:能否根据氨基酸序列预测蛋白质的结构?折叠的“密码”是什么?折叠机制又是什么?20世纪60年代早期,第一批通过实验确定的蛋白质结构问世。剑桥大学的两位生物学家MaxPerutz和JohnKendrew将蛋白质培育成晶体,用X射线轰击它们,并测量射线的弯曲情况——这种技术称为X射线晶体学。通过...

不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

Anfinsen假设,应该有一种方法可以根据氨基酸序列预测蛋白质的形状。这就是后来广为人知的蛋白质折叠问题。一旦多肽链组装完成,蛋白质就可以在千分之一秒内折叠成自己的结构——这让分子生物学家CyrusLevinthal感到困惑。在他于1969年发表的论文HowtoFoldGraciously中,他计算出,如果一个蛋白质要尝试每...

不只是 AlphaFold,一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

Anfinsen假设,应该有一种方法可以根据氨基酸序列预测蛋白质的形状。这就是后来广为人知的蛋白质折叠问题。一旦多肽链组装完成,蛋白质就可以在千分之一秒内折叠成自己的结构——这让分子生物学家CyrusLevinthal感到困惑。在他于1969年发表的论文HowtoFoldGraciously中,他计算出,如果一个蛋白质要尝试每一种...

人工智能如何彻底改变蛋白质科学,AlphaFold是起点,终点会在哪里?

细胞通过将称为氨基酸的小分子雏菊状链连接成长肽链来制造蛋白质。它选择的氨基酸取决于DNA提供给它的一组底层指令。在产生后的几分之一秒内,多肽链会精确地弯曲、扣紧和折叠成蛋白质的最终三维形状。一旦离开分子装配线,它就会进行其生物学工作。如果蛋白质不能很好地完成折叠过程,身体就会发生一系列灾难。错误...